Jump to content

Արքեաներ

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից
Արքեաներ

Արքեան միաբջիջ կենդանի օրգանիզմների վերնաթագավորություն է կամ թագավորություն։ Այս միկրօրգանիզմները պրոկարիոտներ են, որը նշանակում է, որ նրանք չունեն բջջակորիզ և այլ մեմբրանային օրգանոիդներ։

Անցյալում արքեաները դասակարգվում էին բակտերիաների հետ և անվանվում էին արքեոբակտերիա կամ մոներա, սակայն այս դասակարգումը այժմ համարվում է հնացած[1]։ Իրականում արքեաները ունեն առանձին անկախ էվոլյուցիոն պատմություն և կյանքի մյուս ձևերից տարբերվում են իրենց կենսաքիմիայով։ Այս պատճառով արքեաները այժմ երեք դոմենային համակարգում առանձնացված են առանձին վերնաթագավորության մեջ։ Երեք դոմենային համակարգում տարբերում են ֆիլոգենետիկորեն առանձին 3 վերնաթագավորություններ՝ արքեաներ, բակտերիաներ և էուկարիոտներ։ Իր հերթին արքեան բաժանվում է 4 տիպերի մեջ։ Այս խմբերից առավել լավ են ուսումնասիրված Crenarchaeota և Euryarchaeota տիպերը։ Արքեաների կարգաբանությունը դեռևս խրթին է, քանի որ տեսակների մեծամասնությունը լաբորատորիայում ուսումնասիրված չեն, այլ միայն նրանց նուկլեինաթթուն հայտնաբերված է արտաքին միջավայրից վերցրած նմուշներում։

Արքեաները և բակտերիաները ձևով և չափերով միմյանց շատ նման են, չնայած որ հանդիպում են որոշ արքեաներ, որոնք ունեն տարօրինակ ձև (օրինակ՝ տափակ և քառակուսաձև Haloquadratum walsbyi-ն)[2]։ Արքեաները ունեն այնպիսի գեներ և նյութափոխանակություն, որով ավելի շատ նմանվում են էուկարիոտներին, քան՝ բակտերիաներին, հատկապես ֆերմենտների առկայությամբ, որոնք մասնակցում են տրանսկրիպցիային և տրանսլյացիային։ Արքեաների կենսաքիմիան յուրահատուկ է՝ բջջաթաղանթում եթերային ճարպերի առկայությամբ[3], ներառյալ արքեոլները (անգլ.՝ archaeol)։ Նրանք կարող են օգտագործել բազմազան էներգիայի աղբյուրներ, որոնք կարող են լինել օրգանական միացություններ (ածխաջրեր), ամոնիում, մետաղի իոններ և նույնիսկ ջրածին։ Աղադիմացկուն արքեաները որպես էներգիայի աղբյուր օգտագործում են արևի էներգիան, իսկ այլ տեսակներ՝ ֆիքսում են ածխածինը։ Սակայն ի տարբերություն բույսերի և ցիանոբակտերիաների հայտնի արքեաների տեսակներից ոչ մեկը չի իրականացնում երկուսը միաժամանակ։ Արքեաները բազմանում են անսեռ եղանակով՝ ուղղակի կիսման միջոցով, հատվածներով կամ բողբոջմամբ։ Ի տարբերություն բակտերիաների արքեաների հայտնի տեսակներից ոչ մեկը էնդոսպոր չի առաջացնում։

Առաջին ուսումնասիրված արքեաները եղել են էքստրեմոֆիլները, որոնք ապրել են ծայրահեղ պայմաններում, ինչպիսին են տաք աղբյուրները և աղի լճերը, առանց այլ օրգանիզմների։ Հետազոտական հնարավորությունների զարգացման շնորհիվ արքեաներ հայտնաբերվել են գրեթե ամենուր, այդ թվում հողում, օվկիանոսներում և ճահիճներում։ Հատկապես բազմաթիվ են օվկիանոսներում, պլանկտոնում կազմելով ամենատարածված խմբերից մեկը ։

Արքեաները հանդիսանում են երկրի կարևոր մասը, ինչպես նաև բոլոր օրգանիզմների միկրոբիոմայի բաղադրիչը։ Կարևոր են մարդու աղիքային, բերանի և մաշկի միկրոբիոմայում[4]։ Նրանց մորֆոլոգիական, նյութափոխանակային և աշխարհագրական բազմազանությունը թույլ է տալիս ունենալ մի քանի էկոլոգիական դերեր՝ ածխածնի կապում, ազոտի շրջապտույտ, օրգանական միացությունների շրջանառություն և ապահովումը մանրէաբանական սիմբիոտկ և սինտրոֆիկ փոխհարաբերությունների[5] ։

Արքեաների ախտածին կամ պաթոգեն ձևեր հայտնի չեն։ Դրա փոխարեն նրանք հաճախ հանդես են գալիս որպես մուտուալիստներ կամ կոմենսալիստներ, ինչպիսին են օրինակ՝ մեթանոգենները (շտամեր, որոնք արտադրում են մեթան), որոնք գտնվում են մարդկանց և կենդանիների աղեստամոքսային համակարգում, որտեղ նրանց մեծ քանակությունը նպաստում է մարսողությանը։ Մեթանոգեններն օգտագործվում են նաև կենսագազի արտադությունում և կոյուղաջրերի մաքրման ժամանակ, իսկ կենսատեխնոլոգիայում օգտագործվում են էքստրեմոֆիլների ֆերմենտները, որոնք դիմակայում են բարձր ջերմաստիճաններում և օրգանական լուծիչներում։

Դասակարգում

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Վաղ հասկացություն

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]
Արքեաները հայտնաբերվել են հրաբխային տաք աղբյուրներում։ Նկարում պատկերված է անգլ.՝ Yellowstone ազգային պուրակի մեծ պրիզմաձև աղբյուրը։

20-րդ դարի մեծ մասին պրոկարիոտները դիտարկվել են որպես օրգանիզմների մեկ խումբ և դասակարգվել են ըստ իրենց կենսաքիմիայի, մորֆոլոգիայի և նյութափոխանակության։ Մանրէաբանները փորձում էին միկրոօրգանիզմները դասակարգել ըստ բջջապատ ի կառուցվածքի, ձևի և օգտագործվող սուբստրատի.[6]։ 1965 թվականին Էմիլ Ցուկեռկանդելը (անգլ.՝ Emile Zuckerkandl) և Լինուս Պոլինգը (անգլ.՝ Linus Pauling)[7] առաջարկել են տարբեր պրոկարիոտներում օգտագործել գեների հաջորդականությունները, որպեսզի պարզեն, թե ինչպես են դրանք կապված միմյանց հետ։ Այս ֆիլոգենետիկական մոտեցումը ներկայումս հանդիսանում է օգտագործվող հիմնական մեթոդը[8]։

