Pojdi na vsebino

Različice SARS-CoV-2

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Pozitivne, negativne in nevtralne mutacije v razvoju SARS-CoV-2

Različice ali variante SARS-CoV-2 so virusni izolati z drugačnim genomskim zaporedjem v primerjavi z divjim virusom SARS-CoV-2, kot je bil izoliran prvotno. Različice virusa so posledica mutacij v njegovi dednini.[1] Po svetu so tekom pandemije krožile različne različice virusa SARS-CoV-2 in določene med njimi so bile skrb vzbujajoče in so zahtevale takojšen odziv ter ustrezno ukrepanje.[2] Pri nekaterih različicah namreč obstaja sum ali pa je dokazano, da so bolj nalezljive,[3] bolj virulentne ali pa so proti njim cepiva manj učinkovita.[4][5]

Trenutno (podatek za september 2024) sta po merilih Svetovne zdravstvene organizacije aktualni zaskrbljujoči različici SARS-CoV-2 BA.2.86 in JN.1, različice pod spremljanjem pa JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18, LB.1 in XEC.[6]

Poimenovanje različic

[uredi | uredi kodo]
SARS-CoV-2 corresponding nomenclatures[7]
Linije po PANGO[8] Komentar k linijam po PANGO[9] Nextstrainovi kladi,[10] 2021[11] Kladi po GISAID-u Pomembne različice
A.1–A.6 19B S vsebuje »referenčno zaporedje« WIV04/2019[12]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[a]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G vključuje različico delta(B.1.617)[13][14]
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C vključuje različici epsilon (B.1.427/B.1.429/CAL.20C)[15] in eta (B.1.525)[16]
20G prevladujoča različica v ZDA (januar 2021)[15]
20H vključuje različico beta(B.1.351 aka linija 20H/501Y.V2 ali 501.V2)
B.1.1 20B GR vključuje linijo B.1.1.207 [navedi vir]
20D
20J vključuje različici gama(P.1) in zeta (P.2)[17][18]
20F
20I vključuje različico alfa(B.1.1.7 aka VOC-202012/01, VOC-20DEC-01 ali 20I/501Y.V1)
B.1.177 20E (EU1)[11] GV[a] izvira iz 20A[11]
Drevesni diagram linij SARS-CoV-2 po sistemu poimenovanja Pango.

Doslej še niso sprejeli enotnih pravil glede poimenovanja različic SARS-CoV-2.[20] Številne organizacije, ustanove in tudi vlade so začele različice poimenovati po državah, v katerih so bile odkrite.[21][22] 31. maja 2021 je Svetovna zdravstvena organizacija predlagala uporabo grških črk za pomembne virusne različice,[23] kar omogoča enostavno, lahko izgovorljivo in nestigmatizirajoče poimenovanje.[24][25] Odločitev je bila deloma posledica pritožb nekaterih držav, da je lahko poimenovanje z zemljepisnimi oznakami diskriminatorno do tamkajšnjih prebivalcev.[26] Različice so poimenovali zaporedoma s črkami od alfa do mi, nato pa preskočili ni in ksi ter naslednjo različico poimenovali s črko omikron. S tem so se pojavile špekulacije, da so črko ksi preskočili zaradi podobnosti z imenom kitajskega predsednika Šija Džinpinga[27] (v pinjinu se njegovo ime prečrkuje kot Xi). Svetovna zdravstvena organizacija je pojasnila, da se bi lahko poimenovanje »ni« zlahka narobe razumelo kot »new« (angleškim izrazom za 'nov'), Xi pa je pogost priimek.[27] Če bodo porabljene vse črke, se SZO nagiba k uporabi poimenovanj ozvezdij.[28]

Različice SARS-CoV-2, o katerih so poročale organizacije, kot je CDC, in sicer na osnovi mutacij na mestih L452R in E484K

