都内の路線、乗り換えに詳しい方教えて下さい！

「品川」から山手線を利用し、乗り換えをして「淡路町」「小川町」「新御茶ノ水」のいずれかの駅で下車……

これを一般の乗換検索で検索すると

品川-(山手線)→東京-<乗換>-東京-(丸ノ内線)→淡路町-<徒歩>→小川町か新御茶ノ水

というパターンが出てくる事が一番多いと思います。

結論を先に書きますと、あくまで個人的な主観による「お奨め」になりますが、

神田淡路町、神田小川町、神田須田町、神田司町など、東京メトロ淡路町駅からほど近いところに行くのなら、東京駅で丸ノ内線に乗り換えて淡路町下車。

JR御茶ノ水駅に近い場所なら、JR神田駅で中央線に乗り換えてJR御茶ノ水駅下車。

JR神田駅に近い場所なら、山手線だけを使ってJR神田駅下車。

この３つのどれかを選ぶと良いでしょう。

なぜなら……

この３駅は「近い」といっても構造を図で見ると複雑です。中でも新御茶ノ水を他の２駅と同じに見ると少し残念な事になり兼ねないケースが出てくる事が分かります。

http://www.tokyometro.jp/rosen/eki/shin-ochanomizu/map_rittai_1....

淡路町近辺を地図で見るとJRや地下鉄の駅が近接しているのが分かります。

http://maps.google.co.jp/maps?q=%92W%98H%92%AC%89w

電車を降りてから実際に行く場所を決めていないと、最短というよりも最適ルートが確定できないのが東京です。自分自身の体力や歩く速さも大きく影響します。

例えば、東京メトロ淡路町とJR神田駅に挟まれた位の地域だと、少々淡路町に近くても山手線と丸ノ内線の乗換の手間を考えれば、JR神田駅で降りて歩いた方が早い、とか。

例えば、新御茶ノ水駅下車が最短ルートと出ても、JR御茶ノ水駅と新御茶ノ水駅のどちらからでもアクセスできる場所ならJR御茶ノ水駅（品川からだとJR神田駅で中央線に乗り換えるのが良い）を選んだ方が何かと簡単、とか。

東京駅は利用するのにもコツが要ります。

http://www.webmtabi.jp/200811/feature_1.html

丸ノ内線乗換には５号車の１番ドア（ドア番号はドアの内側のシールで確認できる・号車番号の小さい側のドア番号が小さい）で降ります。

http://www.jreast.co.jp/estation/stations/1039.html

次に「総武本線・横須賀線」の案内板に従って地下にもぐり、「地下中央口」から出て「丸ノ内線」に乗り換えます。

また、通勤で使うなら雨の日対策も考慮したいところですが、丸ノ内線は雨の日にはなぜか異様に蒸し蒸しする時があります。「乗り換えが面倒でも雨に濡れなくていい」という風には考えずに、あくまで「電車を降りてから行く場所」を中心に考えると良いでしょう。