Die Strand- und Steppengebiete der Iberischen Halbinsel und deren Vegetation. Ein Beitrag zur physikalischen Geographie, Geognosie und Botanik. Nebst einer geognostisch-botanischen Karte der Halbinsel, einer Stein- und einer Kupfertafel. Friedrich Fleischer, Leipzig 1852 Google, Real Jardín Botánico de Madrid
Anleitung zum Studium der Wissenschaftlichen Botanik nach den neuesten Forschungen. Ein Handbuch zum Gebrauch bei dem höheren Unterricht und zum Selbststudium. Friedrich Fleischer, Leipzig 1854
Die Halbinsel der Pyrenäen, eine geographische-statistiche Monographie, nach den neuesten Quellen und nach eigener Anschauung bearbeitet. Gustav Mayer, Leipzig 1855 Google, Real Jardín Botánico de Madrid
Die Nonne, der Kiefernspinner und die Kiefernblattwespe. Populäre Beschreibung der Lebensweise und der Vertilgung dieser forstschädlichen Insecten, im Auftrage der Hohen Königl. Sächsischen Staats-Regierung herausgegeben. G. Schönfeld’s Buchhandlung (C. A. Werner), Dresden 1858 Google
Prodromus florae Hispanicae seu Synopsis methodica omnium plantarum in Hispania sponte nascentium vel frequentius cultarum quae innotuerunt. Schweizerbart, Stuttgart
Führer in’s Reich der deutschen Pflanzen eine leicht verständliche Anweisung die in Deutschland wild wachsenden und häufig angebauten Gefässpflanzen schnell und sicher zu bestimmen. Mit 7 lithogr. Tafeln und 645 Holzschnitten nach Zeichnungen des Verfassers. Hermann Mendelssohn, Leipzig 1863 Google
Die mikroskopischen Feinde des Waldes. Naturwissenschaftliche Beiträge zur Kenntniss der Baum- und Holzkrankheiten, für Forstmänner und Botaniker, bearbeitet und in zwanglosen Heften herausgegeben. G. Schönfeld’s Buchhandlung (C. A. Werner), Dresden 1866 Google
Streifzüge durch die baltischen Provinzen. Schilderungen von Land und Leuten, mit besonderer Berücksichtigung der Wälder und der Forstwirthschaft. W. Gläsers Verlag, Dorpat 1872
Der botanische Garten der Kaiserlichen Universität Dorpat. Nachrichten über die Geschichte, den gegenwärtigen Zustand, die Einrichtungen und Sammlungen des Dorpater Gartens, zugleich ein Führer für die Besucher desselben, insbesondere für die Studirenden. C. Mathiesen, Dorpat 1873 Google
Ueber die Bedeutung der Pilze im Haushalte der Natur und für das Leben der Menschen. 1878
Aus den Hochgebirgen von Granada. Naturschilderungen, Erlebnisse und Erinnerungen. Nebst granadischen Volkssagen und Märchen. Carl Gerold’s Sohn, Wien 1882 Internet Archive = Google-USA*
Der Weltteil Europa in Einzeldarstellungen.
1. Die pyrenäische Halbinsel. In drei Abteilungen. F. Tempsky, Prag 1884 ULB Düsseldorf
Forstliche Flora von Deutschland und Oesterreich oder forstbotanische und pflanzengeographische Beschreibung aller im Deutschen Reich und Oesterreichischen Kaiserstaat heimischen und im Freien angebauten oder anbauungswürdigen Holzgewächse. Nebst einer Uebersicht der forstlichen Unkräuter und Standortsgewächse nach deren Vorkommen. Mit 82 xylographischen Tafeln. 2., vielfach vermehrte, verbesserte und wesentlich veränderte Auflage. C. F. Winter’sche Verlagshandlung, Leipzig 1887 Internet Archive, Biodiversity Heritage Library
Ueber die Nadelhölzer und ihre Beziehungen zur Vegetation der Vorwelt. 1891
Ueber den Lotos und Papyrus der alten Aegypter und die Papiererzeugung im Alterthum. 1892
R. von Wettstein: Nekrolog Heinrich Moritz Willkomm [mit Schriftenverzeichnis]. In: Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft. Band XIV. Gebrüder Bornträger, Berlin 1896. S. 13–25 Internet Archive = Google-USA*