L'Al-Wakrah Sports Club è stato fondato nel 1959 e ha preso parte alla prima edizione della Qatar Stars League nel 1963.
Nel 1989 la squadra vince il suo primo titolo ufficiale con la conquista della Qatar Sheikh Jassem Cup titolo che viene riconfermato nella stagione 1991 e poi in quella 1998.
La stagione 1998-1999 la stagione in cui la squadra arriva alla sua prima e storica vittoria nella Qatar Stars League inoltre la squadra conquista anche la sua unica Qatar Crown Prince Cup.
Nella stagione 2000-2001 il team riesce a bissare la vittoria della Qatar Stars League e quello rimane l'ultima vittoria nella massima divisione qatariota.
Nella stagione 2004-2005 la squadra conquista la vittoria della quarta e finora ultima vittoria nella Qatar Sheikh Jassem Cup, dopo un periodo di digiuno da successi, la squadra nella stagione 2011-2012 riesce ad assicurarsi la vittoria della prima Qatar Stars Cup.