敵と戦うため、コマンド選択を行います。
また、戦闘時のパーティー編成には隊列があり、前列と後列に分かれています。
レンジ（射程）がＳのキャラクターの場合、後列からの攻撃はできません。
レンジがＭのキャラクターは、後列からでも攻撃はできますが、敵の後列を攻撃することができません。
レンジがＬのキャラクターは、どの位置の敵でも攻撃することができます。

シナリオの中で、主人公は本拠地として城を手に入れます。
パーティに編成していない仲間たちが滞在する拠点となります。
本拠地にいる仲間たちはお店を開くなど、役割を持っている場合もあります。
主人公は各地で仲間を増やして、本拠地を発展させていきます。

ストーリーが進行していくと、戦争イベントが発生することがあります。

【幻想水滸伝 I】

敵軍の兵士を0とすれば勝利。自軍の兵士が０になると敗北となります。
コマンドを実行するチームを選び、その能力と優劣により結果が左右されます。

【幻想水滸伝 II】

進行はターン制で部隊をマスに合わせて進め、指示を行います。
勝利条件を満たすか、敵部隊を全滅させると勝利、敗北条件を満たしてしまうか、味方部隊の全滅、陣地を占領されると敗北となります。

キャラクターが1対1で戦うイベントです。
「攻撃」「防御」「捨て身の攻撃」から選び、それぞれの相性により、ダメージが決定します。
相手の台詞などから行動を予測すると有利に戦う事ができます。

街やダンジョンの背景イラストは原作のイメージをそのままにHDグラフィック化し、フィールドも一新しました。

ダッシュボタンを押しながら移動することで、主人公は走って移動することができます。
今作では、ゲーム開始後すぐに使用することが可能になっています。
フィールド画面での移動では、ゲーム内の条件により速く移動することが可能になります。
原作でのサクサクバトルを楽しめるように、本作では倍速機能を搭載し、また「おまかせ」が専用ボタンひとつで即実行できるようにもしました。
倍速機能には、2倍速、4倍速があり、4倍速の使用にはゲーム内の条件による制限があります。
また、旅の封印球のあるエリアに侵入した際に、自動でゲーム進行がNo.0のスロットに保存されます。

UIは原作の仕様を維持しながら、見た目を調整し、装備の交換など一部の機能を改修しました。

本作では全ての音源を高音質化し、原作の魅力的な音をよりクリアに聴くことができるようにしました。