jimdoで横並びメニューを作る方法を教えて下さい。現在はテンプレートを利用して使ってますが、縦メニューのみのテンプレートで、注目記事などをヘッダーの下に横並びでメニュー化したいのです。

>CSSを使うものが殆どで、現状では使う事が出来ません
がよくわからないですね。なにか勘違いしているのかも。
jimdoはヘッダー編集ができ、style,scriptでゴリゴリやれば大体実現できるはずです。
（以前「独自レイアウト」ではないテンプレでドロップダウンメニュー化しようとしてテンプレを観察したことがあるので、独自レイアウトとそうでないテンプレの仕様の違いで苦労するのはわかった。 ホームページにドロップダウン機能を加えたいのですが、（マウス.. - 人力検索はてな）

現行テンプレートのままヘッダー下にメニューを追加するサンプルを書いてみました。
JavaScriptで動的に生成する作戦。

結果

http://hateq.jimdo.com/

手順

ナビゲーションにヘッダー下用メニューを追加する。
今回はヘッダー下用メニューは名前の先頭に「HM_」を付けるルール。
ヘッダ用メニューは一番上の階層に作ってください。サブメニューの動作確認はやってません。

設定 - ヘッダー部分を編集 で下記のようにする。

<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.2/jquery.min.js">
</script>

<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
jQuery.noConflict();
//]]>
</script>

<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
//実行タイミングがdocument完了後なので移動する様子が見えちゃう。
jQuery(document).ready(function(){

var sub = jQuery('[id^="cc-nav-view-"]:has(span:contains(HM_))');
sub.css({'list-style':'none', 'float':'left'});
sub.find('span').each(function() {
  this.textContent = this.textContent.replace(/^HM_/,'');
});
var newNav = jQuery('<ul class="mainNav1">').append(sub);
jQuery('<div id="header-menu">').append(newNav, '<div style="clear:both;">').insertAfter('#cc-tp-header');
jQuery('[id^="cc-nav-view-"]:has(span:contains(header_menu))').remove();

});
//]]>
</script>
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[

//簡易版
function createHeaderMenu() {
  var div = document.createElement('div');
  div.innerHTML = '<div id="header-menu"><a href="#">深海魚</a> | <a href="#">カエル</a> | <a href="#">シュークリーム</a></div>';
  var c = document.getElementById('cc-tp-wrapper');
  c.parentNode.insertBefore(div, c);
}

var watcher = function() {
  setTimeout(function() {
    if (document.getElementById('cc-tp-wrapper'))
      createHeaderMenu();
    else
      watcher();
  }, 100);
};
watcher();
//]]>
</script>