Cresciuto nei settori giovanili di Alfa Ekaterinburg e VIZ-Sinara, Afanas'ev debutta nella prima squadra di quest'ultima. Eccetto una stagione trascorsa in prestito ai kazaki dell'Aleem, rimane legato al Sinara per oltre un decennio, conquistando due campionati russi e una Coppa UEFA. Nel 2015 si trasferisce al Gazprom Jugra con cui vince nuovamente la Coppa UEFA nonché diverse competizioni nazionali.