המטוס פותח עקב מחקרים אווירודינמיים במכון צאגי במהלך מלחמת קוריאה שהעלו קונפיגורציות אופטימליות למטוסי קרב סילוניים. המטוס עצמו עוצב על ידי המשרד לתכנון ניסוייסוחוי תחת מספר הדגם T-405 וטס לראשונה ב-1956. ה-Su-9 פותח במקביל לסוחוי Su-7 והמערב ראה את שניהם לראשונה ב-יום התעופה בטושינו ב-24 ביוני 1956, ובשל שהם היו דומים ה-Su-7 קיבל את קוד נאט"ו Fitter וה-Su-9 קיבל את הקוד Fitter-B בהתחלה.
1,150 יחידות של כלי הטיס יוצרו, על בסיסו יוצר ה-סוחוי Su-11 ועל פי מספר עדיויות חלק ממטוסי Su-9 עברו שודרגו והוסבו לדגם Su-11. המטוס לא נמכר לבעלות הברית של ברית המועצות ולא למדינות ברית ורשה אחרות. המטוס יצא משירות במהלך שנות ה-70 והוחלף על ידי סוחוי Su-15 ומיג-25.
ברית המועצות
