中田真秀(なかたまほ)のブログ

アナウンス:The PubChemQC projectを開始しました。

PubChemというのは世界最大の分子のデータベースで、無料で公開されています。これを使った創薬スクリーニング、
バイオアッセイなどはよく行われています。当然、分子構造がついてくる訳ですが、これらは実際の構造と比較するとかなりずれていることが多々あり、精度としては不十分です。

これを改善し量子化学の第一原理計算の方法を使い、実験値に近い構造や分子の特性を出してデータベース化するというプロジェクトを
始めました。単なる構造だけではなく、分子そのものの情報が得られるため、様々な物理、化学特性も素直にだせ、化学一般の用途に使えます。
例えばHOMO, LUMOもわかるため、化学反応の予測などにも使えると思われます。

ただ、PubChemには現在7000万くらいの分子が登録されている一方、こちらは100分子/日程度の計算スループットしか出ません。
計算リソースの寄付は大歓迎です。

計算手法
* 分子のCanonical SMILES表記の三次元化、水素付加、初期分子構造作成
* PM3経験的手法での構造最適化、Hartree-Fock法/STO-6Gでの構造最適化
* B3LYP/6-31G(d)での構造最適化
* GAMESSによる計算:無料で入手可能(ただしオープンソースではない)。
* 一日一回アップロード

連絡先
[email protected]
中田真秀