Արքեա - այդ ժամանակ հայտնի էին միայն մեթանոգենները, որոնք առաջին անգամ դասակարգվել են բակտերիաներից առանձին 1977 թվականին Կառլ Վոեզի և Ջորջ Ֆոքսի կողմից՝ հիմնվելով ռ-ՌՆԹ-ի գեների վրա[9]։ Նրանք այդ խմբերն անվանեցին վերնաթագավորություն (անգլ.՝ Urkingdoms)՝ Արքեբակտերիաների (անգլ.՝ Archaebacteria) և Էուբակտերիաների (անգլ.՝ Eubacteria), չնայած ուրիշ հետազոտողներ դրանց վերաբերվում էին, որպես թագավորության կամ ենթաթագավորության։ Վոեզը և Ֆոքսը տվեցին առաջին ապացույցները Արքեաբակտերիաների գոյության, որպես առանձին ծագման ճյուղ․ 1․ բջջաթաղանթում պեպտիդոգլիկանի բացակայություն, 2․ երկու անսովոր կոֆերմենտ, 3․ 16S ռ-ՌՆԹ-ի սեկվենավորման արդյունքները։ Այդ տարբերությունն ընդգծելու համար Վոեզը, Օտտո Կանդլերը (անգլ.՝ Otto Kandler) և Մարկ Ուիլը (անգլ.՝ Mark Wheelis) ավելի ուշ առաջարկեցին վերադասավորել օրգանիզմները 3 բնական դոմենների, հայտնի որպես եռդոմենային համակարգ՝ Էուկարիա (անգլ.՝ Eukarya), Բակտերիա(անգլ.՝ Bacteria) և Արքեա (անգլ.՝ Archaea)[10], որը ներկայումս հայտնի է որպես՝ «ՈՒոզնի հեղափոխություն» (անգլ.՝ The Woesian Revolution)[11]։

Արքեա բառը ծագում է հին հունական ἀρχαῖα բառից, որը նշակում է «հնադարյան իրեր»[12], քանի որ արքեաների առաջին ներկայացուցիչները եղել էին մեթանոգենները և ենթադրվում էր, որ նրանց նյութափոխանակությունը արտացոլում էր Երկրի մթնոլորտային շերտը և օրգանիզմների հնությունը, սակայն նոր բնակավայրերի ուսումնասիրությանը զուգահեռ հայտնաբերվեցին շատ օրգանիզմներ։ Ծայրահեղ հալոֆիլները[13] և հիպերթերմոֆիլ մանրէները[14] նույնպես ընդգրկված են արքեաների մեջ։ Երկար ժամանակ արքեաները համարվում էին էքստրեմոֆիլներ, սակայն 20-րդ դարավերջին արքեաներ հայտնաբերվել էին նաև ոչ էքստրեմոֆիլ պայմաններում։ Այսօր նրանք հայտնի են, որպես մեծ և բազմազան օրգանիզմների խումբ, լայնորեն տարածված ողջ բնության մեջ[15]։ Արքեաների կարևորության և տարածվածության այս նոր ընկալումը եղել է ի շնորհիվ՝ պոլիմերազային շղթայական ռեացիայի (ՊՇՌ), որպեսզի ռիբոսոմային գեների շատացման միջոցով հայտնաբերեին պրոկարիոտներին արտաքին միջավայրից վերցված նմուշներում (ինչպիսին են օրինակ՝ ջուրը և հողը)։ Սա թույլ է տալիս հայտնաբերել և նույնականացնել օրգանիզմները, որոնք լաբորատորիայում կուլտիվացված չեն եղել[16][17]։

Դասակարգում

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]
ԱՐՄԱՆ (անգլ.՝ ARMAN ) թթու հանքավայրերում վերջերս հայտնաբերված արքենաերի խումբ են։

Արքեբակտերիաների և պրոկարիոտների դասակարգումը արագ զարգացող և վիճելի դաշտ է։ Ժամանակակից դասակարգման համակագերը կենտրոնացած են արքեաները դասակարգել ըստ իրենց կառուցվածքային առանձնահատկությունների և ընդհանուր նախնիների[18]։ Այս դասակարգումները մեծ մասամբ հիմնված են ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի հաջորդականության վրա՝ պարզաբանելու համար օրգանիզմների միջև կապը (մոլեկուլային ֆիլոգենետիկա)[19]։ Կուլտիվացվող և լավ ուսումնասիրված տեսակներից մեծ մասը հանդիսանում են 2 հիմնական տիպերի անդամներ՝ Euryarchaeota և Crenarchaeota։ Նախնական ստեղծվել են այլ խմբեր, ինչպիսին օրինակ՝ Nanoarchaeum equitans, որը հայտնաբերվել է 2003 թվականին և ստացել սեփական տիպը՝ Nanoarchaeota[20]։ Korarchaeota նույնպես առաջարկվել է որպես նոր տիպ։ Այն պարունակում է ոչ մեծ խումբ անսովոր ջերմասեր տեսակներից, որոնք ունեն բնորոշ գծեր 2 հիմնական տեսակներից, սակայն ավելի սերտ հարում են Crenarchaeota-ին[21][22]։ Վերջերս հայտնաբերված արքեաների տեսակները որոշ չափով են կապված այս խմբերից որևէ մեկի հետ, օրինակ՝ ացիդոֆիլային նանոօրգանիզմները՝ Archaeal Richmond Mine (ARMAN, ներառում է Micrarchaeota և Parvarchaeota), որոնք հայտնաբերվել են 2006 թվականին[23] և հանդիսանում է հայտնի ամենափոքր օրգանիզմներից մեկը[24]։

Սուպերֆիլում - TACK - որը ներառում է Thaumarchaeota , Aigarchaeota , Crenarchaeota и Korarchaeota, առաջարկվել է 2011 թվականին, կապված է էուկարիոտների ծագման հետ[25]։ 2017 թվականին բացահայտել է, որ վերջերս հայտնաբերված և վերջերս անվանված սուպերֆիլում Asgard-ը սերտ հարում է էուկարիոտներին և ազգակից խումբ TACK-ին[26]։

Կլադոգրամ

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Ըստ Թոմ Ա․ ՈՒիլլիամսի և այլ․(2017)[27] և Կատելլի և Բանֆիլդի (2018)[28] (DPANN)

Neomura
DPANN
 
 

Altiarchaeales

 
 
 

Diapherotrites

 
 

Micrarchaeota

 
 
 
 
 

Aenigmarchaeota

 
 
 

Nanohaloarchaeota

 
 
 
 

Nanoarchaeota

 
 

Pavarchaeota

 
 
 
 

Mamarchaeota

 
 
 

Woesarchaeota

 
 

Pacearchaeota

 
 
 
 
 
 
 
 
Euryarchaeota
 
 

Thermococci

 
 

Pyrococci

 
 
 
 
 

Methanococci

 
 
 

Methanobacteria

 
 

Methanopyri

 
 
 
 
 
 

Archaeoglobi

 
 
 
 

Methanocellales

 
 

Methanosarcinales

 
 
 
 

Methanomicrobiales

 
 

Halobacteria

 
 
 
 
 
 

Thermoplasmatales

 
 
 

Methanomassiliicoccales

 
 
 

Aciduliprofundum boonei

 
 

Thermoplasma volcanium

 
 
 
 
 
 
 
Proteoarchaeota
TACK
 

Korarchaeota

 
 
 

Crenarchaeota

 
 
 
 

Aigarchaeota

 
 

Geoarchaeota

 
 
 
 

Thaumarchaeota

 
 

Bathyarchaeota

 
 
 
 
 
Eukaryomorpha
 
 
 

Odinarchaeota

 
 

Thorarchaeota

 
 
 
 

Lokiarchaeota

 
 

Helarchaeota[29]

 
 
 
 
 

α─Proteobacteria)

 
(+Alphaproteobacteria

Eukaryota

 
 
 
 
 
 

