Idi na sadržaj

C7orf25 protein UPF0415

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
C7orf25 protein UPF0415
Identifikatori
AliasiC7orf25
Vanjski ID-jeviMGI: 2145422 HomoloGene: 11439 GeneCards: C7orf25
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 7 (čovjek)
Hrom.Hromosom 7 (čovjek)[1]
Hromosom 7 (čovjek)
Genomska lokacija za C7orf25 protein UPF0415
Genomska lokacija za C7orf25 protein UPF0415
Bend7p14.1Početak42,909,273 bp[1]
Kraj42,912,305 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za C7orf25 protein UPF0415
Genomska lokacija za C7orf25 protein UPF0415
Bend13|13 A1Početak14,804,739 bp[2]
Kraj14,813,681 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001099858
NM_024054
NM_001363436

NM_001104646
NM_134067

RefSeq (bjelančevina)

NP_001093328
NP_076959
NP_001350365

NP_001098116
NP_598828

Lokacija (UCSC)Chr 7: 42.91 – 42.91 MbChr 13: 14.8 – 14.81 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

C7orf25-protein UPF0415 (UPF0415) je protein koji je kod ljudi kodiran genom na hromosomu 7, u otvotenom okviru čitanja 25 (C7orf25), u domenu nepoznate funkcije 1308. C7orf25 nalazi se na minus lancu i kodira 12 proteina, od kojih je jedan UPF0415. Vjeruje se da je ovaj protein aktivan na putu proteasoma. C7orf25 protein UPF0415 nije transmembranski protein i nema signalni peptid. UPF0415 ima dvije izoforme, Q9BPX7-1 i Q9BPX7-2. Oboje se sastoje od po dva egzona, koji su visoko konzervirani među kičmenjacima.

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, а molekulska težina 46.451 Da.[5]

1020304050
MSAHSMLCERIAIAKELIKRAESLSRSRKGGIEGGAKLCSKLKAELKFLQ
KVEAGKVAIKESHLQSTNLTHLRAIVESAENLEEVVSVLHVFGYTDTLGE
KQTLVVDVVANGGHTWVKAIGRKAEALHNIWLGRGQYGDKSIIEQAEDFL
QASHQQPVQYSNPHIIFAFYNSVSSPMAEKLKEMGISVRGDIVAVNALLD
HPEELQPSESESDDEGPELLQVTRVDRENILASVAFPTEIKVDVCKRVNL
DITTLITYVSALSYGGCHFIFKEKVLTEQAEQERKEQVLPQLEAFMKDKE
LFACESAVKDFQSILDTLGGPGERERATVLIKRINVVPDQPSERALRLVA
SSKINSRSLTIFGTGDTLKAITMTANSGFVRAANNQGVKFSVFIHQPRAL
TESKEALATPLPKDYTTDSEH

Osnovi

[uredi | uredi izvor]
Veličina gena Veličina proteina Broj egzona Promotorska sekvenca Signalni peptid Molekulska težina Hromosomska pozicija Izoelektrična tačka proteina
1844 bp 421 aa 2 ~600bp Ne 46.45 kDa [6] 7p14 5,76 [6]

Gensko susjedstvo

[uredi | uredi izvor]

C7orf25 je otvoreni okvir čitanja koji kodira 12 proteina. Većina njih je nepoznate funkcije. Jedan od ovih proteina je UPF0415, a drugi je PSMA2 koji je također funkcionalan u proteasomskom putu.[7] Drugi geni koji se nalaze u blizini proteina C7orf25 UPF0415 su TCP1P1, HECW1, MIR3943 i MRPL32.

Predviđena obilježja iRNK

[uredi | uredi izvor]

Promotor

[uredi | uredi izvor]

Promotor za gen proteina C7orf25 UPF0415 obuhvata 600 parova baza, od 42,951.804 do 42,952.404, sa predviđenim početnim mjestom transkripcije koje kodira sekvwncu od 1844 parova baza. Sekvenca se proteže od 42,908.726 do 42,912.090 bp.[8] Promotorska regija i početak gena C7orf25 (20,008.263 do 20,009.250 bp) u prošlosti nije konzerviran. Ova regija je korištena za određivanje interakcije transkripcijskih faktora.

