Au XVe siècle, la zone de Kota Kinabalu est sous le contrôle de l'Empire de Brunei. Au XIXe siècle, la Compagnie britannique de Bornéo du Nord (CBBN) établit une colonie proche de l'île Gaya. Celle-ci est cependant détruite par un incendie en 1897, provoqué par un dirigeant local, Mat Salleh. En , la zone située à l’opposé de l'île Gaya est identifiée comme un endroit approprié pour l'établissement de colonies. Peu après, la zone se développe et l'endroit est nommé « Api-Api » avant d'être renommé « Jesselton » par le vice-président de la CBBN. Jesselton devient un port de commerce majeur et se connecte au réseau de chemins de fer de Bornéo du Nord. La ville est largement détruite pendant la Seconde Guerre mondiale. L'occupation japonaise de Jesselton provoque plusieurs soulèvements locaux, notamment la révolte de Jesselton dont les Japonais ressortent vainqueurs. Après la Guerre, la CBBN est incapable de faire face au coût important des reconstructions et la ville est cédée à la Colonie de la Couronne. La Colonie de la Couronne déclare Jesselton capitale de Bornéo du Nord et commence la reconstruction de la ville. Après la formation de la Malaisie, Bornéo du Nord est renommé Sabah. En 1967, Jesselton est renommée Kota Kinabalu, d'après « kota » le mot malais pour « fort » et Kinabalu, le nom du mont proche. Kota Kinabalu obtient le statut de ville en 2000.
Kota Kinabalu est souvent connue sous le nom de « KK », aussi bien en Malaisie que dans le reste du monde. C'est une destination touristique majeure et une passerelle obligatoire pour les visiteurs de Sabah et de Bornéo. Le parc national du Kinabalu se situe à environ 90 kilomètres de la ville et il y a de nombreuses autres attractions touristiques autour de la ville. Kota Kinabalu est également un des principaux centres commerciaux et industriels de la Malaisie orientale. Ces deux facteurs font de Kota Kinabalu une des villes connaissant la plus forte croissance en Malaisie.
Commémoration de l’Holodomor (2015).Après avoir été le premier journaliste étranger à voyager dans l’avion privé d’Adolf Hitler en 1933, Gareth Jones(photo) a grandement contribué à faire connaître l’Holodomor.
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