C7orf31
C7orf31 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | C7orf31 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | OMIM: 616071 MGI: 1918071 HomoloGene: 69433 GeneCards: C7orf31 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 7: 25.13 – 25.18 Mb | Chr 6: 50.55 – 50.57 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Hromosomski sedmootvoreni okvir čitanja 31 (C7orf31) je protein koji je kod ljudi kodiran genom C7orf31 na hromosomu 7.[5]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 590 aminokiselina, а molekulska težina 68.464 Da.[6]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MEVIHGRPYC | CRELEGADIL | SNTFYSNELH | NPLQTVTRPT | ASEDRYQELR | ||||
ESLQQCRLPW | GAEREYGGII | PISLPEDHRP | KYEPPRVMGK | GHQHYGFGGE | ||||
TWPRKLPVEQ | FYYLTQNKKS | DVYGNDSLIP | KPPNSTVGEI | CLPYPIEHPY | ||||
HTHICRGAMF | PTFTSPEDLY | TGIKARTQQP | FPPTVPTKAY | DSTVLKTRGN | ||||
PYRYELIDIP | MDSKKKALTW | PGQGVYYDFP | RGVEKNKPVF | YPKPPKTFAP | ||||
NTSLNSWDPI | CSAKEANIQR | NLERSHWLTS | YTHDFTGLGP | MDPLELDDYH | ||||
EKMVAELTRK | IGFDPEPQEK | FHPVFKPPRP | LEGRIARLIQ | NRRSLEAIVQ | ||||
QRPRSCPDCT | PRVLCNFHTF | VPSSKEMVAL | SDNIPAGVTH | KNQDIEEKII | ||||
EEQSLLSTYE | LPSCYPTKDL | TSIYDIKPFP | KITDTKKTED | LYWRQQSLKT | ||||
QPTPYCKPDH | WIHYENLKSP | LRDQYNMCPD | PVSLSKPSVL | QNKQDTEAFT | ||||
LEHFLSKPEE | ELFLNMENNE | ETRPVLGWIP | RAGVTKPQTN | LLELKNSFSK | ||||
TGAQKRFHKS | ILEDHKDLRD | NEHSGMKHQF | YGHNSYYFYN |
Gen/Lokus
[uredi | uredi izvor]Kod ljudi, gen C7orf31 nalazi se na lokusu 7p15.3 [5] and stretches between position 25174316 and 25219817 (span 45502 bp).[7] Kodira najmanje četiri jedinstvene ljudske izoforme: primarna izoforma (590 aa; označena i kao X1, X2, and CRA_c),[8][9][10] izoforma X4 (346 aa),[11] izoforma CRA_a (580 aa),[12] i izoforma CRA_b (sa 380 aa).[13]
Transkript
[uredi | uredi izvor]Kod ljudi, C7orf31 kodira lanac iRNK dug 3.609 parova baza. Ljudska iRNK sastoji se od 5' neprevedene regije koja ima 561 bazu i 3' neprevedene regije koja je duga 1.275 baza.[14]
Protein
[uredi | uredi izvor]Primarni protein kodiran C7orf31-om kod ljudi ima dužinu od 590 aminokiselina, molekulske mase 38.334 Da.[5] Protein je dio funkcionalno nekarakterizirane porodice proteina (pfam15093) sa domenom nepoznate funkcije (DUF4555).[15]
Protein C7orf31 je dobro konzerviran kod sisara i ptica, ali je manje konzerviran u udaljenijim organizmima.[16]
Kod ljudi, C7orf31 nema paraloga.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Predviđa se da je kod ljudi C7orf31 lokaliziran u citosolu, jezgru, mitohondrijama i peroksisomima, a eksprimiran je u gotovo svim tkivima.[17] Posebno je visoko eksprimiran u sjemenicima.[18]
Interakcija
[uredi | uredi izvor]Dvohibridno istraživanje otkrilo je interakcije između proteina kodiranih A8K5H9 i C7orf31,[19] a druga studija našla je da protein ima interakcije sa KBTBD5.[20]
Studija iz 2014. otkrila je da je C7orf31 kandidat kao protein povezan sa centrosomima, koristeći masenu spektrometriju na spermatozoidnim centriolama sisara. Protein se pojavljuje u studiji zajedno sa sedam drugih kandidata za proteine povezane sa centrosomom.[21] Uz 2.241 ostalih proteina, C7orf31 je također pokazao značajno vezanje u eksperimentu s mikročipovima na β-amiloide, grupu proteina povezanih s Alzheimerovom bolešću.[22] Konačno, u studiji mreže interakcija protein-protein,[23] utvrđeno je da se C7orf31 povezuje s KLHL40, čija tačna funkcija također nije poznata.[24]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000153790 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029828 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c "NCBI Protein".
- ^ "UniProt, Q8N865" (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 9. 2021.
- ^ "UCSC Blat Results".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Protein (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Nucleotide (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Conserved Domains (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "NCBI Blast (National Center for Biotechnology Information)".
- ^ "Genecards C7orf31".
- ^ "NCBI GEO (National Center for Biotechnology Information".
- ^ "21 binary interactions found for search term C7orf31". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
- ^ "STRING Database".
- ^ Firat-Karalar EN, Sante J, Elliott S, Stearns T (oktobar 2014). "Proteomic analysis of mammalian sperm cells identifies new components of the centrosome". Journal of Cell Science. 127 (Pt 19): 4128–33. doi:10.1242/jcs.157008. PMC 4179487. PMID 25074808.
- ^ Oláh J, Vincze O, Virók D, Simon D, Bozsó Z, Tõkési N, Horváth I, Hlavanda E, Kovács J, Magyar A, Szũcs M, Orosz F, Penke B, Ovádi J (septembar 2011). "Interactions of pathological hallmark proteins: tubulin polymerization promoting protein/p25, beta-amyloid, and alpha-synuclein". The Journal of Biological Chemistry. 286 (39): 34088–100. doi:10.1074/jbc.m111.243907. PMC 3190826. PMID 21832049.
- ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (novembar 2014). "A proteome-scale map of the human interactome network". Cell. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.
- ^ "NCBI Gene".
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma C7orf31 i stranica sa detaljima o genu C7orf31 u UCSC Genome Browseru.