FFmpegをcygwin上でソースコードからビルドしてみようと思う。

こちらを参考にさせていただきました。
http://se-suganuma.blogspot.com/2009/03/linuxffmpeglibx264.html

利用するバージョンは公式サイトで配布されている最新版の0.8.7。

ffmpegとコーデックのビルドの為に以下のパッケージが必要なので、cygwinのsetup.exeを使ってインストールします。
libtool
automake
make
gcc4-core
g++
patch
pkg-config

* faac:g++かc++が必要と言われた。
sh bootstrap
./configure
make
make install

* faad:いらなかった
sh bootstrap
./bootstrap
./configure
make
make install

* amrnb:patchが必要と言われた。make時にWebからパッチを落としてきて適用するのに使うみたい。いらなかった
./configure
make
make install

* amrwb:いらなかった
./configure
make
make install

* a52dec:いらなかった
./configure
make
make install

* lame
./configure
make
make install

* x264:こちらについてはhttp://se-suganuma.blogspot.com/2009/03/linuxffmpeglibx264.html
./configure --enable-shared
make
make install

* .bashrcへライブラリを読み込むための設定を追加してもライブラリが読み込まれない!Cygwinでは有効ではないみたい→http://okwave.jp/qa/q1637215.html
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib

* /usr/lib内はデフォルトで読み込まれるということなのでコピーしてしまう。
cp /usr/local/lib/* /usr/lib/

* ffmpeg:--enable-w32threadsとしたら最後の最後でエラーになってしまったので外した。
CC=gcc-3 ./configure --enable-libmp3lame --enable-libfaac --enable-libx264 --enable-gpl --enable-nonfree --enable-shared
make

最後のmakeはとても時間がかかります。

なんとか完了。

試しに動画のコーデックを変更してみる。

ffmpeg -i input.wmv output.mp4

自分の環境では正常に実行できましたー。( ´ー`)フゥー...

ちょっと調べてみたら、最新のFFmpegのインストールを紹介している方が居ました。
http://blog.k-tai-douga.com/article/47044753.html
こっちを見たほうがいいかも。