Северно од Вилзум се наоѓаат општините Емлиххајм и Лар, северозападно се наоѓа холандската општина Харденберг. Општините Хогштеде и Геленкамп се граничат на североисток и на исток со Вилзум. На југоисток се наоѓа општината Илзен, каде се наоѓа седиштето на општинската заедница; југозападно од Вилзум се наоѓа општината Итербек, додека на запад е општината Вилен.
Со површина од 47,13 км², Вилзум е најголема општина во општинската заедница Илзен. Највисока точка е Вилзумер Берге со височина од 80 метри.