Obstaja več tisoč različic virusa SARS-CoV-2,[29] lahko pa jih razvrstimo v več podskupin, kot so linije in kladi.[b] Najbolj razširjene so naslednje tri predlagane nomenklature[20]

  • znotraj znanstvene iniciative GISAID so do januarja 2021 v svetu prepoznali 8 poglavitnih kladov, poimenovanih S, O, L, V, G, GH, GR in GV,[30]
  • znotraj svetovne podatkovne baze Nextstrain so do junija 2021 prepoznali 13 poglavitnih kladov [c] (19A–B, 20A–20J in 21A),[31]
  • v letu 2020 je Rambaut s sodelavci ustanovil Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN), program za razvrščanje in poimenovanje virusnih linij SARS-CoV-2;[32][8] do februarja 2021 so prepoznali 6 poglavitnih virusnih (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7).[33][34]

Zaskrbljujoče različice

[uredi | uredi kodo]

Zaskrbljujoče različice (angl. Variants of concern) so različice virusa SARS-CoV-2 z mutacijami v domeni za receptorsko vezavo (RBD, angl. Receptor Binding Domain), ki občutno povečajo vezavno afiniteto virusa na receptorje ter posledično povečajo prenašanje virusa.[35] Svetovna zdravstvena organizacija je tekom pandemije opredelila kot zaskrbljujoče različice naslednje različice virusa SARS-CoV-2:[36]

Trenutno (podatek za september 2024) je po merilih Svetovne zdravstvene organizacije aktualna zaskrbljujoča različica omikron, in sicer podrazličici BA.2.86 in JN.1.[6]

Pozornost vzbujajoče različice

[uredi | uredi kodo]

Pozornost vzbujajoče različice (angl. Variants of Interest) so virusne različice z genetskimi spremembami, pri katerih je znano ali pa se predvideva, da vplivajo na pomembne virusne značilnosti, kot so prenašanje, hudost bolezni, izmikanje imunskemu sistemu oziroma težavnejše diagnosticiranje ali zdravljenje, ter izkazujejo tudi epidemiološko grožnjo (seznam je iz julija 2021):[37]

  • različica lambda – poimenovana tudi linija C.37, prvič prepoznana avgusta 2020 v Peruju, 14. junija 2021 pa jo je SZO uvrstil med pozornost vzbujajoče različice.[36] Razširila se je v vsaj 30 držav[38] po svetu in zaenkrat (do julija 2021) ni znano, ali je bolj kužna in manj občutljiva na cepiva kot drugi sevi;[39][40]
  • različica mi – poimenovana tudi linija B.1.621, prvič so jo zaznali v Kolumbiji januarja 2021, SZO pa jo je opredelil kot pozornost vzbujajočo različico 30. avgusta 2021.[36] Do izbruhov je prišlo tudi drugod v Južni Ameriki pa tudi v Evropi.[41][42]

Različice, ki so jih v preteklosti uvrščali med pozornost vzbujajoče različice:

[uredi | uredi kodo]
  • različica eta – poimenovana tudi linija B.1.525,[43] 21D[44] ali 20A/S:484K,[45] ne vsebuje mutacije N501Y kot različice alfa, beta in gama, nosi pa enako mutacijo E484K kot različice gama, zeta in beta. Nosi tudi delecijo ΔH69/ΔV70 kot različica alfa.[46] Do 5. marca 2021 so jo zaznali v 23 državah.[47][48][49] O prvih primerih so poročali decembra 2020 v Nigeriji in Veliki Britaniji, v začetku leta 2021 pa se je v Nigeriji zelo razširila;[49]
  • različica jota – odkrili so jo v New Yorku novembra 2020 ter jo poimenovali linija B.1.526;[50] do 11. 4. 2021 so jo zaznali že v vsaj 48 ameriških zveznih državah ter v 18 drugih državah po svetu. Spomladi 2021 jo je začela izpodrivati bolj nalezljiva različica alfa;[51]
  • različica kapa – gre za eno od treh sublinij virusne linije B.1.617, poimenovana tudi B.1.617.1, 21B[44] ali 21A/S:154K;[45] prvič so jo odkrili v Indiji decembra 2020.[52] Konec marca je predstavljala že več kot polovico primerov okužb v Indiji (med analiziranimi vzorci);[53]

