L'origen de Palenciana prové de la colonització ibera, cosa que està provada per les restes dels jaciments arqueològics del Cerro de los Toros.
El 1548 l'emperador Carles V del Sacre Imperi Romanogermànic va vendre en conjunt, Benamejí i Palenciana al regidor de Burgos, D. Diego de Bernuy, va fundar el marquesat de Benamejí.
La vil·la va formar part de Benamejí fins a l'any 1834, any en es realitza la segregació administrativa que va posar fi a les rivalitats de la dependència Palenciana rep aquest nom, ja que els seus fundadors eren uns palentins de l'època de la reconquista.