Տեսակների հասկացություն

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Արքեաների դասակարգումն ըստ տեսակների նույնպես հակասական է։ Կենսաբանությունը տեսակը սահմանում է, որպես ազգակից օրգանիզմների խումբ։ Բազմացման հայտնի բացառիկ չափանիշը (օրգանիզմներ, որոնք բազմանում են մեկը մյուսի հետ, բայց ոչ ուրիշ տեսակի հետ) չի օգնում, քանի որ արքեաները բազմանում են անսեռ եղանակով[30]։

Արքեաները ցույց են տալիս գեների հորիզոնական փոխանցման բարձր մակարդակ։ Որոշ հետազոտողներ ենթադրում են, որ եզակիները կարող են խմբավորված լինել տեսականման պոպուլյացիաներում՝ գենոմի մեծ նմանության և գեների եզակի փոխանցմամբ քիչ ազգակցական կապ ունեցող բջջին, ինչպես Ferroplasma-ն[31]։ Մյուս կողմից, Halorubrum-ն ուղղված հետազոտությունները ցույց են տվել գենետիկական տեղեկատվության փոխանցում ավելի քիչ ազգակցական կապ ունեցող պոպուլյացիների միջև, ինչը սահմանափակում է չափանիշների կիրառելիությունը[32]։ Որոշ գիտնականների հետաքրքրում է, արդյոք տեսակների այսպիսի առանձնահատկություններն ունեն գործնական նշանակություն[33]։

Ժամանակակից գիտելիքները գենետիկական բազմազանության մասին ունեն մասնատված բնյութ և արքեաների տեսակների ընդհանուր քանակը հնարավոր չէ տալ որևէ ճշգրտությամբ[19]։ Տիպերի քանակների նախահաշվարկները տատանվում են 18-ից 23-ի սահմանում, որոնցից միայն 8-ը ունեն ներկայացուցիչներ, որոնք ուղղակիորեն աճեցվել և ուսումնասիրվել են։ Ենթադրյալ խմբերից շատերը հայտնի են միայն ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի հաջորդականությամբ, ինչը ցույց է տալիս, որ այս օրգանիզմների բազմազանությունը մնում է անորոշ[34]։ Բակտերիաները նույնպես ընդգրկում են շատ չկուլտիվացվող տեսակներ համանման բնութագրական հատկանիշներով[35]։

Ծագում և էվոլյուցիա

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Երկրի տարիքը կազմում է գրեթե 4,54 միլիարդ տարի[36][37][38]։ Գիտական տեղեկությունները վկայումեն այն մասին, որ կյանքը երկրի վրա սկսել է 3,5 միլիարդ տարի առաջ[39][40]։ Երկրի վրա կյանքի ամենավաղ վկայությունը հանդիսանում է գրաֆիտը, որը հանդիսացել է կենսաբանական մետանստվածք 3,7 միլիարդ տարեկան ժայռերում, հայտնաբերված Արևմտյան Գրիլանդիայում[41] և մանրէաբանական շերտերի բրածոների, հայտնաբերված 3,48 միլիարդ տարեկան ավազաքարերում՝ Արևմտյան Ավստրալիա[42][43]։ 2015 թվականին Արևմտյան Ավստրալիայի 4,1 միլիարդ տարեկան ժայռերում հայտնաբերվել են կենսաբանական նյութերի մնացոդներ[44][45]։

Չնայած հավանական պրոկարիոտ բջիջների բրածո մնացորդները թվագրվում են գրեթե 3,5 միլիաարդ տարի առաջ, պրոկարիոտների մեծամասնությունը չունեն բնորոշ մորֆոլոգիա և բրածո ձևերը չեն կարող օգտագործվել դրանց նույնականացման համար որպես արքեաներ[46]։ Դրա փոխարեն քիմիական բրածո մնացորդները՝ յուրահատուկ լիպիդների ավելի տեղեկատվական են, քանի որ այդիպսի միացություններ չեն հանդիպում այլ օրգանիզմներում[47]։ Նոր հրապարակումները առաջարկում են, որ արքեալ և էուկարիոտիկ լիպիդային մնացորդներ առկա են թերթաքարերում, որոնք ավելի քան 2,7 միլիարդ տարեկան են[48], չնայած այսպիսի տեղեկատվությունը կասկածի տեղիք ե տալիս[49]։ Այդ լիպիդները հայտնաբել են նաև ավելի հին ժայռերում՝ Արևմտյան Գրիլանդիա, ամենա հին հետքերը եղել են Հիսուսի շրջանից, որը ներառում է իր մեջ Երկրի ամենահին նստվածքները ձևավոևված 3,8 միլիարդ տարի առաջ[50]։ Արքեաների գիծը երկրի վրա ամենահինը կարող է լինել[51]։

Ուոզը պնդում էր, որ բատերիաները, արքեաները և էուկարիոտները իրենցից ներկայացնում են ծագման առանձին գծեր, որոնք ի սկզբանե տարբերվել են ժառանգական գաղութի օրգանիզմներից[52][53]։ Դրա իրականացման հավանականություններից մեկն այն է[53][54], որ դա տեղի է ունեցել մինչև էվոլյուցիան, երբ տիպիկ բջջաթաղանթի բացակայությունը թույլ է տվել գեների հորիզոնական փոխանցման և, որ 3 դոմենների ընհանուր նախնիները առաջացել են գեների որոշակի խմբերի ամրացման ճանապարհով[53][54]։ Հնրավոր է, որ բակտերիաների և արքեաների վերջին նախնին եղել է ջերմասեր, ինչը մեծացնում է հավանականությունն այն բանի, որ ավելի ցածր ջերմաստիճանները հանդիսանում են «ծայրահեղ պայմաններ» արքոաների համար, իսկ այն օրգանիզմները որոնք ապրում են ցուրտ պայմաններում առաջացել են ավելի ուշ[55]։ Քանի, որ արքեաները և բակտերիաները այնքան էլ կապ չունեն միմյանց հետ, ինչքան էուկարիոտների, այդ պատճառով պրոկարիոտ հասկացությունը կեղծ նմանություն է նրանց համար[56]։

Համեմատություն դոմենների միջև

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Աղյուսակում համեմատվում է դոմենների հիմնական բնութագրերը, որպեսզի ավելի պատկերավոր լինի նրանց նմանություններն ու տարբերությունները[57]․

Հատկություն Արքեա Բակտերիա Էուկարիա
Բջջաթաղանթ Եթերային կապերով կապված ճարպեր Էսթերային կապերով կապված ճարպեր Էսթերային կապերով կապված ճարպեր
Բջջապատ Պսևդոպեպտիդոգլիկան, գլիկոպրոտեին, կամ S-շերտ Պեպտիդոգլիկան, S-շերտ, կամ բջջապատի բացակայություն Տարբեր կառուցվածքներ
Գենի կառուցվածքը Օղակաձև քրոմոսոմ, տրանսլյացիա և տրանսկրիպցիա ինչպես էուկարիոտների մոտ Օղակաձև քրոմոսոմ, յուրահատուկ տրանսկրիպցիա և տրանսլյացիա Բազմաթիվ գծային քրոմոսոմներ, բայց տրանսկրիպցիան և տրանսլյացիան նման են արքեաներին
Ներբջջային կառուցվածքը Չկան թաղանթակապ օրգանոիդներ (?[58]) կամ կորիզ Չկան թաղանթակապ օրգանոիդներ կամ կորիզ Առկա են թաղանթակապ օրգանոիդներ կամ կորիզ
Նյութափոխանակություն[59] Տարբեր, այդ թվում նաև դիազոտոտրոֆիա մեթանոգենեզով,եզակի է արքեաների համար Տարբեր, այդ թվում նաև ֆոտոսինթեզ, աերոբ և անաերոբ շնչառություն, խմորում, դիազոտոտրոֆիա և աուտոտրոֆիա Ֆոտոսինթեզ, բջջային շնչառություն և խմորում, դիազոտոտրոֆիա չկա
Բազմացում Անսեռ բազմացում, գեների հորիզոնական փոխանցում Անսեռ բազմացում, գեների հորիզոնական փոխանցում Սեռական և անսեռ բազմացում
Սպիտակուցների սինթեզի սկիզբը Մեթիոնին Ֆորմիլմեթիոնին Մեթիոնին
ՌՆԹ-պոլիմերազ Շատ Մեկ Շատ
Թույն Զգայուն է դիֆթերիայի թույնի նկատմամբ Կայուն է դիֆթերիայի թույնի նկատմամբ Զգայուն է դիֆթերիայի թույնի նկատմամբ

