CocoaPods 0.39 以下がサポート切れたので 1.1 系にアップグレードしたら、このようなエラーに見舞われた。

$ bundle exec pod install
Re-creating CocoaPods due to major version update.
Analyzing dependencies
[!] The dependency `AFNetworking (= x.x.x)` is not used in any concrete target.
The dependency `Xxxxxxxxxx (= x.x)` is not used in any concrete target.
.
.
.
.

エラーの意味通り、使ってないよー。

Podfile には案の定 xcodeproj でプロジェクト名を記載していた。

platform :ios, '10.0'

project 'Xxxxxxx.xcodeproj'

pod 'AFNetworking', 'x.x.x'
pod 'Xxxxxxx', 'x.x'

以下のように変更。

platform :ios, '10.0'

project 'Xxxxxxx.xcodeproj'

target 'Xxxxxx' do
  pod 'AFNetworking', 'x.x.x'
  pod 'Xxxxxxx', 'x.x'
end

CocoaPods 0.39 以下がサポート切れたので 1.1 系にアップグレードしたら、このようなエラーに見舞われた。

$ bundle exec pod install
Re-creating CocoaPods due to major version update.
Analyzing dependencies
[!] The dependency `AFNetworking (= x.x.x)` is not used in any concrete target.
The dependency `Xxxxxxxxxx (= x.x)` is not used in any concrete target.
.
.
.
.

[!] `xcodeproj` was renamed to `project`. Please update your Podfile accordingly.

エラーの意味通り、 xcodeproj は project にリネームされましたよー。Podfile を更新してねー。

Podfile には案の定 xcodeproj でプロジェクト名を記載していた。

platform :ios, '10.0'

xcodeproj 'Xxxxxxx.xcodeproj'

以下のように変更。

platform :ios, '10.0'

project 'Xxxxxxx.xcodeproj'

こっち（AFHTTPRequestOperationManager で結果キャッシュを無効にする） でも触れたのですが、 NSURLRequestCachePolicy の種類だけを抜き出しておいたほうが備忘録的にも探しやすいので残しておく。

2016 年 10 月時点での情報です。
ご参考までに。