Le joueur incarne Goemon, basé sur le bandit japonaisIshikawa Goemon[2]. Goemon se déplace de gauche à droite et peut sauter à travers des plate-formes en orientant le joystick vers le bas ou le haut, et pour simplement sauter, le joystick vers le haut[1]. Le gameplay repose sur deux boutons, un bouton pour attaquer et un autre pour lancer des objets[1],[2]. Goemon se bat à l'aide d'une pipe traditionnelle japonaise (kiseru) qui lui sert d'arme principale. Le second bouton est utilisé lorsque le joueur ramasse des objets dans les niveaux, plusieurs types d'objets y sont dispersés (éventails, masques hyottoko, statues de chat)[1]. Ces objets servent donc de projectile à Goemon. Si le personnage est attrapé par l'ennemi, secouer rapidement le joystick permet de s'échapper[1],[2].
Comme tous les jeux arcade de l'époque, Mr. Goemon dispose également d'un système de scoring. Les points s'accumulent en éliminant des ennemis et en ramassant des objets[2].