Yoshito Okubo debuteerde in 2003 in het Japans nationaal elftal en speelde 60 interlands, waarin hij 6 keer scoorde.[1] Hij vertegenwoordigde zijn vaderland op de Olympische Spelen 2004 in Athene, waar de selectie onder leiding van bondscoach Masakuni Yamamoto in de groepsronde werd uitgeschakeld.