Pregled pomembnih različic

[uredi | uredi kodo]
Identifikacija[44] Pojav Spremembe glede na predhodno krožeče različice Aktivnost nevtralizirajočih protiteles (oziroma učinkovitost, če so podatki na voljo)
Oznaka SZO Linija po PANGO Različica po Public Health England (PHE)[A] Nextstrainov klad Prvi kraj izbruha Datum prvega vzorca[54] Datum dodelitve statusa skrb vzbujajoče različice Pomembne mutacije Prenosljivost Verjetnost hospitalizacije Smrtnost Po okužbi[B] Po cepljenju
Alfa B.1.1.7 VOC‑20DEC‑01 20I (V1) Združeno kraljestvo 20. sept. 2020 [55] 18. dec. 2020[56] 69–70del, N501Y, P681H[57][58] +29% (24–33%)[59][C] +52% (47–57%)[D][C] +59% (44–74%)[D][C] minimalno zmanjšana[16] minimalno zmanjšana[16]
B.1.1.7 z E484K[E][43] VOC‑21FEB‑02 26. jan. 2021[62] 5. feb. 2021[63] E484K, 69–70del, N501Y, P681H[57][58] znatno zmanjšana[64] znatno zmanjšana[64]
Beta B.1.351 VOC‑20DEC‑02 20H (V2) Južna Afrika maj 2020 14. jan. 2021[65] K417N, E484K, N501Y[57] +25% (20–30%)[59] se raziskuje morda povečana[66][44] zmanjšana (T-celični odziv ohranjen)[16][44] zmanjšana učinkovitost za preprečevanje blage bolezni,[F] ohranjena učinkovitost proti hudi obliki[44]
Gama P.1 VOC‑21JAN‑02 20J (V3) Brazilija nov. 2020 15. jan. 2021[67][68] K417T, E484K, N501Y[57] +38% (29–48%)[59] morda povečana[44] +50% (50 % IV, 20–90%)[G][I] zmanjšana[16] nespremenjena pri mnogih bolnikih[J]
Delta B.1.617.2 VOC‑21APR‑02 21A Indija okt. 2020 6. maj 2021[71] L452R, T478K, P681R[13] +97% (76–117%)[59] +85% (39–147%) glede na alfa[L] +137% (50–230%)[K] dokazani primeri ponovne okužbe[74] minimalno zmanjšanje[44][74][M]
Omikron B.1.1.529 VOC-21NOV-01 21K Južna Afrika 9 nov 2021[76] 26 nov 2021[77] P681H, N440K, N501Y, S477N, many others[78] potencialno povečana[79] se raziskuje se raziskuje zmanjšana[79][80] učinkovirost proti simptomni okužbi zmanjšana, neznan vpliv na učinkovitost proti hudi obliki bolezni[79][81]

  Zelo visoko tveganje   Visoko tveganje   Srednje tveganje   Nizko tveganje   Neznano tveganje

