Adding Dockerfile

g2nb · Sep 16, 2021 · dfa4897 · dfa4897
1 parent 7c85a7c
commit dfa4897
Showing 1 changed file with 47 additions and 0 deletions.
diff --git a/Dockerfile b/Dockerfile
@@ -0,0 +1,47 @@
+# Dockerfile for running igv-jupyter from a pip install
+
+# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks
+FROM jupyter/scipy-notebook:2021-08-16
+
+MAINTAINER Thorin Tabor <[email protected]>
+EXPOSE 8888
+
+#############################################
+##  ROOT                                   ##
+##      Install npm                        ##
+#############################################
+
+USER root
+
+RUN apt-get update && apt-get install -y npm
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install python libraries           ##
+#############################################
+
+USER $NB_USER
+
+RUN conda install -c conda-forge jupyterlab=3.1
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install nbtools                    ##
+#############################################
+
+RUN pip install nbtools==21.9.0b1
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install nbtools igv-jupyter        ##
+#############################################
+
+RUN pip install igv-jupyter && jupyter lab build
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Launch lab by default              ##
+#############################################
+
+ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
+ENV TERM xterm