Արքեաները, որպես երրորդ դոմեն առանձնացվել են ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի մեծ տարբերության պատճառով։ 16S ռիբոսոմային ՌՆԹ հանդիսանում է առանցքային մաս բոլոր օրգանիզմների սպիտակուցների սինթեզի համար։ Քանի, որ այս ֆունկցիան գլխավոր մասն է կազմում կյանքի, այդ պատճառով այն օրգանիզմները որտեղ տեղի է ունեցել 16S ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի մուտացիա կենդանի չեն մնում, ինչն էլ բերում է այդ նուկլեոտիդային հաջորդականության կայունության սերունդների ընթացքում։ 1977 թվականին մանրէաբան Կառլ Ուոզը ուսումնասիրելով օրգանիզմների գենային հաջորդականությունները մշակել է համեմատոթյան նոր մեթոդ, ըստ որի ՌՆԹ բաժանում են մասերի (ֆռագմենտների), որոնք կարելի է խմբավորել և համեմատել այլ օրգանիզմներից ստացված ֆռագմենտների հետ[9]։ Ինչքան մեծ է տեսակների միջև նմանությունը, այնքան ավելի սերտ են կապված իրաի հետ[60]։

Ուոզը համեմատել է տարբեր տեսակներ և հայտնաբերել մեթանոգենների ռՌՆԹ, որը խիստ տարբերվում էր ցանկացած հայտնի պրոկարիոտ և էուկարիոտ օրգանիզմների ռՌՆԹ-ից[9]։ Այդ մեթանոգեններն ավելի շատ նման էին միմյանց, քան մյուս օրգանիզմներին, ինչն էլ բերեց նրան, որ Ուոզը առաջարկեց նոր դոմնե՝ արքեա[9]։ Նրա փորձերը ցույց են տվել, որ արքեաներն ավելի շատ նման են էուկարիոտներին, քան պրոկարիոտներին, չնայած կառուցվածքային տեսանկյունից ավելի շատ նման էին պրոկարիոտներին[61]։ Սա բերեց այն եզրակացության, որ արքեաները և էուկարիոտները ունեցել են նույն նախնին,ավելի վերջերս, քան էուկարիոտներն ու պարոկարիոտները[61]։ Կորիզի առաջացումը տեղի է ունեցել պրոկարիոտների և այդ ընդհանուր նախնու պառակտումից հետո[61] The development of the nucleus occurred after the split between Bacteria and this common ancestor.[10][61]։

Արքեաները ունեն յուրահատուկ հատկություն - դա նրանց բջջաթաղանթում գտնվող եթերային կապերով լիպիդների ակտիվ օգտագործումն է։ Եթերային կապերը հանդիսանում են քիմիականորեն ավելի կայուն, քան բարդ եթերային կապերը, որոնք հայտնաբերված են բակտերիաներում և էուկարիոտներում, ինչը կարող է հանդիսանալ փաստ, որը թույլ է տալիս արքեաներին գոյատևել ծայրահեղ պայմաններում, որը մեծ ստրես է առաջացնում բջջաթաղանթի համար, ինչպես օրինակ՝ բարձր ջերմաստիճանը և աղայնությունը։ Արքեալ գենոմի համեմատական անալիզը նաև ցույց է տվել, որ որոշ սպիտակուցներ կամ առկա են բոլոր արքեաներում կամ դրանց հիմնական խմբերում[62][63][64]։ Մյուս հատկությունը, որը յուրահատուկ է արքեաների համար և հայտնաբեված չէ մյուս օրգանիզմներում, դա մեթագենեզն է (մեթանի սինթեզ)։ Մեթանագենները հանդիսանում են առանցքային օղակ այն օրգանիզմների էկոհամակարգում, որոնք էներգիա ստանում են մեթանի օքսիդացման արդյունքում, դրանցից շատերը բակտերիանեն են, մեթանագենները հանդիսանում են մեթանի հիմնական աղբյուրը և տանում են առաջնային պրոդուցենտի դեր։ Մեթանագենները նաև ունեն կարևոր դեր ածխածնի շրջապտույտում, քայքայելով օրգանական միացությունները մինչև մեթան, որը նաև հանդիսանում է հիմնական ջերմոցային գազը[65]։

Կապը բակտերիաների հետ

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Երեք դոմենների միջև փոխհարաբերությունները ունեն որոշիչ դեր կյանքի ծագումը հասկանալու համար։ Նյութափոխանակային ուղղիներից շատերը, որոնք հանդիսանում են օրգանիզմների գեների մեծ մասի հետևանք, ընդհանուր են արքեաների և բակտերիաների համար, միևնույն ժամանակ շատ գեներ էլ, որոնք մասնակցում են գենոմի էքսպրեսիային հանդիսանում են ընդհանուր արքեաների և էուկարիոտների համար[66]։ Արքեալ բջիջները կառուցվածքով ավելի նման են գրամ-դրական բակտերիաներին, քանի որ երկուսն էլ ունեն երկշերտ լիպիդային կառուցվածք[67] և հիմնականում պարունակում են հաստ սակուլուս (էկզոկմախք) տարբեր քիմիական կառուցվածքով[68]։ Որոշ ֆիլոգենետիկ ծառերում կազմված տարբեր գենային հաջորդականություններից/սպիտակուցներից պրոկարիոտներին հոմոլոգ, արքեաները ավելի սերտ կապված են գրամ-դրական բակտերիաների հոմոլոգների հետ[67]։ Արքեաները և գրամ-դրական բակտրիաները նաև ունեն պահպանողական (կոնսերվատիվ) հատվածներ կարևոր սպիտակուցներում, ինչպիսին է Hsp70-ը և գլյուտամին սինթետազ I[67][69], բայց այս գեների ֆիլոգենիան, բացատրվում է որպես գեների միջդոմենային փոխանցում[70][71], և կարող է ցույց չտալ օրգանիզմների փոխհարաբերությունները[72]։

