【税理士監修】電子帳簿保存法対応の会計ソフトおすすめ9選！2025年最新比較

目次
• 電子帳簿保存法とは
• 電子帳簿保存法対応の会計ソフトを使うメリット
• 会計ソフトの選び方・比較方法
• 【比較表】電子帳簿保存法に対応した会計ソフト
• 【2025年最新】電子帳簿保存法に対応したおすすめ会計ソフト9選
• まとめ：業務効率化にも役立つ電帳法対応ソフトの導入がおすすめ
• よくある質問

電子帳簿保存法とは

電子帳簿保存法とは、これまで紙での保存を求められていた帳簿・書類を電子データでも保存可能とする法律です。会計ソフトを用いて帳簿を作成する会社や、請求書をPDFで作成する会社が増えたことで、行政手続きにおいてもペーパーレス化が求められるようになりました。

電子帳簿保存法によって民間企業のペーパーレス化が促進される側面もあり、国内全体で経費精算・会計業務の効率化が期待できます。

取引データの保存形式は、次の3種類に区分されます。

①電子帳簿等保存

会計ソフトなどを用いて最初から電子データで作成された帳簿・書類については、電子データのままで保存できます。具体的には、経理担当者が作成した仕訳帳・総勘定元帳、貸借対照表・損益計算書などを紙に出力せずにデータ保存することが可能です。

②スキャナ保存

取引先から紙で受領した請求書や領収書については、スキャナで読み取った画像データで保存できます。その際、文書データの改ざんなどの不正を防ぐため、訂正削除の履歴を確認できること／文書データにタイムスタンプを付与することなどの要件を満たす必要があります。

③電子取引

取引先から電子データで請求書や領収書を受領した場合は、データで保存できます。Amazonや楽天市場などECサイトで発行される領収書も対象で、紙に印刷して保管する必要はありません。

電子帳簿保存法は2024年1月に一部改正されました。主な改正点は「③電子取引」の保存ルールで、受領した電子データをデータのままで保存することが義務化されました（電子データを紙に印刷して保存することは不可）。

ECサイトで発行される領収書などを紙で保管する必要がないことは多くの企業にとってメリットですが、これまで電子データを紙に印刷してきた企業は、運用方法の見直しが求められます。

「①電子帳簿等保存」「②スキャナ保存」については電子データでの保存は強制されていませんが、会計ソフトなどで一貫して電子化することで紙帳簿の7年間の保存が不要になります。社内のペーパーレス化・業務効率化を促進するためにも帳簿や書類の電子化がおすすめです。

※参考：国税庁『電子帳簿等保存制度特設サイト』

電子帳簿保存法対応の会計ソフトを使うメリット

電子帳簿保存法に対応した会計ソフトを使うメリットは下記の3つです。

電子帳簿保存法によって求められるデータの保存要件は複雑で、自社で対応するのは大変です。電子帳簿保存法に対応した会計ソフトや経費精算ソフトを使うことで、取引先から受領した請求書や領収書を要件に沿った形で保管できます。

なお、電子取引データの保存要件は下記の3点です。

※1：特例として、売上高が5,000万円以下の個人事業主・法人の場合は検索機能が不要。また売上高5,000万円以上の場合でも、取引日・取引先名ごとに整理された出力書面があれば検索機能は不要です。
※参考：国税庁『令和５年度税制改正による電子帳簿等保存制度の見直しの概要』

電子帳簿保存法に対応した会計ソフトを利用することで、7年間にわたる紙の書類保管が不要となる点もメリットです。長年にわたり国税関係書類（仕訳帳、総勘定元帳など）や決算関係書類（貸借対照表、損益計算書など）を保存すると膨大な量となります。これら文書データを電子化するだけで書類保管に必要なスペースを削減できるでしょう。

日々の経費精算・会計業務が効率化する点も会計ソフトを利用するメリットです。これまで、日々の入出金データはすべて仕訳帳に記入が必要で、その後、総勘定元帳に勘定科目ごとの取引をまとめる必要がありました。また、決算の時期にはさまざまな決算書類を作成する必要がありました。

