HMMER
| Tipus | programari lliure  |
|---|---|
| Versió estable | 3.4 (15 agost 2023)
|
| Llicència | GNU General Public License |
| Característiques tècniques | |
| Sistema operatiu | Unix-like |
| Escrit en | C |
| Format de fitxer d'escriptura | |
| Equip | |
| Desenvolupador(s) | Sean Eddy |
| Més informació | |
| Lloc web | hmmer.org |
|
| |
HMMER és un paquet de programari lliure utilitzat per a l'anàlisi de seqüències creat per Sean Eddy.[1] El seu ús general és la identificació de seqüències homòlogues de proteïnes o nucleòtids. La cerca es basa en la comparació de perfils HMM contra una seqüència o base de dades de seqüències. Els perfils HMM es construeixen a partir d'un alineament múltiple de seqüències mitjançant el programa hmmbuild dins el paquet HMMER. La implementació del perfil HMM utilitzada a HMMER es basa en el treball de Krogh i coautors.[2] HMMER és compatible amb els principals sistemes operatius, incloent diferents versions de Linux, Windows i Mac OS. HMMER és l'eina principal en què es basen bases de dades com Pfam i InterPro.
Referències
[modifica]- ↑ Durbin, Richard; Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3.
- ↑ Krogh A, Brown M, Mian IS, Sjölander K, Haussler D «Hidden Markov models in computational biology. Applications to protein modeling». J. Mol. Biol., 235, 5, 2-1994, pàg. 1501–31. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104. PMID: 8107089.