Čontofalský kwam in totaal 34 keer uit voor het Slowaaks voetbalelftal in de periode 2002-2007[2]. Hij maakte zijn debuut op 27 maart2002 in de vriendschappelijke wedstrijd in Graz tegen Oostenrijk, dat met 2-0 werd verloren door treffers van Ronald Brunmayr en Markus Weissenberger. Twee jaar eerder maakte hij deel uit van de Slowaakse ploeg die deelnam aan het voetbaltoernooi bij de Olympische Spelen in Sydney. Daar kwam hij alleen in actie in het openingsduel in groep D, dat met 3-1 werd verloren van Brazilië[3].