  1. ↑ Oblika poimenovanja se je spremenila marca 2021; v imenu se za leto po novem uporabljata dve števki namesto štirih, za mesec za tričrkovna okrajšava namesto dvomestno število, na primer, namesto VOC-202101-02 se uporablja VOC-21JAN-02.[43]
  2. ↑ Učinkovitost zaščite po naravni okužbi pred ponovno okužbo, kadar je podatek na voljo.
  3. ↑ 3,0 3,1 3,2 Linija B.1.1.7 z E484K se zgleda od osnovne linije B.1.1.7 razlikuje le glede na aktivnost nevtralizirajočih protiteles.[60]
  4. ↑ 4,0 4,1 23. november 2020 – 31. januar 2021, Anglija.[61]
  5. ↑ Liniji B.1.1.7 z mutacijo E484K SZO ni dodelil posebne oznake; zato je tukaj uvrščena pod isto oznako kot izhodiščna linija B.1.1.7
  6. ↑ Oxford-AstraZeneca, NovaVax.
  7. ↑ Poročana intervala zaupanja in verodostojnosti imata nizko verjetnost, zato se lahko ocenjene vrednosti razumejo le kot možne, vendar ne gotove oziroma zelo verjetne.
  8. ↑ 8,0 8,1 Razlike so morda posledica različnih pravil in ukrepov, ki so se jih posluževali na različnih območjih v različnem času, lahko pa tudi različnih kapacitet lokalnih zdravstvenih sistemov ter tudi kroženja različnih različih virusa v času in območju raziskave.
  9. ↑ marec 2020 – fevruar 2021, Manaus.[69] Preliminarni rezultati raziskave iz severnega predela Brazilije so pokazali, da je pri liniji P.1 smrtnost med zdravimi mladimi posamezniki močno povečana. V skupini bolnikov s pridruženimi boleznimi so podatki pokazali, da se smrtnost poveča za 490% (220–985%) pri moških v starostni skupini 20–39 let, 465% (190–1003%) pri ženskah v starostni skupini 20–39 let in 670% (401–1083%) pri ženskah v starostni skupini 40–59 let.[70][H]
  10. ↑ Razen pri cepivu podjetij Pfizer–BioNTech.[66]
  11. ↑ 11,0 11,1 7. februar – 22. junij 2021, Ontario.[73]
  12. ↑ 1 April – 6 June 2021, Scotland.[72] Neka druga preliminarna raziskava iz Ontaria je pokazala, da je verjetnost hospitalizacije pri različici delta višja za 120 % v primerjavi z linijami, ki ne spadajo med zaskrbljujoče različice.[K][H]
  13. ↑ Zmerno zmanjšana nevtralizacija pri cepivu Covaxin.[75]

Opombe

[uredi | uredi kodo]
  1. ↑ 1,0 1,1 In another source, GISAID name a set of 7 clades without the O clade but including a GV clade.[19]
  2. ↑ According to the WHO, "Lineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor".[20]
  3. ↑ Od januar 2021: Po sistemu Nextstrain je za proglasitev klada potrebno vsaj en od spodnjih meril (citirano iz vira):[11]
    1. A clade reaches > 20 % global frequency for 2 or more months
    2. A clade reaches > 30 % regional frequency for 2 or more months
    3. A VOC ('variant of concern') is recognized (applies currently [6 January 2021] to 501Y.V1 and 501Y.V2)

