Nella stagione 1995-1996 il Taranto ritorna tra i professionisti, dopo essere rinato e passato tra i dilettanti per una stagione, disputa il girone C del campionato di Serie C2, ottiene 42 punti, che valgono il tredicesimo posto in classifica, l'ultimo per non passare dai playout, il nuovo regolamento infatti, prevede una sola promozione ed una sola retrocessione dirette, l'altra promossa deve uscire dai playoff, le altre due retrocesse dai playout. Altra novità di rilievo, almeno per il Taranto, dallo scorso campionato nei tornei di Serie C1 e C2, il Taranto era tra i dilettanti, per la prima volta la vittoria era stata pagata con tre punti, e non più due punti, come da sempre prima, il Taranto l'ha sperimentata quindi per la prima volta in questa stagione agonistica.
Il campionato è iniziato con il tecnico Ivo Iaconi in panchina, è stato un campionato molto sofferto, tra ottobre e novembre sono giunte quattro sconfitte di fila, che hanno creato scoramento, al termine del girone di andata i rossoblù erano comunque sest'ultimi con 20 punti, a fine febbraio con la squadra in lotta per evitare i playout, si è cambiato allenatore, passando nelle mani di Pietro Ruisi, che è riuscito a centrare l'obiettivo stagionale di mantenere la categoria. La salvezza certa è giunta nell'ultima giornata, con il pareggio (1-1) di Catanzaro. Si sono distinti i due bomber Loriano Cipriani autore di 10 reti, e Sossio Aruta che di reti ne ha infilate 9. Nella Coppa Italia subito fuori in agosto nel primo turno, per mano del Casarano.