Կար ենթադրություն, որ արքեաները առաջացել են գրամ-դրական բակտերիաներից ի պատասխան հակաբիոտիկների ճնշման[67][69][73]։ Դրա մասին է վկայում այն հետազոտությունը, որ արքեաները կայուն են լայն սպեկտրի հակաբիոտիկների նկատմամբ, որոնք արտադրվում են հիմնականում գրամ-դրական բակտերիաների կողմից[67][69], և որ այդ հակաբիոտիկները առաջին հերթին ազդում են այն գեների վրա, որոնք առանձնացնում են արքեաներին բակտերիաներից։ Ենթադրվում է, որ գրամ-դրական հակաբիոտիկներով ընտրողական ճնշումը դիմադրության (ռեզիստենտության) վրա, վերջին հաշվով բավարար է եղել, որպեսզի առաջացնի ծավալուն փոփոխություններ հակաբիոտիկների մի շարք գեն-թիրախների վրա, և որ այդ շտամերրը իրենցից ներկայացնում են ժամանակակից արքեաների ընդհանուր նախնիները[73]։ Արքեաների էվոլյուցիոն պատասխանը անտիբիոտիկների ընտրության հարցում կամ ընտրության ցանկացած այլ մրցակցային ճնշում կարող է նաև բացատրել նրանց հարմարողականությունը ծայրահեղ պայմաններին (օրինակ՝ բարձր ջերմաստիճանը կամ թթվայնությունը), փնտրելով ազատ տարածքներ, որպեսզի հեռու մնան հակաբիոտիկներ արտադրող օրգանիզմներից[73][74]։ Նման առաջարկություն արել էր Կավալեր-Սմիտը[75]։ Այս ենթադրությունը նաև հաստատվում է այլ աշխատանքով, որն ուղղված էր սպիտակուցային կառուցվածքների փոխհարաբերություններին[76] և հետազոտություններին, որոնք ենթադրում էին, որ գրամ-դրական բակտերիաները կարող են կազմել պրոկարիոտների ամենավաղ ճյուղավորումը[77]։

Կապը էուկարիոտների հետ

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Էվոլյուցիոն կապը էուկարիոտների և արքեաների միջև դեռ պարզ չէ։ Բացի կառուցվածքային և ֆունկցիոնալ նմանության, շատ գենետիկական ծառեր են խմբավորում նրանց[78]։

Բարդացնող հանգամանք հանդիսանում է այն, որ էուկարիոտների և արքեաների Crenarchaeota տիպի միջև կապն ավելի սերտ է, քան՝ Euryarchaeota-ի և Crenarchaeota-ի[79], և արքեաներին բնորոշ գեների առկայությունը որոշ բակտերիաների մոտ, ինչպիսին է Thermotoga maritima, որը հետևանք ե գեների հորիզոնական փոխանցման[80]։ Ստանդարտ հիպոթեզը պնդում է, որ էուկարիոտների նախնիները վաղ են առանձնացել արքեաներից[81][82], և որ էուկարիոտներն առաջացել են առքեաների և էուբակտերիաների միաձուլման հետևանքով, որոնք էլ դարձել են կորիզ և ցիտոպլազմա։ Այս հիպոթեզն բացատրում է տարբեր գենային նմանությունները, բայց բախվում է որոշ դժվարությունների բջջային կառուցվածքի պարզաբանման ժամանակ[79]։ Այլընտրանքային հիպոթեզը՝ էոցիտների հիպոթզ, հաստատում է, որ էուկարիոտները առաջացել են արքեաներից շատ ավելի ուշ[83]։

2015 թվականին հայտնաբերված առքեաների Lokiarchaeum ճյուղը (առաջարկվող նոտ տեսակից «Lokiarchaeota»), ի պատիվ հայտնաբերման աղբյուրի, ավելի մոտ է այդ ժամանակներում հայտնի էուկարիոտներին։ Նրանց անվանում են միջանկյալ օրգանիզմ պրոկարիոտների և էուկարիոտների միջև[84][85]։

Այդ ժամանակներից հայտնաբերվել են «Lokiarchaeota»-ի մի քանի ազգակից տեսակներ (« Thorarchaeota », « Odinarchaeota », « Heimdallarchaeota »), բոլորը միասին կազմում են վերջերս առաջարկված Asgard-ի ենթատեսակ, որը կարող է հանդես գալ որպես Proteoarchaeota-ի քույր տաքսոն[26][86]։

Asgard-ի անդամների և էուկարիոտների միջև փոխհարաբերությունները դեռ ուսումնասիրվում են[87], չնայած 2020 թվականին հունվարին գիտնականները հայտնել են, որ Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum-ը՝ արքեաների Asgard տեսակից, կարող է հնարավոր կապ լինել պարզ պրոկարիոտ և բարդ էուկարիոտ միկրոօրգանիզմների միջև դեռևս 2 միլիարդ տարի առաջ[88][89]։