銀行口座やクレジットカードと連携して入出金データを自動仕訳できる会計ソフトや、必要な書類を自動出力する会計ソフトを利用することで、経理担当者の業務負荷を軽減することが可能です。

以上、電子帳簿保存法に対応する会計ソフトのメリットを詳しく解説しました。PRONIアイミツでは、ITツール受発注支援のプロとして、会計ソフト選びの相談を承っています。いくつかの質問に答えるだけで自社におすすめの会計ソフトがわかる診断（無料）も用意していますのでぜひご活用ください。

会計ソフトの選び方・比較方法

会計ソフトを選ぶ際に、比較すべきポイントを解説します。

銀行口座・クレジットカードから自動でデータ連携できる会計ソフトは、日々の仕訳がラクになるだけでなく、取引明細を転記する際の入力ミスなどのヒューマンエラーが軽減されます。

日々の仕訳データから決算書や確定申告の書類を自動作成できる会計ソフトは、毎年の書類作成に苦労している場合におすすめ。必要書類を作成する手間・時間が省けるうえ、経営陣もすぐに決算書（損益計算書や貸借対照表）から自社の財務状況を確認できます。

なお、青色申告をしている場合、e-Taxで確定申告を行うことで最大65万円の控除される（※2）ため、確定申告（e-Tax用）に対応した会計ソフトか、という観点での比較もおすすめです。

※2：複式簿記、貸借対照表と損益計算書の添付、期限内の申告をした上でe-Taxで確定申告をすることにより最大65万円控除されます。
※参照：国税庁『65 万円の青色申告特別控除』

JIIMA認証とは、電子帳簿保存法の法的要件を満たしているソフトウェアに与えられる認証のこと。ソフトウェアを導入する企業が、個別に電子帳簿保存法およびその他の税法に対応しているかチェックする必要はなく、優良な電子帳簿対応のソフトウェアを安心して導入できるよう設けられた認証制度です。

電子帳簿保存法に対応した会計ソフトを選ぶ際には、JIIMA認証の有無を比較することもポイントです。2025年現在の電子帳簿ソフト法的要件認証製品一覧はJIIMA公式サイトで確認ください。

なお、JIIMA認証を取得している会計ソフトは「優良な電子帳簿の要件に対応している」とみなされます。優良な電子帳簿であるメリットは、もし申告した納税額が過少であった場合でも過少申告加算税の軽減が受けられることです。

税法上保存が必要な「帳簿」につき、上の①②に加え、
③ 訂正・削除・追加の履歴が残ること
④ 帳簿の相互関連性があること
⑤ 取引等の日付・金額・相手方に関する検索機能があること
を満たすものは優良な電子帳簿として、その帳簿に関連する過少申告があっても、 過少申告加算税の割合が原則10％から５％に軽減されるというものです。

過少申告加算税の軽減措置を受けたい企業は、JIIMA認証を取得している会計ソフトかを確認しましょう。

【比較表】電子帳簿保存法に対応した会計ソフト

ここからは実際に、電子帳簿保存法に対応した人気の会計ソフトを紹介します。以下、おすすめ会計ソフトの料金を比較した表もぜひ参照ください。

多くのクラウド型会計ソフトは、初期費用無料となっており、「気軽に導入できる」「社内稟議を進めやすい」点がメリットです。また月額料金が安い会計ソフトを選べば、コストを抑えながら電子帳簿保存法に対応することができます。

また、上記の比較表で紹介する会計ソフトのほとんどが、JIIMA認証を取得しており、優良な電子帳簿保存が可能です。「優良な電子帳簿」の要件を満たしたい企業は、JIIMA認証を取得している会計ソフトから選ぶことをおすすめします。

電子帳簿保存法に対応した会計ソフトは多数あり、「自社に合う1社を選ぶのが大変」という企業は多いでしょう。どの会計ソフトを導入した方がよいか迷う場合には、ぜひPRONIアイミツにご相談ください。希望要件に合った会計ソフトを最大6つまでご案内します。  

