Nach seiner aktiven Laufbahn arbeitete er als Trainer beim SC Dynamo Klingenthal bis zu dessen Abwicklung 1990. Nach einem halben Jahr Arbeitslosigkeit arbeitete Deckert 17 Jahre als Angestellter eines Unternehmens (Duravit) in der Heizungs- und Sanitärbranche.
Von August 2008 bis August 2022 war er, aufgestellt von der SPD, parteiloser Oberbürgermeister der Stadt Auerbach/Vogtl. und Mitglied der SPD-Fraktion des Kreistages im Vogtlandkreis.
Manfred Deckert ist seit August 1997 ehrenamtlicher Präsident des VSC Klingenthal.