Przejdź do zawartości

Alicia Oshlack

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Alicia Oshlack
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack
ilustracja
Data i miejsce urodzenia

1975
Roleystone

Zawód, zajęcie

bioinformatyk

Odznaczenia
Ruth Stephens Gani Medal (2011), Millennium Award (2015)[1]
Multimedia w Wikimedia Commons
Strona internetowa

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[2][3][4] (ur. w 1975[5] w Roleystone) – australijska bioinformatyczka i szefowa bioinformatyki w Murdoch Children's Research Institute w Królewskim szpitalu dziecięcym w Melbourne. Jest najbardziej znana dzięki rozwojowi metody analizy transkryptomu[6] jako środka ekspresji genów. Scharakteryzowała rolę ekspresji genów w ewolucji człowieka poprzez porównanie człowieka, szympansa, orangutana i makaka; współtworzy metody analizy danych w celu zwiększenia efektywności wykorzystania klinicznego sekwencjonowania RNA w diagnostyce chorób człowieka[7].

Młodość i wykształcenie

[edytuj | edytuj kod]

Alicia Oshlack urodziła się w Roleystone, Perth w 1975 roku. W 1993 roku ukończyła Warrnambool College w Wiktorii[8]. W latach 1994–1998 uczęszczała na Uniwersytet w Melbourne, gdzie z wyróżnieniem kończyła licencjat na wydziale fizyki. Pozostała na uniwersytecie w Melbourne (1999–2003), gdzie obroniła doktorat w dziedzinie astrofizyki na temat centralnej struktury radio-kwazarów[2][9].

Kariera

[edytuj | edytuj kod]

Oshlack zmieniała obszar zainteresowań na zastosowania matematyki w genetyce po przeprowadzce do Walter i Eliza Hall Institute, gdzie pracowała w charakterze pracownika naukowego (2003–2007), a następnie jako starszy pracownik naukowy (2007–2011) w sekcji bioinformatyki[10]. Oshlack przeniosła się do Murdoch Children's Research Institute w Melbourne w 2011 roku, gdzie objęła stanowisko szefa bioinformatyki. Została również mianowana w 2013 roku współprzewodniczącą grupy doradczej The Melbourne Genomics Health Alliance[11]. W 2013 roku była w komitecie organizacyjnym Beyond the Genome[12].

Badania

[edytuj | edytuj kod]

Analiza ekspresji genów

[edytuj | edytuj kod]

Badania Oshlack[3][4][13] koncentrują się na metodach analizy ekspresji genomu, w szczególności obliczeń i analiz statystycznych transkryptomu. Obejmują pracę nad normalizacją poziomu tła w dwukolorowych mikromacierzach[14], normalizacją danych z mikromacierzy[15], analizą porównawczą sekwencjonowania RNA[16][17] i normalizacją wzorów metylacji w macierzach DNA człowieka[18].

Ewolucja człowieka

[edytuj | edytuj kod]

Metodologia Oshlack umożliwiła bezstronne porównanie poziomów ekspresji genów pomiędzy człowiekiem i innymi naczelnymi. Jej praca przy porównywaniu poziomów ekspresji genów wątroby pomiędzy pięcioma osobnikami z czterech różnych gatunków naczelnych: człowieka, szympansa, orangutana i makaka, zidentyfikowała szybki rozwój czynników transkrypcyjnych w organizmie człowieka[19]. Kolejne doświadczenia porównały zmiany tych czynników w wielu tkankach ludzkich[20]. Za tę pracę w 2011 roku Alicia Oshlack została nagrodzona medalem Ruth Gani for Human Genetics przyznawanego przez Australijską Akademię Nauk[21].

Kliniczne badanie ekspresji genów

[edytuj | edytuj kod]

Oshlack opracowała oprogramowanie do wykonywania analizy danych sekwencjonowania DNA dla celów diagnostycznych. Narzędzia te są wykorzystywane do analizy danych z sekwencjonowania w diagnostyce kardiomiopatii w Victorian Clinical Genetics Service[22]. Oshlack opracowała również narzędzia do analizy danych onkologicznych, w szczególności do wykrywania mutacji spowodowanych przebudową genomu nowotworowego w wyniku syntezy genów chimerycznych[23].

Życie osobiste

[edytuj | edytuj kod]

Poglądy Oshlack na równowagę życia zawodowego w nauce[24] i komunikowanie szerokiej publiczności, czym zajmują się bioinformatycy[25] zostały opublikowane.