Ծանոթագրություններ

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]
  1. ↑ Pace NR (2006 թ․ մայիս). «Time for a change». Nature. 441 (7091): 289. Bibcode:2006Natur.441..289P. doi:10.1038/441289a. PMID 16710401.
  2. ↑ Stoeckenius W (1981 թ․ հոկտեմբեր). «Walsby's square bacterium: fine structure of an orthogonal procaryote». Journal of Bacteriology. 148 (1): 352–60. doi:10.1128/JB.148.1.352-360.1981. PMC 216199. PMID 7287626.
  3. ↑ «Archaea Basic Biology». 2018 թ․ մարտ.
  4. ↑ Bang C, Schmitz RA (2015 թ․ սեպտեմբեր). «Archaea associated with human surfaces: not to be underestimated». FEMS Microbiology Reviews. 39 (5): 631–48. doi:10.1093/femsre/fuv010. PMID 25907112.
  5. ↑ Moissl-Eichinger, Christine; Pausan, Manuela; Taffner, Julian; Berg, Gabriele; Bang, Corinna; Schmitz, Ruth A. (2018 թ․ հունվարի 1). «Archaea Are Interactive Components of Complex Microbiomes». Trends in Microbiology (անգլերեն). 26 (1): 70–85. doi:10.1016/j.tim.2017.07.004. ISSN 0966-842X.
  6. ↑ Staley JT (2006 թ․ նոյեմբեր). «The bacterial species dilemma and the genomic-phylogenetic species concept». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 361 (1475): 1899–909. doi:10.1098/rstb.2006.1914. PMC 1857736. PMID 17062409.
  7. ↑ Zuckerkandl E, Pauling L (1965 թ․ մարտ). «Molecules as documents of evolutionary history». Journal of Theoretical Biology. 8 (2): 357–66. doi:10.1016/0022-5193(65)90083-4. PMID 5876245.
  8. ↑ Parks DH, Chuvochina M, Waite DW, Rinke C, Skarshewski A, Chaumeil PA, Hugenholtz P (2018 թ․ նոյեմբեր). «A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life». Nature Biotechnology. 36 (10): 996–1004. doi:10.1038/nbt.4229. PMID 30148503.
  9. ↑ 9,0 9,1 9,2 9,3 Woese CR, Fox GE (1977 թ․ նոյեմբեր). «Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (11): 5088–90. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. PMC 432104. PMID 270744.
  10. ↑ 10,0 10,1 Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (1990 թ․ հունիս). «Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
  11. ↑ Sapp, Jan (2009). The new foundations of evolution: on the tree of life. New York: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-973438-2.
  12. ↑ Archaea. (2008). In Merriam-Webster Online Dictionary. Retrieved July 1, 2008
  13. ↑ Magrum LJ, Luehrsen KR, Woese CR (1978 թ․ մայիս). «Are extreme halophiles actually "bacteria"?». Journal of Molecular Evolution. 11 (1): 1–8. Bibcode:1978JMolE..11....1M. doi:10.1007/bf01768019. PMID 660662.
  14. ↑ Stetter KO (1996). «Hyperthermophiles in the history of life». Ciba Foundation Symposium. 202: 1–10, discussion 11–8. PMID 9243007.
  15. ↑ DeLong EF (1998 թ․ դեկտեմբեր). «Everything in moderation: archaea as 'non-extremophiles'». Current Opinion in Genetics & Development. 8 (6): 649–54. doi:10.1016/S0959-437X(98)80032-4. PMID 9914204.
  16. ↑ Theron J, Cloete TE (2000). «Molecular techniques for determining microbial diversity and community structure in natural environments». Critical Reviews in Microbiology. 26 (1): 37–57. doi:10.1080/10408410091154174. PMID 10782339.
  17. ↑ Schmidt TM (2006 թ․ սեպտեմբեր). «The maturing of microbial ecology» (PDF). International Microbiology. 9 (3): 217–23. PMID 17061212. Արխիվացված է օրիգինալից (PDF) 2008 թ․ սեպտեմբերի 11-ին.
  18. ↑ Gevers D, Dawyndt P, Vandamme P, Willems A, Vancanneyt M, Swings J, De Vos P, և այլք: (2006 թ․ նոյեմբեր). «Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 361 (1475): 1911–16. doi:10.1098/rstb.2006.1915. PMC 1764938. PMID 17062410.
  19. ↑ 19,0 19,1 Robertson CE, Harris JK, Spear JR, Pace NR (2005 թ․ դեկտեմբեր). «Phylogenetic diversity and ecology of environmental Archaea». Current Opinion in Microbiology. 8 (6): 638–42. doi:10.1016/j.mib.2005.10.003. PMID 16236543.
  20. ↑ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO (2002 թ․ մայիս). «A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont». Nature. 417 (6884): 63–67. Bibcode:2002Natur.417...63H. doi:10.1038/417063a. PMID 11986665.
  21. ↑ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996 թ․ օգոստոս). «Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS...93.9188B. doi:10.1073/pnas.93.17.9188. PMC 38617. PMID 8799176.
  22. ↑ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, և այլք: (2008 թ․ հունիս). «A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (23): 8102–07. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. doi:10.1073/pnas.0801980105. PMC 2430366. PMID 18535141.
  23. ↑ Baker BJ, Tyson GW, Webb RI, Flanagan J, Hugenholtz P, Allen EE, Banfield JF (2006 թ․ դեկտեմբեր). «Lineages of acidophilic archaea revealed by community genomic analysis». Science. 314 (5807): 1933–35. Bibcode:2006Sci...314.1933B. doi:10.1126/science.1132690. PMID 17185602. {{cite journal}}: Invalid |name-list-style=yes (օգնություն)
  24. ↑ Baker BJ, և այլք: (2010 թ․ մայիս). «Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (19): 8806–11. Bibcode:2010PNAS..107.8806B. doi:10.1073/pnas.0914470107. PMC 2889320. PMID 20421484.
  25. ↑ Guy L, Ettema TJ (2011 թ․ դեկտեմբեր). «The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes». Trends in Microbiology. 19 (12): 580–87. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002. PMID 22018741.
  26. ↑ 26,0 26,1 Zaremba-Niedzwiedzka K, Caceres EF, Saw JH, Bäckström D, Juzokaite L, Vancaester E, Seitz KW, Anantharaman K, Starnawski P, Kjeldsen KU, Stott MB, Nunoura T, Banfield JF, Schramm A, Baker BJ, Spang A, Ettema TJ, և այլք: (2017 թ․ հունվար). «Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity» (PDF). Nature. 541 (7637): 353–58. Bibcode:2017Natur.541..353Z. doi:10.1038/nature21031. PMID 28077874.
  27. ↑ Tom A. Williams et al., Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life, 2017 doi:10.1073/pnas.1618463114
  28. ↑ Castelle, C.J., Banfield, J.F., Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life, Cell, 2018 doi:10.1016/j.cell.2018.02.016
  29. ↑ K.W. Seitz et al., Asgard archaea capable of anaerobic hydrocarbon cycling, Nature Communications, 2019 doi:10.1038/s41467-019-09364-x
  30. ↑ de Queiroz K (2005 թ․ մայիս). «Ernst Mayr and the modern concept of species». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (Suppl 1): 6600–07. Bibcode:2005PNAS..102.6600D. doi:10.1073/pnas.0502030102. PMC 1131873. PMID 15851674.
  31. ↑ Eppley JM, Tyson GW, Getz WM, Banfield JF (2007 թ․ սեպտեմբեր). «Genetic exchange across a species boundary in the archaeal genus ferroplasma». Genetics. 177 (1): 407–16. doi:10.1534/genetics.107.072892. PMC 2013692. PMID 17603112.
  32. ↑ Papke RT, Zhaxybayeva O, Feil EJ, Sommerfeld K, Muise D, Doolittle WF (2007 թ․ օգոստոս). «Searching for species in haloarchaea». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (35): 14092–97. Bibcode:2007PNAS..10414092P. doi:10.1073/pnas.0706358104. PMC 1955782. PMID 17715057.
  33. ↑ Kunin V, Goldovsky L, Darzentas N, Ouzounis CA (2005 թ․ հուլիս). «The net of life: reconstructing the microbial phylogenetic network». Genome Research. 15 (7): 954–59. doi:10.1101/gr.3666505. PMC 1172039. PMID 15965028.
