概要
艦これでは提督（プレイヤー）一人につき最大４つの艦隊を編成でき、各艦隊の一番上に配置された艦娘を旗艦と言うが、中でも第1艦隊の旗艦を秘書艦という。
自分の手持ちの艦娘から一隻を選択し、自分の秘書（≒搭乗艦）として指名するというシステムで、平たく言えば俺の嫁にあたる。
ただし、本当に嫁として迎えられるケッコンカッコカリシステムが導入されたため、それと対比するならあくまで秘書である。
ゲームの仕様上、秘書艦は必ず設定されるようになっており、チュートリアル時には吹雪・叢雲・漣・電・五月雨の5人の駆逐艦娘の中から1人を選ぶ事になる。
秘書艦に指定した艦娘は母港で様々なアクションを起こし、提督の業務に花を添えてくれる。
また、特定の艦娘は母港画面で何もせずに数分間放置していると不満を訴えたり、独り言を呟く「放置ボイス」が実装されている。
メディアミックス作品でも提督に最も近い立ち位置の艦娘として描かれ、時に提督に代わって艦娘達の中心になることもある（提督が直接登場しないテレビアニメ版や、提督が多忙で不在という設定の漫画『止まり木の鎮守府』など）。
機能
母港において
業務報告
秘書艦の主要業務。
任務から艦隊が帰ってきた事を伝えたり、メニュー画面でコマンドの解説をしてくれる。
艦娘によっては「時報機能」が搭載されており、一定の時刻になるとボイス付きで話しかけてくれる。
内容も艦娘ごとにバラエティに富み、後述の『おさわり機能』と並んで、戦闘以外で艦娘達の素性を窺う事のできるシステムでもある。
なお、サービス開始当初は聞ける時間にアクセスできなくても、パソコンやスマートフォンの時計を操作することで別の時間でも聞けたが、現在は対策が施されエラー画面になる（艦これ起動前に変えても同じ）。
このため、どんなに長い期間艦これをプレイしていても、意識して聞こうとしない限り全ての時報をゲーム内で聞くのは不可能となっている。
ちなみに、業務に関してやるのは報告だけで、提督の仕事を肩代わりしてくれるわけではない。
例えば、出撃前に「装備を３つ開発しておいてくれ」と命令し、帰投したら開発された装備３つが手に入る等という事は出来ない。
開発・建造の補助
秘書艦は工廠での装備の開発のサポートも行っている。
開発できる装備は秘書艦の艦種に影響されるため、開発したい装備に合わせて秘書艦を変える必要がある。
例えば、強力な主砲が欲しければ戦艦を、艦載機が欲しければ空母を、といった具合である。
また、開発は秘書艦の練度が高いほど成功しやすいため、開発時はなるべくレベルの高い艦を秘書艦にするとよい。
建造については基本的には秘書艦の艦種も練度も影響しない。
しかし、一部の艦娘については特定の艦娘を秘書艦にしている事が建造の条件となる。
おさわり機能
秘書艦における（一部のプレイヤーにとって）最も大きな機能。
体良く言えばスキンシップ、ストレートに言うとセクハラである。
当然ながら反応は艦娘ごとに千差万別。
大抵は嫌がったり叱責したりするが、中には逆にセクハラを仕掛けてきたり、提督の妄想を直撃させる思わせぶりな艦娘達もちらほらいたりする。
その他
大鳳の時報により、秘書艦は提督の夕食を持ち回りで用意する事が明かされている。
ただし、艦娘によってばらつきがあるため、業務というよりは習慣に近いものなのかもしれない。
戦闘において
旗艦に任命された艦娘は、戦闘中いくらかの恩恵を受ける。
これは秘書艦（第一艦隊の旗艦）でなくとも、出撃した艦隊の旗艦であれば同様である。
轟沈の回避
旗艦に任命された艦娘は轟沈しなくなる。
これは「旗艦が轟沈＝提督(プレイヤー)の戦死」という観念が付きまとうためと、万一全滅した際に戦闘艦が一隻も居なくなってしまう事を避けるためのシステムでもある。
いわゆるRPGでいうところの「主人公だけ復活する」という、あのパターンである。
その一方で、旗艦が大破してしまうと他の艦の状態に関わらず強制的に撤退させられてしまう。
また、旗艦は提督が乗艦しているため最優先防衛目標であり、他の無傷な艦娘は積極的に旗艦を守ろうと敵の攻撃にその身を晒す場合がある。
いわゆる「庇う」システムである。
これを利用した、いわゆる捨て艦戦法も可能だが、人として人情があるならばお薦めはしない。（現実でも非難されているが、詳細は当該記事にて）
旗艦ボーナス
艦これでの戦闘経験値には、MVP（その戦闘での最大総与ダメージを記録）で2倍、旗艦で1.5倍というボーナスが付く。
よって集中して育てたい艦娘が複数いれば、旗艦を持ち回り制にして少数で低レベルの海域を巡回するのが効率的と言える。
単艦での出撃ならば轟沈のリスクもないため、「旗艦+MVP」で一気に稼ぐ事もできるが、敗北した際のリスク（資材や戦績への影響）も一考しておきたい。
遠征にも旗艦ボーナスは適用されるが、秘書艦がいる第1艦隊は遠征に使えないので注意。
メディアミックス作品で秘書艦となった艦娘
※書きかけにつき追記募集中
- 長門（アニメ版）
- 翔鶴（鶴翼の絆） - 代理として鳳翔や瑞鶴が務めることも。
- 愛宕（陽炎、抜錨します!） - 横須賀鎮守府秘書艦
- 大淀（陽炎、抜錨します!） - 呉鎮守府秘書艦
- 叢雲（陽炎、抜錨します!） - リンガ泊地秘書艦
- 阿武隈（陽炎、抜錨します!） - 幌筵泊地秘書艦
- 涼風（陽炎、抜錨します!） - 大湊警備府秘書艦
- 陽炎（陽炎、抜錨します!） - 6巻より佐世保鎮守府秘書艦。前任の那智から交代した。
- 阿賀野（止まり木の鎮守府） - ただしほとんどの仕事は能代がやっている
- 加賀（瑞の海、鳳の空）
- 多摩（吹雪、がんばります!） - 作中では殆ど秘書艦の存在は触れられないが、多摩は明確に「今週の秘書艦」として登場した事がある。
- 吹雪（艦々日和） - 戦闘などでも、常に旗艦。
- 龍田（水雷戦隊クロニクル） - 肩書は秘書艦だが、職務は水雷戦隊の指導である。
- 愛宕（つむじ風の少女）
- 香取・初春（おねがい!鎮守府目安箱） - 香取には、明確に秘書艦を務めている発言がある。「投書その20」で高波が「今日は高波が時報をお知らせする係」との発言があり、「投書その31」で本日の秘書艦として初春が登場したので固定ではなく持ち回りと判明した。
- 羽黒（今宵もサルーテ!）
- 初雪（お役立ち!鎮守府調査隊） - ただし、執務室に居る描写はあるが仕事をしている描写はない。
- 秋津洲（海色のアルトサックス） - 明言されていないが、執務室で敷波が提督へ楽器購入の直談判を行った際にお茶を出そうとしていた。
関連イラスト
