Klubben blev grundlagt i 1904 under navnet Freiburger Fußballverein 04, men efter et par fusioner i 1905, 1909 og 1912 ændrede klubben navn til SC Freiburg.
I mange år spillede klubben i de lavere rækker, men i 1979 rykkede den op i 2. Bundesliga og i 1993Bundesligaen. I 1994/1995-sæsonen blev det til en imponerende 3. plads kun 3 point efter Borussia Dortmund. I 1997 sluttede eventyret, og klubben rykkede ned. Siden har det stået på tre oprykninger til Bundesligaen og tre nedrykninger.