概要
ミシリスの技術力を借りて運営する中央政府軍の兵器開発部署。
正式名称は「Missilys Military Research Center」。
略称は「M.M.R.」。(ピリオドが最後につく)
兵器開発部署という名前だが細菌といった生命工学も取り扱っており、地上で病原菌に感染した指揮官はここに一時収容される。
M.M.R.附属高校という学校という名の実験施設の運営も行っており、進級試験に不合格となった生徒が最後に行き着く場所でもある。
表向きには言えないような非人道的な実験も行っており、多くのニケが実験の犠牲になっている。
地上で確保されたインディビリアの破片、マテリアル・Hやトーカティブの残骸が保管されている。
エデンの研究者セシルがここの出身であることが、ドロシーのセリフから示唆されている。
研究所は「地下にあるアークのそのまた地下」に存在するが、その更に地下深くに「深層」と呼ばれる最重要機密区画が存在する。
深層内に祈祷室が存在するが、これはM.M.R.の前身が宗教団体（おそらくV.T.C.）だったためである。
深層は「D」「E」「P」のエリアに分けられるがEエリアは二つ存在するため、エリア名を並べるとDEEPになる。
単純に考えればDEEPは深層に引っ掛けた言葉遊びに見えるが・・・？
