UNKL

UNKL
Identifikatori
Aliasi	UNKL
Vanjski ID-jevi	OMIM: 617463 MGI: 1921404 HomoloGene: 62673 GeneCards: UNKL
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 16 (čovjek) Bend 16p13.3 Početak 1,363,205 bp Kraj 1,414,751 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 17 (miš) Bend 17|17 A3.3 Početak 25,188,397 bp Kraj 25,234,443 bp
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje iona metala • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina • aktivnost sa transferazom • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Ćelijska komponenta • jedro • citoplazma • citosol Biološki proces • protein ubiquitination • protein polyubiquitination • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	64718	74154
Ensembl	ENSG00000059145	ENSMUSG00000015127
UniProt	Q9H9P5	Q5FWH2
RefSeq (mRNK)	NM_001037125 NM_001193388 NM_001193389 NM_001276414 NM_001367622 NM_001370526 NM_001372107 NM_024023	NM_001197024 NM_001290736 NM_028789 NM_001357876 NM_001357877
RefSeq (bjelančevina)	NP_001032202 NP_001180317 NP_001180318 NP_001263343 NP_001354551 NP_001357455 NP_001359036	NP_001183953 NP_001277665 NP_083065 NP_001344805 NP_001344806
Lokacija (UCSC)	Chr 16: 1.36 – 1.41 Mb	Chr 17: 25.19 – 25.23 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Neuređeni RING protein cinkovog prsta je protein koji je kod ljudi kodiran genom UNKL.

Patricia Hartz (2017) mapirala je gen UNKL u hromosomskoj regiji 16p13.3, na osnovu poravnanja UNKL sekvence (GenBank AK022685) sa genomskom sekvencom (GRCh38).

Kloniranje i ekspresija

Korištenje aktiviranog mutanta RAC1 kao sonde u 2-hibridnom skriningu Jurkat biblioteke cDNK ljudskih T-ćelija, nakon čega je uslijedilo nekoliko rundi 5-baznog RACE-a s leukocitima ljudske periferne krvi, Lores et al. (2010) klonirali UNKL, koji su nazvali UNKL. Izvedeni protein s 680 aminokiselina ima ćetiri cinkova prsta u N-terminalnom području i domenu prstenastih prstiju blizu C-kraja. UNKL ima 87%, odnosno 40% identiteta sa ortolozima miša i roda Drosophila. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju transkripta od 4,4 kb u tkivima miša. Epitop označen UNKL bio je pretežno lociran u citosolu transficiranih HeLa ćelija, ali inhibicija eksporta jedarne energije rezultirala je jedarnom akumulacijom UNKL.

Funkcija gena

Primjenom GST padajućeg test, Lores et al. (2010) potvrdili su interakciju između aktiviranog RAC-a i izoliranog C-terminala ljudskog UNKL-a, uključujući RING domen cinkovog prsta. Krajnji dio UNKL C nije stupio u interakciju sa RAC1 pune dužine, koji je pretežno bio u obliku vezanom za BDP, niti sa bilo kojom drugom testiranom malom GTPazom. C-terminalna regija UNKL-a bila je ubikvitinirana u nekoliko ljudskih ćelijskih linija, a ubikvitinacija je pojačana aktiviranim RAC1. Delecija RING domena mišjeg cinkocog prsta Unkl poboljšala je njegovu sveprisutnost. C-terminalno područje UNKL-a stupilo je u interakciju sa SWI/SNF-om podjedinicom kompleksa za preoblikovanje hromatina BAF60B, u 2-hibridnoj analizi biblioteke cDNK posteljice. UNKL nije komunicirao s drugim ispitivanim podjedinicama BAF-a. Ekspresije regijw C-terminala UNKL poboljšale je ubikvitinaciju BAF60B, a kratko razlaganje UNKL-a posredovano ukosnicama smanjilo je ubikvitinaciju BAF60B.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 680 aminokiselina, a molekulska težina 73.828 Da..

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MPSVSKAAAA		ALSGSPPQTE		KPTHYRYLKE		FRTEQCPLFS		QHKCAQHRPF
TCFHWHFLNQ		RRRRPLRRRD		GTFNYSPDVY		CSKYNEATGV		CPDGDECPYL
HRTTGDTERK		YHLRYYKTGT		CIHETDARGH		CVKNGLHCAF		AHGPLDLRPP
VCDVRELQAQ		EALQNGQLGG		GEGVPDLQPG		VLASQAMIEK		ILSEDPRWQD
ANFVLGSYKT		EQCPKPPRLC		RQGYACPHYH		NSRDRRRNPR		RFQYRSTPCP
SVKHGDEWGE		PSRCDGGDGC		QYCHSRTEQQ		FHPESTKCND		MRQTGYCPRG
PFCAFAHVEK		SLGMVNEWGC		HDLHLTSPSS		TGSGQPGNAK		RRDSPAEGGP
RGSEQDSKQN		HLAVFAAVHP		PAPSVSSSVA		SSLASSAGSG		SSSPTALPAP
PARALPLGPA		SSTVEAVLGS		ALDLHLSNVN		IASLEKDLEE		QDGHDLGAAG
PRSLAGSAPV		AIPGSLPRAP		SLHSPSSAST		SPLGSLSQPL		PGPVGSSAMT
PPQQPPPLRS		EPGTLGSAAS		SYSPLGLNGV		PGSIWDFVSG		SFSPSPSPIL
SAGPPSSSSA		SPNGAELARV		RRQLDEAKRK		IRQWEESWQQ		VKQVCDAWQR
EAQEAKERAR		VADSDRQLAL		QKKEEVEAQV		IFQLRAKQCV		ACRERAHGAV
LRPCQHHILC		EPCAATAPEC		PYCKGQPLQW

Dopunska literatura

• Mohler J, Weiss N, Murli S, et al. (1992). "The embryonically active gene, unkempt, of Drosophila encodes a Cys3His finger protein". Genetics. 131 (2): 377–88. PMC 1205012. PMID 1339381.
• Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
• Daniels RJ, Peden JF, Lloyd C, et al. (2001). "Sequence, structure and pathology of the fully annotated terminal 2 Mb of the short arm of human chromosome 16". Hum. Mol. Genet. 10 (4): 339–52. doi:10.1093/hmg/10.4.339. PMID 11157797.
• Venter JC, Adams MD, Myers EW, et al. (2001). "The sequence of the human genome". Science. 291 (5507): 1304–51. doi:10.1126/science.1058040. PMID 11181995.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Martin J, Han C, Gordon LA, et al. (2005). "The sequence and analysis of duplication-rich human chromosome 16". Nature. 432 (7020): 988–94. doi:10.1038/nature03187. PMID 15616553.
• Barrios-Rodiles M, Brown KR, Ozdamar B, et al. (2005). "High-throughput mapping of a dynamic signaling network in mammalian cells". Science. 307 (5715): 1621–5. doi:10.1126/science.1105776. PMID 15761153. S2CID 39457788.
• Oh JH, Yang JO, Hahn Y, et al. (2006). "Transcriptome analysis of human gastric cancer". Mamm. Genome. 16 (12): 942–54. doi:10.1007/s00335-005-0075-2. PMID 16341674. S2CID 69278.
• Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.