ブログの上部に検索バーが表示されるようになってから、
私の閲覧環境では位置指定にかかわらず、
背景画像が上部表示されるようになってしまいました。

根本的な修正ではなくて申し訳ないですが、
気になる方もいらっしゃるかと思いますので、回避方法を１つご案内します。

管理ページで、
「環境設定の変更」→「ブログの設定」→「検索バーの設定」から
「検索バーの利用」を「利用しない」設定。

検索バーが非表示となって、背景画像の位置も指定どおりになると思います。