Ia sempat dipanggil ke skuad Piala Dunia FIFA 2006 sebagai salah satu dari empat pemain cadangan darurat,[4] tetapi setelah Gianluca Zambrotta dipastikan fit, Bonera dikeluarkan dari skuad akhir yang berisikan 23 orang dan dikirim pulang.[5]
Setelah Piala Dunia 2006, ia dipanggil kembali untuk pertama kalinya di bawah manajer baru Roberto Donadoni, menjelang kualifikasi Kejuaraan Eropa UEFA 2008 melawan Skotlandia, pada 28 Maret 2007.[6] Tetapi, ia harus mundur karena cedera.[7] Pada Oktober dan November 2007, ia dipanggil lagi.[8][9] Ia bermain dalam kemenangan 2-0 pada laga persahabatan melawan Afrika Selatan di mana Italia menurunkan skuad eksperimental,[10] dan juga masuk sebagai penggantiFabio Cannavaro dalam kemenangan kandang 3-1 di kualifikasi Kejuaraan Eropa UEFA 2008 melawan Kepulauan Faroe.[11] Ia tidak terpilih untuk bermain pada Kejuaraan Eropa UEFA 2008.[12]
Setelah Marcello Lippi menjadi pelatih Italia untuk kedua kalinya, Bonera dipanggil kembali dalam beberapa pertandingan pertama Lippi,[13][14] tetapi kemudian dikeluarkan dari skuad karena cedera.[15] Setelah cedera, Bonera dipanggil ke pertandingan persahabatan terakhir sebelum pengumuman resmi skuad Piala Dunia Italia 2010, melawan Kamerun.[16][17] Tetapi, ia gagal masuk ke skuad pendahuluan Piala Dunia pada 11 Mei dan kamp pelatihan pada 4-5 Mei.[18]
Pada 9 Juli 2019, Bonera diumumkan sebagai bagian dari staf pelatih baru Marco Giampaolo di AC Milan, bergabung kembali dengan klub sebagai asisten pelatih.[19]
Ia dikonfirmasi tetap menjadi asisten menyusul penunjukan Stefano Pioli sebagai pelatih kepala baru. Pada November 2020, setelah Pioli dan asisten Giacomo Murelli didiagnosis positif COVID-19, Bonera bertindak sebagai pelatih kepala klub untuk sementara.[20]
Biasanya ditempatkan sebagai bek tengah, di masa jayanya, Bonera dikenal karena kecepatan, kekuatan fisik, dan keserbagunaannya sebagai bek, dan juga mampu bermain sebagai bek sayap di kedua sisi lapangan.[21][22]
^"Comunicato Ufficiale N. 28" [Official Press Release No. 28] (PDF) (dalam bahasa Italia). Lega Serie A. 19 Agustus 2011. hlm. 2. Diarsipkan dari versi asli(PDF) tanggal 2021-10-29. Diakses tanggal 11 Desember 2020.
^ abcd"Bonera, Daniele" (dalam bahasa Italia). FIGC. Diarsipkan dari versi asli tanggal 5 April 2012. Diakses tanggal 20 Januari 2017.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"L'Italia stenta con il Marocco". RaiSport (dalam bahasa Italia). 5 September 2001. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2 February 2017. Diakses tanggal 20 Januari 2017.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Lippi welcomes back Buffon and Pirlo". Agence France-Presse. 7 Februari 2009. Diarsipkan dari versi asli tanggal 10 Februari 2009. Diakses tanggal 13 Mei 2010.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Italy: Borriello and three newcomers". Football Italia. 28 Februari 2010. Diarsipkan dari versi asli tanggal 3 Maret 2010. Diakses tanggal 28 Februari 2010.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Bonera, Daniele". A.C. Milan. Diarsipkan dari versi asli tanggal 14 Maret 2014. Diakses tanggal 14 Maret 2014.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
"Profile at ACMilan.com". Diarsipkan dari versi asli tanggal 8 Desember 2011. Diakses tanggal 10 Desember 2011.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
