特に意味なくないと思います。 configure -> プログラムからアプリケーションを作成するためのmakefileを作ります。 make clean -> 一般には、アプリケーションを作成する際にできる中間ファイル及び、作成した結果のアプリーション自体も削除します。 （yamjpkarlさんの回答では、中間ファイルのみを削除するとありましたが、アプリケーション自体も削除する方が一般的だと思います。実際には、makefileがどのように記述されているかに依ります） make -> プログラムからアプリケーションを作成します。 make install -> 作成したアプリケーションをインストールします。 ですので、「configure,make clean,make,make install」は素直な順番だと思います。 「make cleanってどういうときに使うのですか？」に対しては、プログラムのソースコードだけの状態にしたい場合に使う事が多いと思います。