Pracownia spektrometrii mas białek

Kluczowy personel:
mgr Michał Tracz

Opiekun naukowy:
prof. dr hab. Artur Krężel

 

---

---

Pracownia prowadzi kompleksowe analizy naukowe z zakresu spektrometrii mas białek na potrzeby projektów badawczych realizowanych na Wydziale Biotechnologii. Możliwa jest także współpraca naukowa z podmiotami spoza Wydziału. Poniżej można odnaleźć szczegółowe informacje dotyczące aparatury, jak i obecnych możliwości pracowni.

Kontakt w sprawie zapytań o analizy oraz konsultacji: [email protected]

---

Aparatura

LC-MS:

• MS:
  Waters Synapt XS HRMS (ESI Q-IMS-TOF)
  źródła jonów:
  Zspray LockSpray II (do zastosowań przy przepływach µL)
  Zspray NanoLockSpray (do zastosowań przy przepływach nL oraz bez LC)
• LC:
  Waters Acquity NanoUPLC M-Class
  opcjonalnie wyposażane w moduł HDX Manager (do zastosowań HDX)

Oprogramowanie licencjonowane:

MassLynx, PLGS (Protein Lynx Global Server)*, Progenesis QI for Proteomics*, DynamX, Mascott

^{*PLGS i Progenesis QIP stanowią zalecane przez dostawcę sprzętu oprogramowanie specjalnie dedykowane do generowanych przez aparaty firmy Waters danych surowych z analiz typu „bottom-up”.}

Oprogramowanie Open-source:

SkyLine, ProSight Lite

Pracownia wyposażona jest w podstawowy sprzęt laboratoryjny służący do przygotowywania próbek do pomiarów LC-MS.

Zakup aparatury LC-MS zostały sfinansowany z Funduszu Aparatury Badawczej programu „Inicjatywa Doskonałości — Uczelnia Badawcza” realizowanego na Uniwersytecie Wrocławskim.

---

Zakres analiz

Rutynowe analizy nieproteomiczne:

• pomiar masy białka (poprzez C4 RP-LC);
• analiza białka typu „top-down” (poprzez C4 RP-LC i fragmentację CID albo ETD), w celu analizy modyfikacji lub modyfikacji potranslacyjnych oczyszczonego białka.

Ekstensywne analizy nieproteomiczne:

• oznaczenia ilościowe białka/-łek z matryc biologicznych metodą celowaną (ToF-MRM);
• analizy strukturalne białka lub peptydu metodą wymiany proton-deuter (HDX);
• pomiar MS białka w warunkach niedenaturujących (MS natywny).

Rutynowe analizy proteomiczne:

• identyfikacja białek typu „bottom-up”* z matryc biologicznych, matryc żelowych PAGE (w tym SDS-PAGE) oraz ze złóż do CoIP (eksperymenty typu „pull-down”);
• szacowanie ilościowe białek metodą IBAQ** z matryc biologicznych, matryc żelowych PAGE (w tym SDS-PAGE) oraz ze złóż do CoIP (eksperymenty typu „pull-down”).
  ^{*Standardowy schemat przy analizie typu „bottom-up” obejmuje trawienie proteolityczne próbki jednym enzymem (trypsyna) oraz odsalanie peptydów przed załadowaniem próbki na system.
  **Szacowanie ilościowe metodą IBAQ obejmuje dodanie wewnętrznego wzorca sygnału do próbki.}

Ekstensywne analizy nieproteomiczne:

• szacowanie ilościowe białek metodą IBAQ z matryc biologicznych o wysokim pokryciu proteomu; w celu uzyskania znacznie większej liczby trafień białkowych niż ta otrzymywana standardowymi metodami analizy danej próbki;
• identyfikacja typu „bottom-up” modyfikacji lub modyfikacji potranslacyjnych białek z matryc biologicznych.

---

Dorobek naukowy

Publikacje naukowe z udziałem Pracowni Spektrometrii Mas Białek:

• Combining Native Mass Spectrometry and Proteomics to Differentiate and Map the Metalloform Landscape in Metallothioneins
• The activity of CobB1 protein deacetylase contributes to nucleoid compaction in Streptomyces venezuelae spores by increasing HupS affinity for DNA

Dorobek publikacyjny opiekuna naukowego pracowni w dziedzinie spektrometrii mas białek:

• Structural Characterization of Cu(I)/Zn(II)-metallothionein-3 by Ion Mobility Mass Spectrometry and Top-Down Mass Spectrometry
• Ion mobility mass spectrometry and molecular dynamics simulations unravel the conformational stability of zinc metallothionein-2 species
• An Integrated Mass Spectrometry and Molecular Dynamics Simulations Approach Reveals the Spatial Organization Impact of Metal-Binding Sites on the Stability of Metal-Depleted Metallothionein-2 Species
• Mass Spectrometry-Based Structural Analysis of Cysteine-Rich Metal-Binding Sites in Proteins with MetaOdysseus R Software
• Metal- and Affinity-Specific Dual Labeling of Cysteine-Rich Proteins for Identification of Metal-Binding Sites
• Crosstalk of the structural and zinc buffering properties of mammalian metallothionein-2

Doświadczenie kluczowego personelu

• 07/2022: Letni staż w centralnej jednostce spektrometrii mas białek konsorcjum badawczego Makrokomplex, Uniwersystet Południowoczeski, Republika Czeska
• 01/2023: 10-dniowe szkolenie aplikacyjne firmy Waters, przeprowadzane na miejscu przez specjalistę aplikacyjnego firmy Waters (dr. Alexa Mucka)