Sklici

[uredi | uredi kodo]
  1. ↑ »Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants«. CDC. 28. januar 2021. Pridobljeno 8. julija 2021.
  2. ↑ »Delta bolj nalezljiva od drugih različic virusa SARS-CoV-2«. NIJZ. 1. julij 2021. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 7. julija 2021. Pridobljeno 8. julija 2021.
  3. ↑ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). »Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern«. Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854. S2CID 233460887.
  4. ↑ »Coronavirus variants and mutations: The science explained«. BBC News (v britanski angleščini). 6. januar 2021. Pridobljeno 2. februarja 2021.
  5. ↑ Kupferschmidt K (15. januar 2021). »New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines«. Science. doi:10.1126/science.abg6028. Pridobljeno 2. februarja 2021.
  6. ↑ 6,0 6,1 »WHO Coronavirus Network (CoViNet)«. Pridobljeno 1. septembra 2024.
  7. ↑ This table is an adaptation and expansion of Alm et al., figure 1.
  8. ↑ 8,0 8,1 Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, in sod. (november 2020). »A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology«. Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681. S2CID 220544096.{{navedi časopis}}: Vzdrževanje CS1: samodejni prevod datuma (povezava) Cited in Alm et al.
  9. ↑ Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, in sod. (The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group) (Avgust 2020). »Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020«. Euro Surveillance. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443.
  10. ↑ »Nextclade« (What are the clades?). nextstrain.org. Arhivirano iz spletišča dne 19. januarja 2021. Pridobljeno 19. januarja 2021.
  11. ↑ 11,0 11,1 11,2 11,3 Bedford T, Hodcroft B, Neher RA (6. januar 2021). »Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy«. nextstrain.org. Pridobljeno 19. januarja 2021.
  12. ↑ Zhukova A, Blassel L, Lemoine F, Morel M, Voznica J, Gascuel O (november 2020). »Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2«. Comptes Rendus Biologies. 344: 57–75. doi:10.5802/crbiol.29. PMID 33274614.{{navedi časopis}}: Vzdrževanje CS1: samodejni prevod datuma (povezava)
  13. ↑ 13,0 13,1 »SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions«. CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 29. junij 2021. Redno se posodablja.
  14. ↑ »Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling (Filtered to B.1.617)«. nextstrain.org. Pridobljeno 5. maja 2021.{{navedi splet}}: Vzdrževanje CS1: url-status (povezava)
  15. ↑ 15,0 15,1 "Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA". medRxiv. 2021. doi:10.1101/2021.01.18.21249786 . https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.21249786v1. 
  16. ↑ 16,0 16,1 16,2 16,3 16,4 »SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions«. CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 11. februar 2020. Arhivirano iz spletišča dne 29. junija 2021. Pridobljeno 18. junija 2021. Se redno posodablja.
  17. ↑ »PANGO lineages-Lineage B.1.1.28«. cov-lineages.org. Pridobljeno 4. februarja 2021.[neuspešno preverjanje]
  18. ↑ »Variant: 20J/501Y.V3«. covariants.org. 1. april 2021. Pridobljeno 6. aprila 2021.
  19. ↑ »clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')«. GISAID. 4. julij 2020. Pridobljeno 7. januarja 2021.
  20. ↑ 20,0 20,1 20,2 WHO Headquarters (8. januar 2021). »3.6 Considerations for virus naming and nomenclature«. SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. World Health Organization. str. 6. Pridobljeno 2. februarja 2021.
  21. ↑ »Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7«. STAT (v ameriški angleščini). 9. februar 2021. Pridobljeno 12. februarja 2021.
  22. ↑ Flanagan R (2. februar 2021). »Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either«. CTV News (v angleščini). Pridobljeno 12. februarja 2021.
  23. ↑ »Today, @WHO announces new, easy-to-say labels for #SARSCoV2 Variants of Concern (VOCs) & Interest (VOIs)« (v angleščini). Pridobljeno 7. julija 2021.
  24. ↑ Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier 31 May 2021 www.statnews.com, dostop: 28. 6. 2021
  25. ↑ World Health Organization (15. januar 2021). »Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic«. Pridobljeno 18. januarja 2021.
