C'è molto entusiasmo a Bergamo dopo l'ottima stagione precedente. L'allenatore Fiorentini propone il "sistema" come modo di giocare sostituendo ormai l'antico "metodo". La società opta per il risanamento del bilancio (che a fine campionato 1947-48 contava 40 milioni di debiti). Per migliorare la situazione fu adottata una campagna acquisti al risparmio: Manente venne ceduto alla Juventus per Dalmonte e soldi, con la Lazio ci fu lo scambio Todeschini a Roma e Cecconi a Bergamo. Vittorio Schiavi dopo 14 stagioni con la maglia nerazzurra passa al Brescia mentre Salvi va al Palazzolo in Serie C.
L'inizio sembra buono, già alla seconda giornata viene battuto il Grande Torino al Comunale. Ma a lungo andare si fa sentire il cambio di gioco imposto dall'allenatore, che non fu ben assimilato dai suoi giocatori. A inizio 1949 la squadra si trova ultima in classifica, portando a non poche polemiche all'interno dell'ambiente nerazzurro. Venne acquistato Bertil Nordahl, fratello di Gunnar (giocatore del Milan) per dare manforte a una squadra in totale difficoltà.
Il 6 marzo, l'allenatore Fiorentini dà le dimissioni, non sentendosi più la fiducia del gruppo. Al suo posto venne promosso provvisoriamente il terzino Alberto Citterio che guida la squadra nella partita contro il Bologna (1-1). La settimana seguente viene ufficializzato Carlo Carcano. Il nuovo allenatore si affida ai giovani, facendo esordire Antonio Caprioli e Giancarlo Cadè. I risultati incominciano a venire.
La salvezza arriva all'ultima giornata di campionato, vincendo lo scontro diretto a Livorno, condannando la squadra amaranto alla retrocessione.
Il 17 giugno 1949 la squadra ragazzi guidata da Giuseppe Ciatto regala all'Atalanta il primo scudetto a livello giovanile vincendo la finale contro la Lazio. In quella squadra ci sono giocatori come Battista Rota e Livio Roncoli che qualche anno più tardi saranno protagonisti in prima squadra.
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