En l'antiguitat va ser una vil·la gallo-romana i va formar part de la Gàl·lia,[3][4] però, va ser devastada per les invasions germàniques als segles III i IV, A partir de l'any 1050 Wavre és esmentada per primera vegada, com a dependència del comtat de Lovaina, part del pagus de Brabant. La capella construïda pels comtes prop de l'antiga vil·la va ser cedida a l'abadia d'Afligem uns anys més tard. Al segle XIII ja existia un mercat a la ciutat naixent construïda a la cruïlla de les carreteres Brussel·les-Namur i Nivelles-Lovaina. El 1222, el duc Enric I de Brabant va concedir a la ciutat la seva carta de ciutat. Al voltant de la mateixa època, l'Abadia d'Afligem va expandir les seves possessions de Wavre en un priorat, que va atreure pelegrins d'una àmplia regió al voltant de la ciutat.