Przypisy

[edytuj | edytuj kod]
  1. ↑ Lorne Genome Conference – Awards. [dostęp 2018-09-07]. [zarchiwizowane z tego adresu (2018-09-08)].
  2. ↑ a b Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack, The central structure of radio quasars, University of Melbourne, 2015.
  3. ↑ a b Alicia Oshlack. scholar.google.pl.
  4. ↑ a b Alicia Oshlack. www.scopus.com.
  5. ↑ BIOGRAPHICAL ENTRY Oshlack, Alicia (1975 – ), Encyclopedia of Australian Science
  6. ↑ A Oshlack, M. J. Wakefield. Transcript length bias in RNA-seq data confounds systems biology. „Biology Direct”. 4, s. 14, 2009. DOI: 10.1186/1745-6150-4-14. PMID: 19371405. PMCID: PMC2678084. 
  7. ↑ Interview with Alicia Oshlack2013-10-22 w serwisie YouTube
  8. ↑ Australian Academy of Science – Dr Alicia Oshlack. [zarchiwizowane z tego adresu (2016-03-10)].
  9. ↑ A. Y. K. N. Oshlack, R. L. Webster, M. T. Whiting. Black Hole Mass Estimates of Radio-selected Quasars. „The Astrophysical Journal”. 576 (1), s. 81–8, 2002. DOI: 10.1086/341729. arXiv:astro-ph/0205171. Bibcode: 2002ApJ...576...81O. 
  10. ↑ Women In Astronomy: Career Profiles: Astronomer to Head of Bioinformatics
  11. ↑ Melbourne Genomics
  12. ↑ Alicia Oshlack, Beyond the Genome 2013. [dostęp 2016-12-16]. [zarchiwizowane z tego adresu (2015-02-03)].
  13. ↑ M. D. Young, M. J. Wakefield, G. K. Smyth, A Oshlack. Gene ontology analysis for RNA-seq: Accounting for selection bias. „Genome Biology”. 11 (2), s. R14, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-2-r14. PMID: 20132535. PMCID: PMC2872874. 
  14. ↑ M.E. Ritchie i inni, A comparison of background correction methods for two-colour microarrays, „Bioinformatics”, 23 (20), 2007, s. 2700–2707, DOI: 10.1093/bioinformatics/btm412, PMID: 17720982.
  15. ↑ A. J. Holloway, A Oshlack, D. S. Diyagama, D. D. Bowtell i inni. Statistical analysis of an RNA titration series evaluates microarray precision and sensitivity on a whole-array basis. „BMC Bioinformatics”. 7, s. 511, 2006. DOI: 10.1186/1471-2105-7-511. PMID: 17118209. PMCID: PMC1664592. 
  16. ↑ M. D. Robinson, A Oshlack. A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data. „Genome Biology”. 11 (3), s. R25, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-3-r25. PMID: 20196867. PMCID: PMC2864565. 
  17. ↑ A Oshlack, M. D. Robinson, M. D. Young. From RNA-seq reads to differential expression results. „Genome Biology”. 11 (12), s. 220, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-12-220. PMID: 21176179. PMCID: PMC3046478. 
  18. ↑ J Maksimovic, L Gordon, A Oshlack. SWAN: Subset-quantile within array normalization for illumina infinium HumanMethylation450 Bead Chips. „Genome Biology”. 13 (6), s. R44, 2012. DOI: 10.1186/gb-2012-13-6-r44. PMID: 22703947. PMCID: PMC3446316. 
  19. ↑ Y. Gilad, A. Oshlack, G. K. Smyth, T. P. Speed i inni. Expression profiling in primates reveals a rapid evolution of human transcription factors. „Nature”. 440 (7081), s. 242–245, 2006. DOI: 10.1038/nature04559. PMID: 16525476. Bibcode: 2006Natur.440..242G. 
  20. ↑ Blekhman, A Oshlack, A. E. Chabot, G. K. Smyth i inni. Gene regulation in primates evolves under tissue-specific selection pressures. „PLoS Genetics”. 4 (11), s. e1000271, 2008. DOI: 10.1371/journal.pgen.1000271. PMID: 19023414. PMCID: PMC2581600. 
  21. ↑ Australian Academy of Science – Awardees for 2011. [zarchiwizowane z tego adresu (2016-03-22)].
  22. ↑ Victorian Clinical Genetics Services (VCGS)
  23. ↑ I.J. Majewski i inni, Identification of recurrent FGFR3 fusion genes in lung cancer through kinome-centred RNA sequencing, „The Journal of Pathology”, 230 (3), 2013, s. 270–276, DOI: 10.1002/path.4209.
  24. ↑ Caroline Dean, Mary Osborn, Alicia Oshlack, Janet Thornton. Women in science. „Genome Biology”. 13 (3), s. 148, 2012. DOI: 10.1186/gb4005. PMID: 22405408. PMCID: PMC3439960. 
  25. ↑ A. Oshlack. A 10-step guide to party conversation for bioinformaticians. „Genome Biology”. 14, s. 104, 2013. DOI: 10.1186/gb-2013-14-1-104. PMID: 23360612. 
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Alicia_Oshlack&oldid=71783972”