Slicer - DentalSegmentator がうまく動かない方へ

TwitterのDMで３名からご相談していただきました。 Slicerの画面が途中で止まるというものです。

どんなエラーが起きる？

どうやらDentalSegmentatorで使っているacvl_utilsというモジュールのインストール時にエラーが起こるようになっているようです

github.com

discourse.slicer.org

対策としてはacvl_utilsのバージョンを指定してインストールすることになります。

対策

Python Consoleの表示

まずslicerを起動して、右上にある

python consoleボタン

こちらをクリックします。 すると、画面下の方に

python console

このような、英字だらけの領域が表示されるはずです。 そこをクリックして、エンターキーを押すと >>>が表示されるはずです。

Python Consoleでpip_installを実行

>>>が表示されたら、そこに

pip_install("acvl_utils==0.2")

と入力し、エンターキーを押してください。すると、いかにもハッカー！って感じの文字がずらーっと表示されるはずです。

うまく行けばこれで治っているはずですが それでもうまくいかない場合、以下のコマンドも同様に試してみてください。

pip_install("tqdm")
pip_install("blosc2")
pip_install("nibabel")
pip_install("dynamic_network_architectures")
pip_install("batchgeneratorsv2")
pip_install("matplotlib")
pip_install("seaborn")

これでもうまくいかない場合、是非私までご相談いただければ、使えるようにお手伝いさせていただきます！

https://x.com/lacramydent?s=21

(別の話題)DICOMが読み込めない…

他に、自前のDICOMデーターが読み込めない、という相談も受けているのですが… これはCTから出力されるDICOMデータの形式がメーカーによって様々あることが原因のようです。 私も現在調査中です（読み込めないDICOMが手元にあり、色々試しましたがSlicerでは読み込めていません…） こちらについて、なにか情報をお持ちの方がいらっしゃいましたら、是非コメントかDMをいただけましたら幸いです…！