日雛

尸魂界篇

日番谷は瀞霊廷の不穏な空気をいち早く察知し、雛森に気をつけるよう促すが、事態は悪化。騒動に巻き込まれていく。

藍染の（偽装された）遺体を発見後、雛森は市丸の言葉と日番谷の助言から市丸が殺害したと思い襲撃。雛森を殺害しようとした市丸に日番谷は「雛森に血ィ流させたら 俺がてめえを殺す」と警告。その後、市丸に戦いを挑むが松本の介入で中断。雛森を保護し、松本に礼を言い、雛森の部屋に高等結界を張り（内側からは簡単に破れる）、朽木ルキアの処刑を止めるため行動を開始する。吉良から、雛森がずっとついて来ていたと言われた日番谷は松本に後を任せて雛森の元へ向かう。

そして、生きていた藍染と市丸、血を流し倒れた雛森を目にする。

雛森の姿に一瞬言葉を失うが冷静さは失っていなかった。

「何時からグルだった」「ずっと、雛森も俺も部下も他の死神も全員を騙していたのか」と問答する最中、藍染に憧れて護廷十三隊に入り、藍染の役に立ちたいと死に物狂いで努力して副隊長になった雛森を「憧れは理解から最も遠い感情だよ」と侮辱されたことで激怒。卍解して「俺はてめえを…殺す」と戦いを挑むが、手も足も出ず一瞬で惨敗。のちに、駆けつけてきた卯ノ花の処置により、二人は一命をとりとめた。

騒動後、治療を受けて眠る雛森のもとを訪れる日番谷の描写がある。

小説版でも、雛森のもとを訪れてる描写がある。卯ノ花に、「肉体の傷は、いずれ癒えるでしょう」と言われ無意識に爪を噛み、『シロちゃん！！そうやって爪噛まないの！お行儀悪いよ！』と叱られる声が耳に蘇っていた。

破面篇

破面討伐隊として現世へ派遣された日番谷は、モニター越しに目覚めた雛森と再会。疑ったこと、刀を向けたことを謝罪する雛森に、ぶっきらぼうな態度を取りながら優しく励ました。

この後、「お願い…藍染隊長を……助けてあげて…！」「市丸隊長か誰かにムリヤリ…」と必死な姿を目のあたりにした日番谷は藍染への憎しみを更に強めた。

その後に破面と交戦していた日番谷先遣隊のもとに、雛森が参戦。

雛森が前線に出たことを察知した日番谷は、交戦中だったティア・ハリベルに「霊圧が乱れた」と指摘されている。日番谷は「知らねえな」と返しつつも、内心では「なんで来ちまったんだ」と雛森を案じていた。

日番谷は再び藍染と相対した際、「隊長の中で最も私に憎しみを持つ」と評された。

「雛森くんが回復した時点で、君の憎しみは消えたのか」という藍染の挑発に、日番谷は「俺の刃に乗ってるのは憎しみだ。俺はてめえを斬れさえすれば、隊長の座を失っても構わねえ」と返している。

しかし、藍染の鏡花水月により日番谷は雛森の胸を刺傷。催眠により雛森の身体に刃をたてたことを把握した日番谷は、絶叫しながら藍染に突進したが、左腕左足を切断され戦闘不能となった。

破面篇終結後には雛森を守れるようになるため修練に励む前向きな姿が描かれた。

千年血戦篇

雛森は、新たに五番隊隊長となった平子に副隊長として随伴。髪を切り、明るい言動を取り戻している様子が窺える。

日番谷と雛森の直接的な交流はないが、巨大化したジェラルドと交戦後、戦闘不能になった雛森含む死神たちを守るかたちで日番谷が参戦。

交戦していた死神ごとあたり一帯を潰そうとするジェラルドを「京楽と副隊長が何人か残ってる筈だ。落とさせる訳にはいかねえな」と氷結させて妨害し、戦闘を開始した。

卍解で空を駆ける日番谷を、地上から雛森が「シロちゃん」と呟いて見つめるというエモーショナルなシーンがある。

（その後、参戦した更木の周囲に気を遣わない乱暴な戦い方に、何度も釘を刺している）

今までは雛森が関わると感情的になり敗北、という流れだったが（といっても、市丸戦は戦いに集中するあまり雛森を死なせかける失態は犯したが中断。ハリベル戦は氷漬けにして勝利、ワンダーワイスに解除されてしまい再戦するも中断。敗北は作中最強格の藍染相手だけ）最終章では冷静さを保ったまま戦闘を終了。ジェラルドと雌雄は決さなかったが、瀞霊廷ひいては雛森を護ることができた。