  26. ↑ »Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters« (v angleščini). Pridobljeno 7. julija 2021.
  27. ↑ 27,0 27,1 »WHO skipped two Greek alphabet letters in naming coronavirus variant«. The Associated Press. 27. november 2021.
  28. ↑ »New COVID variants could be named after constellations once Greek alphabet is used up«. Sky News. 8. avgust 2021. Pridobljeno 30. novembra 2021.
  29. ↑ Koyama T, Platt D, Parida L (Julij 2020). »Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes«. Bulletin of the World Health Organization. 98 (7): 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. PMC 7375210. PMID 32742035. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
  30. ↑ »Global phylogeny, updated by Nextstrain«. GISAID. 18. januar 2021. Pridobljeno 19. januarja 2021.
  31. ↑ »Nextstrain COVID-19«. Nextstrain. Pridobljeno 1. januarja 2021.{{navedi splet}}: Vzdrževanje CS1: url-status (povezava)
  32. ↑ »cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages«. Github. Pridobljeno 2. januarja 2021.
  33. ↑ »Lineage descriptions«. cov-lineages.org. Pango team.
  34. ↑ Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, in sod. (Marec 2021). »Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology«. Nature Microbiology. 6 (3): 415. doi:10.1038/s41564-021-00872-5. PMC 7845574. PMID 33514928.
  35. ↑ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (Maj 2021). »Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern«. Microorganisms (v angleščini). 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854.
  36. ↑ 36,0 36,1 36,2 »Tracking SARS-CoV-2 variants«. who.int (v angleščini). World Health Organization. Arhivirano iz spletišča dne 18. junija 2021. Pridobljeno 22. junija 2021. Se redno posodablja.
  37. ↑ »Tracking SARS-CoV-2 variants«. SZO. Pridobljeno 8. julija 2021.
  38. ↑ »Covid 19 coronavirus: Ultra-contagious Lambda variant detected in Australia«.
  39. ↑ »COVID-19: Lambda variant may be more resistant to vaccines than other strains«.
  40. ↑ »Lambda variant: What is the new strain of Covid detected in the UK?«.
  41. ↑ »What is the Mu variant of COVID-19?«. www.abc.net.au (v angleščini). 1. september 2021. Pridobljeno 1. septembra 2021.
  42. ↑ O'Neill, Luke. »Mu: everything you need to know about the new coronavirus variant of interest«. The Conversation (v angleščini). Pridobljeno 3. septembra 2021.
  43. ↑ 43,0 43,1 43,2 »Variants: distribution of cases data«. Public Health England. Government Digital Service. Arhivirano iz spletišča dne 7. junija 2021. Pridobljeno 16. februarja 2021.
  44. ↑ 44,0 44,1 44,2 44,3 44,4 44,5 44,6 44,7 Predloga:Cite techreport
  45. ↑ 45,0 45,1 Predloga:Cite techreport
  46. ↑ »Delta-PCR-testen« [The Delta PCR Test] (v danščini). Statens Serum Institut. 25. februar 2021. Pridobljeno 27. februarja 2021.
  47. ↑ »GISAID hCOV19 Variants (see menu option 'G/484K.V3 (B.1.525)')«. GISAID. Pridobljeno 4. marca 2021.{{navedi splet}}: Vzdrževanje CS1: url-status (povezava)
  48. ↑ »Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) i Danmark« [Status of development of SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) in Denmark] (v danščini). Statens Serum Institut. 27. februar 2021. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 1. maja 2021. Pridobljeno 27. februarja 2021.
  49. ↑ 49,0 49,1 »B.1.525 international lineage report«. cov-lineages.org. Pango team. 19. maj 2021. Arhivirano iz spletišča dne 9. junija 2021. Pridobljeno 16. februarja 2021.
  50. ↑ Mandavilli A (24. februar 2021). »A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report«. The New York Times.
  51. ↑ Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14. maj 2021). »How the United States Beat the Variants, for Now«. New York Times. Pridobljeno 17. maja 2021.
  52. ↑ Predloga:Cite techreport
  53. ↑ Le Page, Michael (4. junij 2021). »Indian covid-19 variant (B.1.617)«. New Scientist. Pridobljeno 8. junija 2021.
  54. ↑ Predloga:Cite techreport
  55. ↑ Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A, in sod. (18. december 2020). »Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations«. Virological. Pridobljeno 14. junija 2021.
  56. ↑ Predloga:Cite techreport
  57. ↑ 57,0 57,1 57,2 57,3 »Emerging SARS-CoV-2 Variants«. CDC.gov (Science brief). Centers for Disease Control and Prevention. 28. januar 2021. Pridobljeno 4. januarja 2021. Javna domena Članek vsebuje besedilo iz tega vira, ki je v javni domeni.
