iTunesで再生ができません

「携帯動画変換君」でM4Vファイルに変換し、iPodに転送しているんですが、変換したものの中にiTunesで再生ができないファイルがあり、再生ができないためiPodに転送ができません。

この再生できないファイルは変換後、iTunseのライブラリに登録→再生とやると、登録するまでiTunesに関連付けされていたm4vファイルの関連付けが外れ、開こうとすると「この種類のファイルを開くプログラムを選択してください」となってしまいます。

他のものは「変換、再生、iPodに転送」ができます。

m4vに変換する前のファイルは、avi、mpgです。例えば、aviだけが変換後再生できないというわけではないので原因がわからず困っています。