Córdoba Club de Fútbol taldea 1954 urtean sortu bazen ere aurretik izan ziren futbol taldeak hirian, Sporting Fútbol Club de Córdoba, Sociedad Deportiva Electromecánicas, Racing Fútbol Club de Córdoba eta Club Deportivo Córdoba besteak beste. 1954ean C.D. Córdobak bat egin zuen CD San Álvaro de Córdoba taldearekin eta gaur egungo taldea sortu zen, Córdoba Club de Fútbol. Hirugarren mailan hasi zen jokatzen baina 1963an lehen mailara iritsi zen eta 1965ean bosgarren egin zuen gainera eta ia Europako txapelketetarako sailkatu zen. 1969 arte mantendu zen maila gorenean eta 1971-72an ere urtebetez bertan arituko zen.
Hurrengo hamarkadetan bigarren A eta bigarren B maila artean aritu zen, 1984-85ean hirugarren mailan ere bai. 1999an bigarren mailara igotzea lortu zuen eta ordutik bertan ari da 2005 eta 2007 arteko bi denboralditan ezik.
2013-14 denboraldian 7. postua lortu zuen baina tartean Barcelona B izanik play-offean parte hartzeko aukera izan zuen. Kanporaketen finala Las Palmasen aurka jokatu zuen eta azken unean sarturiko golari esker 42 urteren ondoren lehen mailara igotzea lortu zuen. Lehen mailan ordea emaitzek ez zioten lagundu eta hiru entrenatzaile izan ondoren, Albert Ferrer, Miroslav Djukic eta José Antonio Romero, hiru jardunaldiren faltan matematikoki galdu zuen maila, Bartzelonak 0-8ko emaitzaz garaitu zuen partidan.
2015-16 denboraldian 2. mailan bosgarren postua eskuratu zuen baina play-offetan ez zuen igotzerik lortu. 2019an bigarren B mailara jeitsi zen. 2022an 2. RFEF mailara jaitsi zen baina bigarrenez irabazi zuen Espainiako Futbol Federazioaren Kopa. 2024an itzuli zen Bigarren mailara.