Neki od glavnih faktora transkripcije koji se vežu za promotor navedeni su u nastavku.[9]

Referenca Detalji podataka o porodici Startni nukleid Stop nukleotid Lanac
XCPE Aktivator–, medijator i TBP-ovisni jezgarni element promotora RNK-polimeraze II transcripcije TATA-bez promotora 360 370
MIZ1 Myc-interaktivni protein cinkovog prsta 1 120 130
PLAG1 Pleomorfni adenomski gen 160 182
FOX proteins Faktori replikacijske viljuške 35 51 +
E2FF E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 357 373
MZF1 Faktori mijeloidnih cinkovih prstiju 1 497 507 +
HAND Porodica klase uvrnutih B bHLH transkripcijskih faktora 335 355
RU49 Transkripcijski faktor cinkovog prsta RU49, proliferacija cinkovog prsta Zipro1 651 657 x–
NF-κB Jedarni faktor kappa B/c-rel 219 233
E2FF E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 492 508 +
SP1F GC-kutijski faktori SP1/GC 490 506 +
IKRS Porodica cinkovih prstiju Ikaros 64 76 +
STAT1 Transduktor signala i aktivator transkripcije 409 427
RBP2 Retinoblastom-vezujući proteini sa demetilanom aktivnošču 538 546
YY1F Aktivator/represor vezan za mjesto transkripcije i inicijacije 553 575
SP1F GC-kutijski faktori SP1/GC 359 375
HSF Faktori toplotnog šoka 240 264 - BPTF Bromodomenski i PHD-domenski transkripcijski faktori 423 433 +
ZNF35 Protein cinkovog prsta ZNF35 309 321 +
ETSF Ljudski i mišji faktori ETS1 235 255 +

Funkcija i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Vjeruje se da je protein C7orf25 UPF0415 aktivan u ATP-ovisnoj razgradnji proteina u proteasomskom putu. Kod ljudi, ekspriira se sveprisutno.[10]

Homologija

[uredi | uredi izvor]

Protein C7orf25 UPF0415 ima jedan paralog koji je FLJ18411.[11] UPF0415 je takođe visoko konzerviran kod kičmenjaka. Sljedeća tablela prikazuje mali izbor ortologa pronađenih pomoću BLAST-a i BLAT-a i njihov identitet s proteinom C7orf25 UPF0415.

Rod i vrsta Pristupni broj Sličnost (aa)
Homo sapiens NM_001099858
Bos taurus NM_001076140,1 95%
Falco cherrug XM_005446213.1 78%
Xenopus laevis XM_005014944.1 73%

Predviđena obilježja proteina

[uredi | uredi izvor]

UPF0415 protein C7orf25 nije transmembranski protein, jer nema transmembranske domene. C7orf25 protein UPF0415 ima višestruku fosforilaciju za koju se vjeruje da je odgovorna za aktivaciju proteina.[12]

Predviđeno je više petlji na drškama u 3' i 5' UTR i vjeruje se da su one funkcionalne u transkripciji gena.[13]

Petlje 3' UTR i 5' UTR

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Ostali proteini za koje je poznato da stupaju u interakciju s proteinom C7orf25 UPF0415 su FRA10AC1, FLJ23825 i TUBB (tubulin, beta klasa I), a samo je TUBB povezan s aktivnošću proteasoma.

Konceptna prezentacija

[uredi | uredi izvor]

Sve posttranslacijske modifikacije, genetički ili proteasomski faktori koji su relevantni za transkripciju i regulaciju proteina C7orf25 proteina UPF0415, gore spomenuti, označeni su u konceptnoj translaciji:

Konceptna translacija C7orf25
Varijante transkripta C7orf25

C7orf25

[uredi | uredi izvor]

C7orf25 kodira 12 različitih transkripata. Dva od ovih transkripata su (PSMA2 i UPF0415). Još uvijek nema specifičnih fenotipova ili polimorfizama s mutacijom u C7orf25. Ovo sugerira da je ovaj otvoreni okvir čitanja važan za preživljavanje kod kičmenjaka. Donja slika prikazuje sve predviđene transkripte kodirane u C7orf25.[14]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000136197 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039182 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, Q9BPX7" (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 9. 2021.
  6. ^ a b Kozlowski LP (oktobar 2016). "IPC - Isoelectric Point Calculator". Biology Direct. 11 (1): 55. doi:10.1186/s13062-016-0159-9. PMC 5075173. PMID 27769290. Arhivirano s originala, 29. 4. 2013. Pristupljeno 19. 6. 2019.
  7. ^ "Gene_neighborhood".
  8. ^ "El Durado (Genomatix)". Arhivirano s originala, 24. 2. 2001. Pristupljeno 23. 9. 2021.
  9. ^ "Genomatrix_tool_Eldorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
  10. ^ Gazitua R, Wilson K, Bistrian BR, Blackburn GL (august 1979). "Factors determining peripheral vein tolerance to amino acid infusions". Archives of Surgery. 114 (8): 897–900. doi:10.1001/archsurg.1979.01370320029005. PMID 111645.
  11. ^ "FLJ18411".
  12. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
  13. ^ Zuker, M. (1. 7. 2003). "Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3406–3415. CiteSeerX 10.1.1.138.4837. doi:10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.
  14. ^ Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J (2006). "AceView: a comprehensive cDNA-supported gene and transcripts annotation". Genome Biology. 7 Suppl 1: S12.1–14. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s12. PMC 1810549. PMID 16925834.