ウェブサイトを丸ごと保存してしまえるフリーソフトはないでしょうか。（特定ディレクトリ配下のみ等でも可です）

巡集や GetHTMLW、PageDown 等があります。

2ちゃんねるのお勧めダウンロード（丸ごと取り込み）ソフト3スレッド等も参考にしてみてください。

これで、近いことが出来るのではないか、と思います。

Website Explorer

http://www.bug.co.jp/nami-nori/

概要引用

指定されたWWWホームページを巡回し、 あなたのローカルディスク上にホームページの複製を作ってくれる 便利なソフトウェアです。ディスク上にダウンロードされたWWWのページを 後でゆっくりと時間を気にしないで読むことができます。

だそうです。

波乗野郎

http://www.bug.co.jp/nami-nori/

でいかがでしょうか。

WeBoX

http://www.forest.impress.co.jp/lib/inet/browser/webextn/webox.h...

Website Explorerは使い方を誤るとある意味（リンク追跡機能等）危険です。

意図したサイトのみ取り込める方が安全といえます。

webox

http://webox.sakura.ne.jp/software/webox/

というのを使っていますが便利ですよ。

Firefox 拡張機能 ScrapBook

http://amb.vis.ne.jp/mozilla/scrapbook/?lang=ja

http://www.mozilla-japan.org/products/firefox/

高度な機能はありませんがシンプルでわかりやすいです。

コマンドラインでやりたいのであればこんなのとか。

GNU wget

http://www.gnu.org/software/wget/

http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060228/230995/

-rオプションを使えばお望みのことができるかと。

FreeDownloadManager

http://www.altech-ads.com/product/10001239.htm

ダウンロード支援ソフトですが、機能の一つ「HTMLスパイダー」というものでウェブサイトの丸ごとダウンロードが可能です。

使い方は難しくありませんが、初めは少し戸惑うかもしれません（初期値では英語表示なので日本語に切り替える必要があったり、起動直後はHTMLスパイダーのタブが表示されていなかったり）。

元々は初心者でも使いやすいダウンロード支援用のソフトなので、そういったソフトを探していた場合であったり、また単機能のウェブサイト丸ごとダウンロードソフトよりも比較的高速にダウンロードできるので、複数もしくは大きめのウェブサイトを保存したい場合に需要があるかと思います。

WinHTTrackを試すという手もあります。

http://oshiete1.goo.ne.jp/qa1448086.html

の回答その2をご覧ください。

質問している内容と違ったらすみませんが、左上のファイル(F)→名前を付けて保存(A)で

htm形式で保存できます。

DS Downloaderというソフトはどうでしょうか。

DELTA SOFTが開発して、Vectorのサイトから落とせます。

最終更新が2004年5月3日と、多少古いソフトではありますが、愛用しています。

紙copi

firefoxのscrapbook

Free Download Manager でもできたんじゃないかな？

なぜか見たところ wget がなかったので。

http://shupla.w-jp.net/items/wget.html

http://members.at.infoseek.co.jp/futora/wget153/

wgetが一番便利です。CUIのプログラムなので多少操作が難しいのが難点ですが、

その代わり色々細かい条件を付けられますし、

絶対パスを相対パスに書き換えてくれたりといたれりつくせりです。