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そういえばこれ系のリスト化はしてなかったなぁ、と思ったので記事化してみます。
「最近の入手しやすい作品」ってとこで地味にハードルが上がる・・・
ここ1年〜2年くらいで新刊が出たことあるやつで勘弁して下さい。
（書誌データは1巻のものを引用）
少女向けレーベル、及びライトノベルと分類すると異論が出そうなレーベルはあえて外します。
あとライトノベルって時点でキャラクターの魅力を重視しているはずで、
程度の差はあれ萌え要素は入ってくると思われます。
なので、「無い」じゃなく、「少ない」ということで。

以下、ざっくりとタイプ分けしつつ思いつくものを。

「殺伐としてたりハードボイルドだったり」系

アイゼンフリューゲル (ガガガ文庫)

ケモノガリ (ガガガ文庫)

されど罪人は竜と踊る 1 ~Dances with the Dragons~ (ガガガ文庫)

迷宮街クロニクル1 生還まで何マイル? (GA文庫)

ぷりるん。~特殊相対性幸福論序説~ (一迅社文庫)

ストレンジボイス (ガガガ文庫)

マージナル (ガガガ文庫)

世界観的に殺伐としていたり、現代日本っぽい舞台でも環境的にアレな作品。

「他ジャンルの要素を強く持つ作品」系

イヴは夜明けに微笑んで―黄昏色の詠使い (富士見ファンタジア文庫)

煉獄のエスクード RAINY DAY & DAY (富士見ファンタジア文庫)

銃姫〈1〉Gun Princess The Majesty (MF文庫J)

紫色のクオリア (電撃文庫)

15×24 link one せめて明日まで、と彼女は言った (集英社スーパーダッシュ文庫 し 5-1)

学校の階段 (ファミ通文庫)

ナナヲ・チートイツ (メガミ文庫)

アンチ・マジカル ~魔法少女禁止法~ (一迅社文庫)

コップクラフト (ガガガ文庫)

ファンタジー、SF、青春小説、麻雀漫画、魔法少女、海外ドラマなどの要素を含んだ作品。

そして最後に、最近じゃないですが挙げないといけない気がしたので。
つか、ぶっちゃけMW文庫で再販してもいいんじゃないかと思うんだ・・・

Hyper hybrid organization (00-03) (電撃文庫 (1170))

追記
割と反応多くてびっくり。
「アンチマジカル」は萌え要素多いはずの魔法少女ものを更に捻ってるので、
そのまま「他ジャンル系」に入れると判りにくい、というご指摘が。
これは確かに仰る通り。上に入れても良かったですね。
あと寓話要素強めた児童文学、ジュブナイル系に行った結果として萌え少なめになってるのとして、
紅玉いづき作品は入れるべきだったなぁ、と反省。
だいたい一ジャンルから一作品引っ張ってるのと、
既読作品中心に選んでるので漏れてる作品も多いかと思います。
「学校の階段」は萌え要素（主に美冬とか美冬とか）も入ってますが、
まぁそっちメインじゃないよなぁ、という判断と好きな作品なのでという私情で入れました。
「萌え多めのラノベ」とかでもしれっとリストに入れるかも。

あと、「○○は××萌えだよ！」というご意見に関しては・・・
うん、まぁ、そうかもしれませんね、と。
書いてませんでしたが、これ全部私の主観なので・・・