Ha avuto una carriera da junior molto ricca. Ha raggiunto la 4ª posizione del ranking ITF. Nel 2022, Céline ha vinto il prestigioso torneo Trofeo Bonfiglio, di categoria Grade A.[1] Sempre lo stesso anno, la Naef ha raggiunto la finale agli Open di Francia 2022 - Doppio ragazze insieme alla ceca Nikola Bartůňková.[2] Nel mese di luglio, ha partecipato nella finale dell'European Youth Championship tenutosi a Klosters, in Svizzera. In questa circostanza è stata sconfitta dalla andorrana Victoria Jiménez Kasintseva.[3]
Céline Naef ha vinto 7 titoli in singolare[4][5][6] e 6 titoli in doppio[7][8] nel circuito ITF in carriera. Il 22 maggio 2023 ha raggiunto il best ranking in singolare raggiungendo la 196ª posizione mondiale, mentre il 12 giugno 2023 ha raggiunto la 441ª posizione in doppio.
Ha fatto il suo debutto nel circuito maggiore al Libéma Open 2023, grazie ad una wildcard. Nel suo primo incontro, sconfigge a sorpresa la ex numero uno del mondo Venus Williams in rimonta in tre set, conquistando la vittoria più significativa della sua carriera nel suo primo torneo del circuito maggiore; al secondo turno si rende protagonista di un’altra rimonta, contro la n°62 Caty McNally, vincendo con lo score di 3-6, 6-4, 6-3 raggiungendo così i primi quarti di finale.