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Selenium-RC0.9.0で無事httpsでのテストができました。

ちゃんとドキュメント読んでれば何の事はない話でした。
手順は、

1.SeleniumServer.jarを起動
2.以下のようなテストクラス(sampleです)を作成
　*customのあとは、ブラウザへのパス

package test;

import junit.framework.TestCase;
import com.thoughtworks.selenium.*;
import junit.framework.*;

public class HogeTest extends TestCase{
    private Selenium selenium;
    public void setUp() {
        selenium = new DefaultSelenium(
        		"localhost", 
        		4444, 
        		"*custom C:\\Program Files\\Internet Explorer\\IEXPLORE.EXE", 
        		"https://www.hogehoge.co.jp");
        selenium.start();
    }
    public void testHogeTop() {
    	selenium.open("https://www.hogehoge.co.jp");
    	selenium.type("ID", "aaa");
    	selenium.type("PASSWORD", "bbb");
    	selenium.click("button1");
    	selenium.isTextPresent("login failed!!");
    }
    
    public void tearDown() {
        selenium.stop();
    }
}

3.手動でブラウザのプロキシを設定(localhost:4444)
4.テスト実行

これだけです。

*customの使い方のところのドキュメントが追えれば(Troubleshooting FAQにありました)なんてことはなかったです。
customだと、IEやFireFoxの時とは違って自分でProxyの設定をしてやるところが違うようです。

また、この状態だと「セキュリティの警告」ダイアログが出てくる(セキュリティ証明書に問題がある云々)ので、

http://dangerous-certificate-authority.openqa.org/

から証明書を取得して、ブラウザにインポート(IEではインターネットオプション→コンテンツタブの証明書→インポートで取込)すれば、警告は出なくなります。
ご参考まで。

普通より手動でプロキシ設定する分だけちょっとめんどくさいですね。
(でもまあ開発しながらhttpsでテストしていくことはない気がする。)
リグレッションテスト専用マシーンとかなら無問題かも。