Kendari kā pilsēta un osta veidojusies 19. gadsimtā, kad Nīderlandes Austrumindijas kompānija šeit izveidoja tirdzniecības pārstāvniecību. Pilsēta turpināja būt Konaves sultanāta, kurš pārvaldīja lielāko daļu Sulavesi dienvidaustrumu pussalas teritorijas, pakļautībā. Kopš 1948. gada Indonēzijas sastāvā, kopš 1965. gada jaunizveidotās Dienvidaustrumu Sulavesi provinces centrs.