  34. ↑ Hugenholtz P (2002). «Exploring prokaryotic diversity in the genomic era». Genome Biology. 3 (2): REVIEWS0003. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003. PMC 139013. PMID 11864374.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ չպիտակված ազատ DOI (link)
  35. ↑ Rappé MS, Giovannoni SJ (2003). «The uncultured microbial majority». Annual Review of Microbiology. 57: 369–94. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID 14527284.
  36. ↑ «Age of the Earth». U.S. Geological Survey. 1997. Արխիվացված օրիգինալից 2005 թ․ դեկտեմբերի 23-ին. Վերցված է 2006 թ․ հունվարի 10-ին.
  37. ↑ Dalrymple, G. Brent (2001). «The age of the Earth in the twentieth century: a problem (mostly) solved». Special Publications, Geological Society of London. 190 (1): 205–21. Bibcode:2001GSLSP.190..205D. doi:10.1144/GSL.SP.2001.190.01.14.
  38. ↑ Manhesa G, Allègre CJ, Dupréa B, Hamelin B (1980). «Lead isotope study of basic-ultrabasic layered complexes: Speculations about the age of the earth and primitive mantle characteristics». Earth and Planetary Science Letters. 47 (3): 370–82. Bibcode:1980E&PSL..47..370M. doi:10.1016/0012-821X(80)90024-2.
  39. ↑ de Duve C (1995 թ․ հոկտեմբեր). «The Beginnings of Life on Earth». American Scientist. Արխիվացված է օրիգինալից 2017 թ․ հունիսի 6-ին. Վերցված է 2014 թ․ հունվարի 15-ին.
  40. ↑ Timmer, John (2012 թ․ սեպտեմբերի 4). «3.5 billion year old organic deposits show signs of life». Ars Technica. Վերցված է 2014 թ․ հունվարի 15-ին.
  41. ↑ Ohtomo Y, Kakegawa T, Ishida A, Nagase T, Rosingm MT (2013 թ․ դեկտեմբերի 8). «Evidence for biogenic graphite in early Archaean Isua metasedimentary rocks». Nature Geoscience. 7 (1): 25. Bibcode:2014NatGe...7...25O. doi:10.1038/ngeo2025.
  42. ↑ Borenstein, Seth (2013 թ․ նոյեմբերի 13). «Oldest fossil found: Meet your microbial mom». Associated Press. Վերցված է 2013 թ․ նոյեմբերի 15-ին.
  43. ↑ Noffke N, Christian D, Wacey D, Hazen RM (2013 թ․ դեկտեմբեր). «Microbially induced sedimentary structures recording an ancient ecosystem in the ca. 3.48 billion-year-old Dresser Formation, Pilbara, Western Australia». Astrobiology. 13 (12): 1103–24. Bibcode:2013AsBio..13.1103N. doi:10.1089/ast.2013.1030. PMC 3870916. PMID 24205812.
  44. ↑ Borenstein, Seth (2015 թ․ հոկտեմբերի 19). «Hints of life on what was thought to be desolate early Earth». Excite. Yonkers, NY: Mindspark Interactive Network. Associated Press. Վերցված է 2015 թ․ հոկտեմբերի 20-ին.
  45. ↑ Bell EA, Boehnke P, Harrison TM, Mao WL (2015 թ․ նոյեմբեր). «Potentially biogenic carbon preserved in a 4.1 billion-year-old zircon» (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. National Academy of Sciences. 112 (47): 14518–21. Bibcode:2015PNAS..11214518B. doi:10.1073/pnas.1517557112. PMC 4664351. PMID 26483481. Արխիվացված է օրիգինալից (PDF) 2015 թ․ նոյեմբերի 6-ին. Վերցված է 2020 թ․ օգոստոսի 31-ին.
  46. ↑ Schopf JW (2006 թ․ հունիս). «Fossil evidence of Archaean life». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 361 (1470): 869–85. doi:10.1098/rstb.2006.1834. PMC 1578735. PMID 16754604.
  47. ↑ Chappe B, Albrecht P, Michaelis W (1982 թ․ հուլիս). «Polar lipids of archaebacteria in sediments and petroleums». Science. 217 (4554): 65–66. Bibcode:1982Sci...217...65C. doi:10.1126/science.217.4554.65. PMID 17739984.
  48. ↑ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (1999 թ․ օգոստոս). «Archean molecular fossils and the early rise of eukaryotes». Science. 285 (5430): 1033–36. CiteSeerX 10.1.1.516.9123. doi:10.1126/science.285.5430.1033. PMID 10446042.
  49. ↑ Rasmussen B, Fletcher IR, Brocks JJ, Kilburn MR (2008 թ․ հոկտեմբեր). «Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria». Nature. 455 (7216): 1101–4. Bibcode:2008Natur.455.1101R. doi:10.1038/nature07381. PMID 18948954.
  50. ↑ Hahn J, Haug P (1986). «Traces of Archaebacteria in ancient sediments». System Applied Microbiology. 7 (Archaebacteria '85 Proceedings): 178–83. doi:10.1016/S0723-2020(86)80002-9.
  51. ↑ Wang M, Yafremava LS, Caetano-Anollés D, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G (2007 թ․ նոյեմբեր). «Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world». Genome Research. 17 (11): 1572–85. doi:10.1101/gr.6454307. PMC 2045140. PMID 17908824.
  52. ↑ Woese CR, Gupta R (1981 թ․ հունվար). «Are archaebacteria merely derived 'prokaryotes'?». Nature. 289 (5793): 95–96. Bibcode:1981Natur.289...95W. doi:10.1038/289095a0. PMID 6161309.
  53. ↑ 53,0 53,1 53,2 Woese C (1998 թ․ հունիս). «The universal ancestor». Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (12): 6854–59. Bibcode:1998PNAS...95.6854W. doi:10.1073/pnas.95.12.6854. PMC 22660. PMID 9618502.
  54. ↑ 54,0 54,1 Kandler O. The early diversification of life and the origin of the three domains: A proposal. In: Wiegel J, Adams WW, editors. Thermophiles: The keys to molecular evolution and the origin of life? Athens: Taylor and Francis, 1998: 19-31.
  55. ↑ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006 թ․ հունիս). «The origin and evolution of Archaea: a state of the art». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 361 (1470): 1007–22. doi:10.1098/rstb.2006.1841. PMC 1578729. PMID 16754611.
  56. ↑ Woese CR (1994 թ․ մարտ). «There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself». Microbiological Reviews. 58 (1): 1–9. doi:10.1128/MMBR.58.1.1-9.1994. PMC 372949. PMID 8177167.
  57. ↑ Information is from Willey JM, Sherwood LM, Woolverton CJ. Microbiology 7th ed. (2008), Ch. 19 pp. 474–475, except where noted.
  58. ↑ Heimerl T, Flechsler J, Pickl C, Heinz V, Salecker B, Zweck J, Wanner G, Geimer S, Samson RY, Bell SD, Huber H, Wirth R, Wurch L, Podar M, Rachel R (2017 թ․ հունիսի 13). «Nanoarchaeum equitans». Frontiers in Microbiology. 8: 1072. doi:10.3389/fmicb.2017.01072. PMC 5468417. PMID 28659892.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ չպիտակված ազատ DOI (link)
  59. ↑ Jurtshuk, Peter (1996). «Bacterial Metabolism». Medical Microbiology (4th ed.). Galveston (TX): University of Texas Medical Branch at Galveston. ISBN 9780963117212. Վերցված է 2014 թ․ նոյեմբերի 5-ին.
  60. ↑ Howland JL (2000). The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life. Oxford: Oxford University Press. էջեր 25–30. ISBN 978-0-19-511183-5.
  61. ↑ 61,0 61,1 61,2 61,3 Cavicchioli R (2011 թ․ հունվար). «Archaea--timeline of the third domain». Nature Reviews. Microbiology. 9 (1): 51–61. doi:10.1038/nrmicro2482. PMID 21132019.
  62. ↑ Gupta RS, Shami A (2011 թ․ փետրվար). «Molecular signatures for the Crenarchaeota and the Thaumarchaeota». Antonie van Leeuwenhoek. 99 (2): 133–57. doi:10.1007/s10482-010-9488-3. PMID 20711675.
  63. ↑ Gao B, Gupta RS (2007 թ․ մարտ). «Phylogenomic analysis of proteins that are distinctive of Archaea and its main subgroups and the origin of methanogenesis». BMC Genomics. 8: 86. doi:10.1186/1471-2164-8-86. PMC 1852104. PMID 17394648.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ չպիտակված ազատ DOI (link)
  64. ↑ Gupta RS, Naushad S, Baker S (2015 թ․ մարտ). «Phylogenomic analyses and molecular signatures for the class Halobacteria and its two major clades: a proposal for division of the class Halobacteria into an emended order Halobacteriales and two new orders, Haloferacales ord. nov. and Natrialbales ord. nov., containing the novel families Haloferacaceae fam. nov. and Natrialbaceae fam. nov». International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 65 (Pt 3): 1050–69. doi:10.1099/ijs.0.070136-0. PMID 25428416.
