2020-05-01から1ヶ月間の記事一覧

新型肺炎COVID-19の日本の実効再生産数を推定したrstanのコードを解説してみる

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西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…

新型肺炎COVID-19の山梨大学医学部附属病院でのPCR検査の結果をrstanで解析する

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山梨大学医学部附属病院で、慶応大学病院と同じように入院中の患者にPCR検査を行うと、370人中全員が陰性だったらしい。 山梨大病院、すべての入院患者らにPCR検査 全員陰性 [新型コロナウイルス]：朝日新聞デジタル 山梨大の島田真路学長は「陽性者がいる場…

新型肺炎COVID-19の集中治療を要する患者の推移をSIRモデルを使ってrstanで推定する

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こんなことをした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 集中治療学会が、人工呼吸器を要している患者、ECMOをしている患者、ECMOで死亡した患者、ECMOから回復した患者、など日ベースで公開してる。 これに、毎日の感染者や死亡者のデータをくっつけて、SIRを使っ…

新型肺炎COVID-19 の集中治療学会のデータを引っこ抜く

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こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数（と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数）がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…

新型肺炎COVID-19の神戸における真のIgG抗体陽性患者数をrstanで推定する

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読んだ。 Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study. | medRxiv 神戸市の入院中の患者で、入院中の検査を適当（ランダムサンプリン…

新型肺炎COVID-19の抗体検査から集団の有病率をrstanで推定する

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結論から言うと、抗体検査を受けた202人の集団において、9.4%（95% 信用区間で5.4%〜13.9%）が感染者である。ただし、この抗体検査を受けた202人は、東京都（とか他の都道府県一般）のランダムサンプリングとは言えないので、単純に東京都人口の9.4%が感染し…