1.旧いバージョンからにインストールする
複数バージョンをインストールする場合に一番基本となるのがコレ。
CS6をインストールしたシステムに後からCS5やCS3をインストールしたりすると、アプリケーションが使用する共有ファイルが旧いものになってしまいます。
ですので、複数バージョンをインストールする場合は必ず旧いバージョンからインストールするようにします。
近日公開されるであろう、CreativeCloudについても複数バージョンをインストール・使用できるからといって新しいバージョンをインストール後に旧いバージョンをインストールするのは避けた方がよいと思われます。
※「具体的にどんなファイルが更新されるの？」と言われると浅学のため答えられませんが、カラー設定ファイルなどは確実に全バージョン共通で使用されています。

2.最新版にアップデートしてから次のバージョンをインストールする
1.に付随することですが、次のバージョンをインストールする前に必ずアップデートを適用して最新版に更新をしています。
このとき、オマジナイとして、

a.インストールが終わったらシステム再起動
b.インストールした全アプリケーションを立ち上げる
c.確実にアプリケーションを終了させる（強制終了に注意）
d.終了したら再起動
e.アップデートを適用
f.全アプリケーションを起動→終了
g.システム再起動
h.次のバージョンをインストール

という手順を踏んでいます。

3.Adobeの添付フォント（特に小塚）は同じバージョンを使う
CSをインストールした際に同時にインストールされた標準添付フォントはシステムから確実に退避・保管しておきます。これは1-2のインストール・アップデート適用後、次のバージョンをインストールする前に行います。
各CSのバージョンによってインストールされるフォントの種類・バージョンが異なります。（参考）
そのため、厳密にいえば（小塚フォントを使う場合は必ず）、インストールされたフォントは個別に保管しておき、使用するCSのバージョン同じフォントを使うべきです。

キャプチャは自分が保管しているAdobe CSのフォントデータ。メディア版であればDVDなどに別途収録されていたりします。

4.Acrobatは最新版のみインストール
自分は現状、CS3,4,5,5.5,6をインストールしていますが、AcrobatはXIのみをインストールしています。これはXIのリリース後にシステムを再インストールしたためもありますが、複数のCSをインストールする場合でもAcrobatはその時点での最新版のみをインストール・使用しています。
これはMac版では複数バージョンのAcrobatの利用が推奨されていないのと、複数バージョンをインストールしても最新版しか使用しないためです。

5.複数バージョンを同時に起動・使用しない
これはインストールとはあまり関係ありませんが、複数バージョンのCSを同時に起動して使用することはオススメしません。というか止めましょう。
これは各アプリケーションが使用するテンポラリファイル（一時ファイル）のファイル名が同じだったりすることがあるので、各アプリケーションの動作に不具合が生じる可能性が高いためです。