  58. ↑ 58,0 58,1 Chand et al. (2020), str. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  59. ↑ 59,0 59,1 59,2 59,3 Campbell F, Archer B, Laurenson-Schafer H, Jinnai Y, Konings F, Batra N, in sod. (Junij 2021). »Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021«. Euro Surveillance. 26 (24): 2100509. doi:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. PMC 8212592. PMID 34142653.
  60. ↑ »SARS-CoV-2 variants of concern«. ECDC.eu. European Centre for Disease Prevention and Control. Arhivirano iz spletišča dne 16. junija 2021. Pridobljeno 12. maja 2021. USe redno posodablja.
  61. ↑ Nyberg T, Twohig KA, Harris RJ, Seaman SR, Flannagan J, Allen H, in sod. (Junij 2021). »Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis«. BMJ. 373: n1412. doi:10.1136/bmj.n1412. PMC 8204098. PMID 34130987. S2CID 235187479.
  62. ↑ Predloga:Cite techreport
  63. ↑ Predloga:Cite techreport
  64. ↑ 64,0 64,1 Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC, in sod. (Maj 2021). »Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies«. Nature (Published). 593 (7857): 136–141. doi:10.1038/s41586-021-03412-7. PMID 33706364. We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralising activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralisation titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5).
  65. ↑ Predloga:Cite techreport
  66. ↑ 66,0 66,1 »Living Evidence – SARS-CoV-2 variants«. Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au. Ministry of Health (New South Wales). 23. julij 2021. Arhivirano iz spletišča dne 16. aprila 2021. Pridobljeno 22. marca 2021. Se redno posodablja..
  67. ↑ »Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK«. GOV.UK. Public Health England. 15. januar 2021.
  68. ↑ Predloga:Cite techreport
  69. ↑ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, in sod. (Maj 2021). »Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil«. Science. 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644. PMC 8139423. PMID 33853970. Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city's health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed.
  70. ↑ Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, in sod. (19. april 2021). »The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions«. medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.04.13.21255281. S2CID 233295278. Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p <0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p <0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analysed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.
  71. ↑ Predloga:Cite techreport
  72. ↑ Sheikh A, McMenamin J, Taylor B, Robertson C (Junij 2021). »SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness«. Lancet. 397 (10293): 2461–2462. doi:10.1016/S0140-6736(21)01358-1. PMC 8201647. PMID 34139198.
  73. ↑ Fisman D, Tuite A (12. julij 2021). »Progressive Increase in Virulence of Novel SARS-CoV-2 Variants in Ontario, Canada«. medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.07.05.21260050. S2CID 235756602.
  74. ↑ 74,0 74,1 Predloga:Cite techreport
  75. ↑ Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Ella R, Deshpande G, Patil DY, in sod. (Maj 2021). »Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees«. Clinical Infectious Diseases. Oxford University Press (ciab411). bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101. doi:10.1093/cid/ciab411. PMID 33961693.
  76. ↑ Callaway, Ewen (25. november 2021). »Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert«. Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w.
  77. ↑ »Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern«. Svetovna zdravstvena organizacija. 26. november 2021. Pridobljeno 26. novembra 2021.
  78. ↑ Predloga:Cite techreport
  79. ↑ 79,0 79,1 79,2 Predloga:Cite techreport
  80. ↑ »South Africa finds omicron 'highly transmissible' and more resistant to COVID-19 vaccines«. USA Today. 14. december 2021. Pridobljeno 14. decembra 2021.
  81. ↑ »Pfizer shot less effective against hospitalisation in South Africa - study«. 14. december 2021. Pridobljeno 14. decembra 2021.
Pridobljeno iz »https://sl.wikipedia.org/w/index.php?title=Različice_SARS-CoV-2&oldid=6337467«