Holmén speelde in de jeugd van Annelunds IF en kwam hierna terecht in de opleiding van IF Elfsborg. Voor die club maakte hij zijn debuut in het eerste elftal op 5 juli 2012. Op die dag werd in de eerste voorronde van de Europa League met 8–0 gewonnen van het Maltese Floriana. Holmén begon aan het duel als bankzitter, maar in de zesenzestigste minuut mocht hij invallen voor Niklas Hult, die binnen de eerste dertig minuten driemaal tot scoren was gekomen.[1] Pas in 2013 begon de centrumverdediger ook wedstrijden te spelen in de Allsvenskan en vanaf de zomer van dat jaar had hij tweeënhalf jaar een vaste plaats in het centrum van de defensie van Elfsborg. In januari 2016 verkaste de Zweed naar Dinamo Moskou, waar hij zijn handtekening zette onder een verbintenis voor de duur van drieënhalf jaar.[2] In zijn eerste jaar, waarin hij tot tien competitiewedstrijden kwam, degradeerde Holmén met Dinamo uit de Premjer-Liga. Binnen één jaar promoveerde de Moskouse club weer terug naar het hoogste niveau. Hier speelde Holmén nog twee seizoenen, waarna hij in juli 2019 een contract tot medio 2021 bij Willem II tekende. Deze club kon hem transfervrij inlijven nadat zijn contract was afgelopen.[3] Holmén kreeg bij Willem II meteen een vaste basisplaats. Hij kwam op 2 februari 2020 voor het eerst tot scoren voor de Tilburgers. Hij maakte toen het enige doelpunt van de wedstrijd in een competitieduel thuis met Heracles Almelo.[4][5] In de zomer van 2021 verliep de verbintenis van Holmén in Tilburg, waarop hij voor twee jaar tekende bij Çaykur Rizespor.[6] In mei 2022 besloten club en speler uit elkaar te gaan.[7] Hierop keerde hij transfervrij terug naar zijn oude club IF Elfsborg.[8]