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既にできあがってしまったib_logfile0、ib_logfile1、… のファイルサイズより小さい値をinnodb_log_file_sizeにセットするとMySQLが起動しない。

そういう場合はib_logfileXを退避するなり消すなりしてからMySQLを起動しなおせばいい。