  65. ↑ Deppenmeier U (2002). The unique biochemistry of methanogenesis. Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology. Vol. 71. էջեր 223–83. doi:10.1016/s0079-6603(02)71045-3. ISBN 978-0-12-540071-8. PMID 12102556.
  66. ↑ Koonin EV, Mushegian AR, Galperin MY, Walker DR (1997 թ․ օգոստոս). «Comparison of archaeal and bacterial genomes: computer analysis of protein sequences predicts novel functions and suggests a chimeric origin for the archaea». Molecular Microbiology. 25 (4): 619–37. doi:10.1046/j.1365-2958.1997.4821861.x. PMID 9379893.
  67. ↑ 67,0 67,1 67,2 67,3 67,4 Gupta RS (1998 թ․ դեկտեմբեր). «Protein phylogenies and signature sequences: A reappraisal of evolutionary relationships among archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes». Microbiology and Molecular Biology Reviews. 62 (4): 1435–91. doi:10.1128/MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC 98952. PMID 9841678.
  68. ↑ Koch AL (2003 թ․ ապրիլ). «Were Gram-positive rods the first bacteria?». Trends in Microbiology. 11 (4): 166–70. doi:10.1016/S0966-842X(03)00063-5. PMID 12706994.
  69. ↑ 69,0 69,1 69,2 Gupta RS (1998 թ․ օգոստոս). «What are archaebacteria: life's third domain or monoderm prokaryotes related to gram-positive bacteria? A new proposal for the classification of prokaryotic organisms». Molecular Microbiology. 29 (3): 695–707. doi:10.1046/j.1365-2958.1998.00978.x. PMID 9723910.
  70. ↑ Gogarten JP (1994 թ․ նոյեմբեր). «Which is the most conserved group of proteins? Homology-orthology, paralogy, xenology, and the fusion of independent lineages». Journal of Molecular Evolution. 39 (5): 541–43. Bibcode:1994JMolE..39..541G. doi:10.1007/bf00173425. PMID 7807544. S2CID 44922755.
  71. ↑ Brown JR, Masuchi Y, Robb FT, Doolittle WF (1994 թ․ հունիս). «Evolutionary relationships of bacterial and archaeal glutamine synthetase genes». Journal of Molecular Evolution. 38 (6): 566–76. Bibcode:1994JMolE..38..566B. doi:10.1007/BF00175876. PMID 7916055. S2CID 21493521.
  72. ↑ Katz LA (2015 թ․ սեպտեմբեր). «Recent events dominate interdomain lateral gene transfers between prokaryotes and eukaryotes and, with the exception of endosymbiotic gene transfers, few ancient transfer events persist». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 370 (1678): 20140324. doi:10.1098/rstb.2014.0324. PMC 4571564. PMID 26323756.
  73. ↑ 73,0 73,1 73,2 Gupta RS (2000). «The natural evolutionary relationships among prokaryotes». Critical Reviews in Microbiology. 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356. doi:10.1080/10408410091154219. PMID 10890353. S2CID 30541897.
  74. ↑ Gupta RS (2005). «Molecular Sequences and the Early History of Life». In Sapp J (ed.). Microbial Phylogeny and Evolution: Concepts and Controversies. New York: Oxford University Press. էջեր 160–183.
  75. ↑ Cavalier-Smith T (2002 թ․ հունվար). «The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification». International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
  76. ↑ Valas RE, Bourne PE (2011 թ․ փետրվար). «The origin of a derived superkingdom: how a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon». Biology Direct. 6: 16. doi:10.1186/1745-6150-6-16. PMC 3056875. PMID 21356104.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ չպիտակված ազատ DOI (link)
  77. ↑ Skophammer RG, Herbold CW, Rivera MC, Servin JA, Lake JA (2006 թ․ սեպտեմբեր). «Evidence that the root of the tree of life is not within the Archaea». Molecular Biology and Evolution. 23 (9): 1648–51. doi:10.1093/molbev/msl046. PMID 16801395.
  78. ↑ Eme L, Spang A, Lombard J, Stairs CW, Ettema TJG (2017 թ․ նոյեմբեր). «Archaea and the origin of eukaryotes». Nature Reviews. Microbiology. 15 (12): 711–723. doi:10.1038/nrmicro.2017.133. PMID 29123225. S2CID 8666687.
  79. ↑ 79,0 79,1 Lake JA (1988 թ․ հունվար). «Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences». Nature. 331 (6152): 184–86. Bibcode:1988Natur.331..184L. doi:10.1038/331184a0. PMID 3340165. S2CID 4368082.
  80. ↑ Nelson KE, Clayton RA, Gill SR, Gwinn ML, Dodson RJ, Haft DH, և այլք: (1999 թ․ մայիս). «Evidence for lateral gene transfer between Archaea and bacteria from genome sequence of Thermotoga maritima». Nature. 399 (6734): 323–29. Bibcode:1999Natur.399..323N. doi:10.1038/20601. PMID 10360571. S2CID 4420157.
  81. ↑ Gouy M, Li WH (1989 թ․ մայիս). «Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree». Nature. 339 (6220): 145–47. Bibcode:1989Natur.339..145G. doi:10.1038/339145a0. PMID 2497353. S2CID 4315004.
  82. ↑ Yutin N, Makarova KS, Mekhedov SL, Wolf YI, Koonin EV (2008 թ․ օգոստոս). «The deep archaeal roots of eukaryotes». Molecular Biology and Evolution. 25 (8): 1619–30. doi:10.1093/molbev/msn108. PMC 2464739. PMID 18463089. Արխիվացված է օրիգինալից 2009 թ․ մայիսի 3-ին. Վերցված է 2008 թ․ հունիսի 24-ին.
  83. ↑ Williams TA, Foster PG, Cox CJ, Embley TM (2013 թ․ դեկտեմբեր). «An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life». Nature. 504 (7479): 231–36. Bibcode:2013Natur.504..231W. doi:10.1038/nature12779. PMID 24336283. S2CID 4461775.
  84. ↑ Zimmer C (2015 թ․ մայիսի 6). «Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells». The New York Times. Վերցված է 2015 թ․ մայիսի 6-ին.
  85. ↑ Spang A, Saw JH, Jørgensen SL, Zaremba-Niedzwiedzka K, Martijn J, Lind AE, van Eijk R, Schleper C, Guy L, Ettema TJ (2015 թ․ մայիս). «Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes». Nature. 521 (7551): 173–179. Bibcode:2015Natur.521..173S. doi:10.1038/nature14447. PMC 4444528. PMID 25945739.
  86. ↑ Seitz KW, Lazar CS, Hinrichs KU, Teske AP, Baker BJ (2016 թ․ հուլիս). «Genomic reconstruction of a novel, deeply branched sediment archaeal phylum with pathways for acetogenesis and sulfur reduction». The ISME Journal. 10 (7): 1696–705. doi:10.1038/ismej.2015.233. PMC 4918440. PMID 26824177.
  87. ↑ MacLeod F, Kindler GS, Wong HL, Chen R, Burns BP (2019). «Asgard archaea: Diversity, function, and evolutionary implications in a range of microbiomes». AIMS Microbiology. 5 (1): 48–61. doi:10.3934/microbiol.2019.1.48. PMC 6646929. PMID 31384702.
  88. ↑ Zimmer C (2020 թ․ հունվարի 15). «This Strange Microbe May Mark One of Life's Great Leaps - A organism living in ocean muck offers clues to the origins of the complex cells of all animals and plants». The New York Times. Վերցված է 2020 թ․ հունվարի 16-ին.
  89. ↑ Imachi H, Nobu MK, Nakahara N, Morono Y, Ogawara M, Takaki Y, և այլք: (2020 թ․ հունվար). «Isolation of an archaeon at the prokaryote-eukaryote interface». Nature. 577 (7791): 519–525. doi:10.1038/s41586-019-1916-6. PMC 7015854. PMID 31942073.

Գրականություն

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Արտաքին հղումներ

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

General

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Classification

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Genomics

[խմբագրել | խմբագրել կոդը]
Ստացված է «https://hy.wikipedia.org/w/index.php?title=Արքեաներ&oldid=9506080» էջից