Thunderbirdでメールを検索すると、とっくに削除したはずのメールがヒットするので(件名とか冒頭部分のみで本文は読めない)なんだこれ?と思ったら、Thunderbirdにグローバル検索データベースという仕組みがあるらしい。
上記のページに記載されている通り、Thunderbirdを終了→プロファイルのフォルダにあるglobal-messages-db.sqliteを削除→Thunderbirdを起動したらヒットしなくなった。データベースが再構築されるまでは削除してないメールも検索にヒットしないので注意。