【2025年最新】電子帳簿保存法に対応したおすすめ会計ソフト9選

2025年現在、電子帳簿保存法に対応している会計ソフトを比較し、機能や実績も豊富なおすすめ会計ソフト9選を紹介します。

以上、機能・料金比較でおすすめの会計ソフトを詳しく解説しました。2025年最新で人気のあるサービスは以下の記事で紹介していますので、ぜひあわせてご覧ください。

まとめ：業務効率化にも役立つ電帳法対応ソフトの導入がおすすめ

電子帳簿保存法（とくに2024年1月に改正のある電子取引）は個人事業主・法人どちらにも影響があり、対応が必要です。電子帳簿保存法に対応した会計ソフトを導入することで、法対応できるだけでなく、社内の経理業務効率化・財務状況の可視化に役立つというメリットもありますので、ぜひ検討してみてください。

PRONIアイミツでは、BtoB受発注支援のプロとして、会計ソフト選びの相談を受け付けています。希望要件に合った会計ソフトがわかる診断もありますので、電帳法対応の会計ソフトをお探しの経理担当者や経営者はぜひ一度お試しください。

よくある質問

電子帳簿保存法対応ソフトについて、よくある質問に答えます。

電子帳簿保存法対応ソフトとは、「電子帳簿保存法」の要件を満たすソフトウェアのこと。そもそも電子帳簿保存法は、請求書や領収書などの取引書類、帳簿や決算書などの資料を紙ではなく電子データとして保存できるようにする法律です。

2024年1月の改正では、取引先から受領した電子データ（PDF版の請求書など）を改ざんできない形・検索できる形で保存することが義務化されたため、改正電帳法に対応したソフトの導入を検討する企業が増えています。→請求書保管におすすめのシステムはこちら（別記事）

電子帳簿保存法が定める「優良な電子帳簿」とは、要件を満たして保存した電子帳簿のこと。優良な電子帳簿で保存することで、過少申告加算税の軽減措置や、青色申告特別控除額の増額が認められます。

優良な電子帳簿の要件を満たした会計ソフトのおすすめは、「freee会計」「弥生会計オンライン」「マネーフォワードクラウド会計」です。どのサービスも、導入実績が豊富で信頼性が高いことがおすすめの理由。簡単な操作性と優れた機能性もおすすめのポイントです。

電子帳簿保存法の対象は「すべての法人と個人事業主」とされています。そのため、個人事業主・フリーランスで事業を営む人も電子帳簿保存法の定める要件に従い、データを保存する必要があります。 

クラウド会計ソフトなど電子帳簿保存法対応ソフトがあれば、自身で対応するより簡単に法対応が可能なため、個人事業主にも電子帳簿保存法対応ソフトの導入がおすすめです。→個人事業主におすすめの会計ソフトはこちら（別記事）

freeeやMFクラウド会計などクラウド型の会計ソフトは月額課金制（サブスクリプションモデル）が多く、月額料金の相場は1,000円～6,000円。必要最低限の機能を使えるシンプルなプランは安い一方で、財務分析など高度な機能を持つ会計ソフトの月額料金は高い傾向にあります。

ジョブカン会計や弥生会計のインストール型会計ソフトについては、価格の相場が3万円～7万円です。こちらも機能が多いかどうかにより価格が大きく変わります。電子帳簿保存法対応など必要な要件で絞って、会計ソフトを比較するのがおすすめです。→価格が安いおすすめ会計ソフトはこちら（別記事）

紙のレシート・領収書は紙のまま保管する方法も、スキャンしてデータ保管する方法も認められています。データ保管する場合は原本であるレシート・領収書を処分して問題ありません。ただし、データ保管する場合は電子帳簿保存法に定めるスキャナ保存要件を満たす必要があります。電子帳簿保存法対応の会計ソフトを導入すれば簡単に法的要件を満たしてレシートなど紙の書類を保存できるためおすすめです。

領収書・レシートをスマホ撮影で簡単に取り込めるアプリがあれば、手間なく電子保存が叶います。詳しくは別記事「領収書管理・電子保存におすすめのアプリ」をご覧ください。